转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 18 / 149 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001811 Chr02 NC_080388.1:32933376-32933390promoter 内 1334-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32925959-32930723(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAAGAAA
SmilChr03G003417 Chr03 NC_080389.1:52526226-52526240promoter 内 1163-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52519592-52523402(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAGTGGATAAGACT
SmilChr01G001098 Chr01 NC_080387.1:22495769-22495783promoter 内 974-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22491847-22492756(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGTGGATAACATT
SmilChr03G003143 Chr03 NC_080389.1:48726327-48726341promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 48720038-48723193(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAAAGGATAAGATT
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49260652-49260666promoter 内 814-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49256691-49257479(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAGTGGATAAGACT
SmilChr02G004804 Chr02 NC_080388.1:70224759-70224773promoter 内 323-337 bp + 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70217075-70221095(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAATGTA
SmilChr04G000930 Chr04 NC_080390.1:12127366-12127380promoter 内 69-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12122498-12123448(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGATTGGATAAGATA
SmilChr01G000467 Chr01 NC_080387.1:9576635-9576649promoter 内 61-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9580575-9582111(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGATTGGATAAGATA
SmilChr02G005235 Chr02 NC_080388.1:73545105-73545119promoter 内 3545-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 73542925-73544663(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAATGTC
SmilChr03G003855 Chr03 NC_080389.1:57654841-57654855promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 57651471-57653921(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGAATGGATAAGGAC
SmilChr02G004514 Chr02 NC_080388.1:67675887-67675901promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 67677666-67680939(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCTCTAA
SmilChr01G000201 Chr01 NC_080387.1:3464547-3464561promoter 内 1605-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 3466943-3469274(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCGGAAG
SmilChr01G001428 Chr01 NC_080387.1:27918740-27918754promoter 内 1276-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 27921465-27924019(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAGCTTATCCATTAC
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29337424-29337438promoter 内 3965-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29331425-29337402(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAAGTTT
SmilChr04G000278 Chr04 NC_080390.1:2547842-2547856promoter 内 3782-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2548061-2548459(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCATTATCCATTAA
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71821314-71821328promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 71821764-71825122(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTCGGATAAGATT
SmilChr02G002985 Chr02 NC_080388.1:50472616-50472630promoter 内 3479-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50473138-50474582(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr03G003633 Chr03 NC_080389.1:55007469-55007483promoter 内 3472-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55007998-55009489(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCAATAC
SmilChr02G004479 Chr02 NC_080388.1:67220148-67220162promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 67220952-67222163(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68601673-68601687promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 68604447-68611572(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCTCTTA
SmilChr03G003409 Chr03 NC_080389.1:52430230-52430244promoter 内 829-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 52426249-52427072(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACTTTATCCATAAA
SmilChr01G003680 Chr01 NC_080387.1:55208520-55208534promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55211791-55214783(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAAAGGATAAGGTG
SmilChr03G004265 Chr03 NC_080389.1:61130688-61130702promoter 内 571-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 61134118-61138266(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTCGGATAAGATT
SmilChr01G000200 Chr01 NC_080387.1:3437611-3437625promoter 内 350-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3441262-3444125(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCCTCATC
SmilChr02G004810 Chr02 NC_080388.1:70272008-70272022promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70266135-70268242(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCGAATG
SmilChr04G000882 Chr04 NC_080390.1:11229492-11229506promoter 内 3973-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11228638-11229478(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCACTAG
SmilChr01G005989 Chr01 NC_080387.1:75503613-75503627promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75503688-75506182(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACTTTATCCAATTC
SmilChr01G005405 Chr01 NC_080387.1:71307587-71307601promoter 内 3662-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71305825-71307262(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTCGGATAAGATT
SmilChr04G000299 Chr04 NC_080390.1:2779110-2779124promoter 内 3540-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2777322-2778663(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr03G003017 Chr03 NC_080389.1:47080818-47080832promoter 内 3499-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47078899-47080330(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr04G003187 Chr04 NC_080390.1:48573023-48573037promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48573594-48576812(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAATATT
SmilChr01G002359 Chr01 NC_080387.1:40760516-40760530promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40761141-40763492(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAATATT
SmilChr03G002272 Chr03 NC_080389.1:35865737-35865751promoter 内 3302-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35866436-35868613(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAAAGGATAAGGTG
SmilChr02G002355 Chr02 NC_080388.1:41339627-41339641promoter 内 3012-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41340616-41341587(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr04G000300 Chr04 NC_080390.1:2779110-2779124promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2780105-2781652(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACTTTATCCACATC
SmilChr01G004438 Chr01 NC_080387.1:62468925-62468939promoter 内 2988-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62466956-62467926(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr04G000055 Chr04 NC_080390.1:487516-487530promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 488585-495235(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCTTTATC
SmilChr01G005988 Chr01 NC_080387.1:75503613-75503627promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75499257-75502557(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAAAGTA
SmilChr02G001464 Chr02 NC_080388.1:27362507-27362521promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27360610-27361345(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAAAGTA
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40593934-40593948promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40590469-40592688(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATAATGCT
SmilChr01G000371 Chr01 NC_080387.1:7668019-7668033promoter 内 2720-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7664912-7666752(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAAGTTT
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64955131-64955145promoter 内 2648-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAATGAT
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32665119-32665133promoter 内 2448-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32666672-32668220(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAATGCT
SmilChr03G000037 Chr03 NC_080389.1:450386-450400promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 452039-457332(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCACTCC
SmilChr03G002375 Chr03 NC_080389.1:37398753-37398767promoter 内 2238-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37392720-37397004(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAATATT
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31610272-31610286promoter 内 2162-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31605432-31608447(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACTTTATCCACATC
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18510814-18510828promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18507736-18508972(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTGGATAAGGTT
SmilChr01G005997 Chr01 NC_080387.1:75557993-75558007promoter 内 2140-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75552914-75556146(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAAAGTA
SmilChr04G003871 Chr04 NC_080390.1:54601714-54601728promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54603739-54615388(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTGGATAAGGTT
SmilChr04G002645 Chr04 NC_080390.1:41820476-41820490promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41816961-41818355(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATAGATAAGGCT