转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 20 / 128 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30522587-30522601promoter 内 2500-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGGGG
SmilChr01G002948 Chr01 NC_080387.1:48360569-48360583promoter 内 2144-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 48349556-48358726(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGGCGG
SmilChr02G000978 Chr02 NC_080388.1:17149154-17149168promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 17151028-17160868(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCTGCCACCGCCA
SmilChr01G000005 Chr01 NC_080387.1:143270-143284promoter 内 2045-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 145226-147216(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAGTGG
SmilChr04G000051 Chr04 NC_080390.1:451186-451200promoter 内 1342-1356 bp - 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 453845-458680(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAGTGG
SmilChr07G003400 Chr07 NC_080393.1:36908967-36908981promoter 内 1201-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36905387-36906181(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGGCGG
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9843535-9843549promoter 内 1071-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9836147-9840619(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGGGG
SmilChr05G004302 Chr05 NC_080391.1:56720248-56720262promoter 内 1018-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56723231-56723957(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTGCCACCGCCT
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49701242-49701256promoter 内 890-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49704353-49705442(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCTCCACCGCCT
SmilChr08G003471 Chr08 NC_080394.1:37334632-37334646promoter 内 839-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37328225-37331484(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCCT
SmilChr02G000726 Chr02 NC_080388.1:11798446-11798460promoter 内 780-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11793787-11795239(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCG
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35391448-35391462promoter 内 776-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35384450-35388237(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCG
SmilChr05G003954 Chr05 NC_080391.1:53262076-53262090promoter 内 627-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 53256496-53258716(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:145747-145761promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 149437-150968(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCG
SmilChr04G000050 Chr04 NC_080390.1:451186-451200promoter 内 260-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 447156-447459(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTGCCACCGCCT
SmilChr05G003752 Chr05 NC_080391.1:50646578-50646592promoter 内 1-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50650578-50653803(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35784580-35784594promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 8 35785256-35792216(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCA
SmilChr07G000095 Chr07 NC_080393.1:517559-517573promoter 内 2748-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 6 516250-516320(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGGG
SmilChr08G000027 Chr08 NC_080394.1:185584-185598promoter 内 2608-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 5 179349-184205(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCGCCACCGCCA
SmilChr01G005608 Chr01 NC_080387.1:72617404-72617418promoter 内 2668-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 72613265-72616085(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGTCT
SmilChr06G001777 Chr06 NC_080392.1:20807523-20807537promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 20797095-20804250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGTGC
SmilChr02G003166 Chr02 NC_080388.1:52692241-52692255promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 52684719-52691640(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr07G000434 Chr07 NC_080393.1:3046170-3046184promoter 内 2966-2980 bp + 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 3043084-3045149(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGATG
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55962755-55962769promoter 内 2232-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 55964524-55966188(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGGG
SmilChr02G005134 Chr02 NC_080388.1:72788922-72788936promoter 内 2012-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 72781753-72786947(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr06G001659 Chr06 NC_080392.1:18873603-18873617promoter 内 1504-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 18868520-18871120(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72788922-72788936promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 72791585-72794428(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr05G004034 Chr05 NC_080391.1:54317287-54317301promoter 内 3292-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 54311911-54316592(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGTCT
SmilChr08G001674 Chr08 NC_080394.1:13963752-13963766promoter 内 2139-2153 bp + 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 13956558-13961904(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr04G003402 Chr04 NC_080390.1:50592576-50592590promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 50594517-50595143(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr07G004600 Chr07 NC_080393.1:58777639-58777653promoter 内 1508-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 58780132-58803849(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr04G002693 Chr04 NC_080390.1:42344895-42344909promoter 内 1431-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 42338177-42342339(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGGA
SmilChr02G002402 Chr02 NC_080388.1:41904217-41904231promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 41906933-41907889(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr03G001375 Chr03 NC_080389.1:16218317-16218331promoter 内 1073-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 16221245-16224490(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr07G002350 Chr07 NC_080393.1:21813736-21813750promoter 内 703-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 21817034-21822704(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCCG
SmilChr07G001621 Chr07 NC_080393.1:13601416-13601430promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 13604939-13605010(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19616214-19616228promoter 内 190-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 19620025-19622912(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr03G003609 Chr03 NC_080389.1:54721893-54721907promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54718005-54721682(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGTCT
SmilChr07G003291 Chr07 NC_080393.1:34681591-34681605promoter 内 3682-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34681910-34682756(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGTGT
SmilChr07G000099 Chr07 NC_080393.1:544492-544506promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 539750-544034(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAGG
SmilChr08G003732 Chr08 NC_080394.1:42149753-42149767promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 42150324-42154725(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr04G003683 Chr04 NC_080390.1:53259176-53259190promoter 内 3291-3305 bp + 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 53259886-53260749(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr06G002384 Chr06 NC_080392.1:34656636-34656650promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34657358-34659829(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCA
SmilChr08G000417 Chr08 NC_080394.1:2971430-2971444promoter 内 2832-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2972599-2976451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr07G000101 Chr07 NC_080393.1:544492-544506promoter 内 2703-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 545790-547799(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51665453-51665467promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAGG
SmilChr05G002794 Chr05 NC_080391.1:32685737-32685751promoter 内 2661-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 32683092-32684411(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCTA
SmilChr08G001202 Chr08 NC_080394.1:9727583-9727597promoter 内 2584-2598 bp + 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9721619-9726180(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGTGG
SmilChr08G002154 Chr08 NC_080394.1:19429907-19429921promoter 内 2565-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19431343-19433245(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCCA
SmilChr04G000575 Chr04 NC_080390.1:6416746-6416760promoter 内 2446-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 6418301-6419386(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG