转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 21 / 161 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003539 Chr01 NC_080387.1:53999767-53999780promoter 内 1297-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53996979-53997076(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAGTTGACTTTGA
SmilChr02G004268 Chr02 NC_080388.1:64885102-64885115promoter 内 1260-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 64887843-64905621(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTTTG
SmilChr01G005356 Chr01 NC_080387.1:70785180-70785193promoter 内 1203-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70787978-70793341(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr01G003538 Chr01 NC_080387.1:53999767-53999780promoter 内 1145-1158 bp - 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53996803-53996924(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAGTTGACTTTGA
SmilChr01G004695 Chr01 NC_080387.1:65018180-65018193promoter 内 1130-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 65009907-65015322(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr01G004845 Chr01 NC_080387.1:66598704-66598717promoter 内 1109-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 66589666-66595825(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr01G001103 Chr01 NC_080387.1:22579506-22579519promoter 内 950-963 bp - 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22569983-22576468(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTTTG
SmilChr02G004753 Chr02 NC_080388.1:69724307-69724320promoter 内 870-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 69727438-69727509(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTTT
SmilChr06G002366 Chr06 NC_080392.1:34468506-34468519promoter 内 774-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34471733-34478222(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTAG
SmilChr02G004754 Chr02 NC_080388.1:69724307-69724320promoter 内 680-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 69727628-69728425(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTTT
SmilChr06G000093 Chr06 NC_080392.1:659364-659377promoter 内 550-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 662815-664478(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAGTTGACTTTGG
SmilChr06G000091 Chr06 NC_080392.1:659364-659377promoter 内 227-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 654629-655603(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTAG
SmilChr08G000293 Chr08 NC_080394.1:2016188-2016201promoter 内 19-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2009006-2012219(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTTT
SmilChr06G002963 Chr06 NC_080392.1:42409063-42409076promoter 内 3717-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 42405206-42408792(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGTC
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12522206-12522219promoter 内 3571-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 12517283-12521789(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr04G003408 Chr04 NC_080390.1:50683604-50683617promoter 内 3190-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 50662333-50682806(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr04G001942 Chr04 NC_080390.1:31534843-31534856promoter 内 3886-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 31531382-31534741(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGAAGTCAACGAT
SmilChr03G002948 Chr03 NC_080389.1:46207954-46207967promoter 内 3829-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 46208126-46210813(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr04G004128 Chr04 NC_080390.1:56109510-56109523promoter 内 3758-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 56109753-56112876(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr05G003804 Chr05 NC_080391.1:51358050-51358063promoter 内 3672-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 51358379-51358991(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr06G002687 Chr06 NC_080392.1:38792089-38792102promoter 内 3550-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 38792540-38795395(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr02G001644 Chr02 NC_080388.1:30513789-30513802promoter 内 3547-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 30514243-30517005(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr02G004332 Chr02 NC_080388.1:65590315-65590328promoter 内 3527-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 65590789-65592409(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr07G000417 Chr07 NC_080393.1:2880893-2880906promoter 内 3430-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 2877742-2880335(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr03G000100 Chr03 NC_080389.1:1117384-1117397promoter 内 3379-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 1114004-1116775(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75139487-75139500promoter 内 3293-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 75140195-75145256(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr03G000288 Chr03 NC_080389.1:3271931-3271944promoter 内 3222-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 3266456-3271165(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr05G002636 Chr05 NC_080391.1:29765426-29765439promoter 内 3153-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 29766274-29768252(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACTTTGACTTTTT
SmilChr07G002712 Chr07 NC_080393.1:26546710-26546723promoter 内 3075-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 26541879-26545797(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr01G005772 Chr01 NC_080387.1:73795325-73795338promoter 内 2178-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 73797148-73800097(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr05G002038 Chr05 NC_080391.1:21207415-21207428promoter 内 2042-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 21200022-21205469(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACCTC
SmilChr02G004521 Chr02 NC_080388.1:67738502-67738515promoter 内 1885-1898 bp - 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 67734728-67736399(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACTTTGACTTTTT
SmilChr06G002686 Chr06 NC_080392.1:38792089-38792102promoter 内 672-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 38788158-38788773(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
SmilChr01G005957 Chr01 NC_080387.1:75256666-75256679promoter 内 621-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 75260046-75263014(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr04G004126 Chr04 NC_080390.1:56109510-56109523promoter 内 446-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 56101720-56105968(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTTT
SmilChr08G000331 Chr08 NC_080394.1:2316479-2316492promoter 内 24-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 2311707-2312515(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGAT
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