转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 19 / 135 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51847980-51847989promoter 内 2872-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 51843357-51846860(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G002380 Chr02 NC_080388.1:41709567-41709576promoter 内 2527-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 41706311-41708102(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G001960 Chr02 NC_080388.1:35389012-35389021promoter 内 2406-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 35386959-35387426(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G002297 Chr04 NC_080390.1:37230197-37230206promoter 内 1970-1979 bp - 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 37224694-37228175(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr05G002319 Chr05 NC_080391.1:25002230-25002239promoter 内 1931-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 24998463-25000169(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G003963 Chr04 NC_080390.1:55127363-55127372promoter 内 1254-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 55130110-55131123(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr04G001692 Chr04 NC_080390.1:27965431-27965440promoter 内 3829-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 27958312-27965268(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G003962 Chr04 NC_080390.1:55127363-55127372promoter 内 3550-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 55127814-55127886(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr05G001944 Chr05 NC_080391.1:19811604-19811613promoter 内 3494-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 19808937-19811106(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53279539-53279548promoter 内 2883-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 53280657-53285286(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr01G003211 Chr01 NC_080387.1:50886845-50886854promoter 内 2469-2478 bp + 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 50882790-50885322(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr03G004611 Chr03 NC_080389.1:63840422-63840431promoter 内 2408-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 63836493-63838838(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G000131 Chr02 NC_080388.1:1800607-1800616promoter 内 2377-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 1797090-1798992(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35426765-35426774promoter 内 2181-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 35428585-35432335(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G001193 Chr04 NC_080390.1:18255381-18255390promoter 内 1963-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 18249630-18253352(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G001729 Chr04 NC_080390.1:28556981-28556990promoter 内 1898-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 28524294-28554887(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr01G004529 Chr01 NC_080387.1:63479725-63479734promoter 内 1767-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 63481959-63483387(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr01G005874 Chr01 NC_080387.1:74701520-74701529promoter 内 1599-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 74686291-74699127(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr04G003497 Chr04 NC_080390.1:51385551-51385560promoter 内 1170-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 51388382-51391111(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G004959 Chr02 NC_080388.1:71523684-71523693promoter 内 969-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 71526716-71534791(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr01G001024 Chr01 NC_080387.1:21395384-21395393promoter 内 714-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 21398671-21399349(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr03G000741 Chr03 NC_080389.1:8415151-8415160promoter 内 668-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 8418484-8419344(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67103819-67103828promoter 内 658-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 67107162-67112851(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G000627 Chr04 NC_080390.1:7136530-7136539promoter 内 650-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 7132128-7133188(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGG
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58602461-58602470promoter 内 286-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr04G001180 Chr04 NC_080390.1:17881084-17881093promoter 内 266-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 17874392-17877358(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGA
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5040394-5040403promoter 内 3962-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 5 5034119-5040364(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr01G002468 Chr01 NC_080387.1:42401384-42401393promoter 内 3544-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 42401841-42404048(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53800975-53800984promoter 内 3264-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 53801712-53804937(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37325399-37325408promoter 内 2815-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 37326585-37327405(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr02G000388 Chr02 NC_080388.1:4816770-4816779promoter 内 2629-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 4810835-4815407(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr05G002438 Chr05 NC_080391.1:26882979-26882988promoter 内 1984-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 26878994-26880971(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr02G005189 Chr02 NC_080388.1:73200194-73200203promoter 内 37-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 73189492-73196239(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr04G001401 Chr04 NC_080390.1:22791643-22791652promoter 内 3940-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 22791704-22792840(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70544535-70544544promoter 内 3546-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 70542168-70544089(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr05G000506 Chr05 NC_080391.1:3930692-3930701promoter 内 3349-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 3929977-3930049(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr04G001776 Chr04 NC_080390.1:29195660-29195669promoter 内 3269-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 29193652-29194937(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGGA
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44997091-44997100promoter 内 3176-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 44995205-44996275(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr01G000581 Chr01 NC_080387.1:12298171-12298180promoter 内 3175-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 12292868-12297354(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr03G002783 Chr03 NC_080389.1:44280147-44280156promoter 内 3029-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 44275773-44279184(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr02G002190 Chr02 NC_080388.1:39087420-39087429promoter 内 2852-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 39088569-39089832(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGGA
SmilChr01G004422 Chr01 NC_080387.1:62333639-62333648promoter 内 2801-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 62329403-62332448(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGA
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962075-70962084promoter 内 2534-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 70959676-70960617(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGA
SmilChr05G000048 Chr05 NC_080391.1:230064-230073promoter 内 2343-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 226007-228415(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr01G000898 Chr01 NC_080387.1:19056424-19056433promoter 内 2136-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 19058289-19060128(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr01G005587 Chr01 NC_080387.1:72552727-72552736promoter 内 2126-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 72554602-72554722(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10981494-10981503promoter 内 2009-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 10975909-10979511(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGA
SmilChr01G002449 Chr01 NC_080387.1:42088443-42088452promoter 内 1813-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 42081671-42086264(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGAC
SmilChr02G005192 Chr02 NC_080388.1:73200194-73200203promoter 内 1627-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 73202568-73203346(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG
SmilChr05G000508 Chr05 NC_080391.1:3930692-3930701promoter 内 1606-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 3933087-3933249(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGG