转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 18 / 149 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005045 Chr01 NC_080387.1:68381395-68381402promoter 内 2850-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 68382546-68386868(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001743 Chr03 NC_080389.1:23518526-23518533promoter 内 2745-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 23515333-23517277(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53309445-53309452promoter 内 2592-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 53310854-53316655(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001744 Chr03 NC_080389.1:23520693-23520700promoter 内 2375-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 23522319-23530305(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002683 Chr03 NC_080389.1:42602726-42602733promoter 内 2264-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 42604463-42611829(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001745 Chr03 NC_080389.1:23580336-23580343promoter 内 2127-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 23582210-23582713(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32889613-32889620promoter 内 1772-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 32887286-32887391(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G002008 Chr01 NC_080387.1:35635370-35635377promoter 内 1580-1587 bp - 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 35628980-35632956(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002011 Chr01 NC_080387.1:35667029-35667036promoter 内 1578-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 35660641-35664613(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G003873 Chr04 NC_080390.1:54616235-54616242promoter 内 1497-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 54618739-54624545(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003476 Chr03 NC_080389.1:53309445-53309452promoter 内 1049-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 53300558-53306500(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61277669-61277676promoter 内 1031-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 4 61280639-61283858(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001148 Chr03 NC_080389.1:13246959-13246966promoter 内 3882-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 13245752-13246847(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001875 Chr01 NC_080387.1:33771160-33771167promoter 内 3712-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 33767560-33770878(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001919 Chr01 NC_080387.1:34327923-34327930promoter 内 3679-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 34324330-34327608(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36882018-36882025promoter 内 3598-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 36879878-36881622(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G005331 Chr01 NC_080387.1:70506645-70506652promoter 内 3544-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 70507102-70509812(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000772 Chr04 NC_080390.1:9486984-9486991promoter 内 3530-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 9485336-9486520(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G005731 Chr01 NC_080387.1:73446536-73446543promoter 内 3491-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 73447046-73458878(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001166 Chr01 NC_080387.1:23689840-23689847promoter 内 3462-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 23690379-23692324(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G000953 Chr03 NC_080389.1:10786073-10786080promoter 内 3422-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 10782182-10785501(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G003901 Chr01 NC_080387.1:57294549-57294556promoter 内 3411-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 57295139-57298637(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003566 Chr03 NC_080389.1:54298372-54298379promoter 内 3312-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 54296681-54297690(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G000280 Chr02 NC_080388.1:3567655-3567662promoter 内 3206-3213 bp - 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 3565316-3566867(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G000390 Chr03 NC_080389.1:4306241-4306248promoter 内 3203-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 4307039-4308805(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24280360-24280367promoter 内 3181-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 24281180-24282600(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20681399-20681406promoter 内 3169-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 20678587-20680574(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G002675 Chr04 NC_080390.1:42197095-42197102promoter 内 3159-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 42197937-42202533(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52427031-52427038promoter 内 3031-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 52428001-52432420(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001803 Chr03 NC_080389.1:24621830-24621837promoter 内 3020-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 24618859-24620856(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76821130-76821137promoter 内 3017-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 76822114-76825762(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000527 Chr02 NC_080388.1:7247373-7247380promoter 内 2838-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 7248536-7248813(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002991 Chr01 NC_080387.1:48833983-48833990promoter 内 2827-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 48828537-48832816(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G004636 Chr03 NC_080389.1:63974872-63974879promoter 内 2823-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 63976050-63982362(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001764 Chr02 NC_080388.1:32374508-32374515promoter 内 2803-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 32375706-32377534(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002710 Chr01 NC_080387.1:45358401-45358408promoter 内 2687-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 45353277-45357094(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
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