转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 22 / 123 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002756 Chr02 NC_080388.1:47606967-47606981promoter 内 1215-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 47603079-47604195(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGTCGTCGGTGGT
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9509103-9509117promoter 内 686-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 9512418-9513257(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGTGGCGGTGGT
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56169508-56169522promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 56161622-56166159(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTTC
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31487125-31487139promoter 内 258-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 31481695-31483396(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACACACGC
SmilChr02G004537 Chr02 NC_080388.1:67965539-67965553promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 67957432-67961793(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACACCC
SmilChr01G001512 Chr01 NC_080387.1:28948559-28948573promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28946670-28948463(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATCACC
SmilChr01G001251 Chr01 NC_080387.1:25133057-25133071promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 25133243-25133875(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATCACC
SmilChr05G004143 Chr05 NC_080391.1:55386773-55386787promoter 内 3756-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55385619-55386542(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATCACC
SmilChr05G002054 Chr05 NC_080391.1:21407939-21407953promoter 内 3701-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21405442-21407653(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGATGTCGGTGCA
SmilChr08G001990 Chr08 NC_080394.1:17620811-17620825promoter 内 3572-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 17610283-17620396(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGTGTGTCGGTGAG
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6116815-6116829promoter 内 3401-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGGGTGACGGTGGT
SmilChr06G000254 Chr06 NC_080392.1:1678469-1678483promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1679083-1684505(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACGCTGTCGGTGGA
SmilChr01G002521 Chr01 NC_080387.1:43183956-43183970promoter 内 3365-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 43184592-43186017(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGGGTGACGGTGGT
SmilChr05G001232 Chr05 NC_080391.1:10415875-10415889promoter 内 3167-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 10407889-10415055(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCATC
SmilChr08G000115 Chr08 NC_080394.1:723254-723268promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 717236-722371(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGGTGGCGGTGGT
SmilChr05G002109 Chr05 NC_080391.1:22105401-22105415promoter 内 3060-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22106342-22109510(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACACCGTG
SmilChr02G003700 Chr02 NC_080388.1:58463583-58463597promoter 内 2984-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58464600-58468207(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAATATC
SmilChr07G000893 Chr07 NC_080393.1:6417970-6417984promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6419043-6423948(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGGTGGCGGTGGT
SmilChr07G000891 Chr07 NC_080393.1:6385416-6385430promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6386491-6391552(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGGTGGCGGTGGT
SmilChr03G003519 Chr03 NC_080389.1:53787866-53787880promoter 内 2865-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53789002-53791554(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGTCGGTGCG
SmilChr05G004039 Chr05 NC_080391.1:54370571-54370585promoter 内 2663-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 54371909-54375277(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACATAGCC
SmilChr05G001021 Chr05 NC_080391.1:8375352-8375366promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8371112-8373995(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGTGTGTCGGTGAG
SmilChr06G000253 Chr06 NC_080392.1:1678469-1678483promoter 内 2565-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1675512-1677047(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAGCGTA
SmilChr02G004520 Chr02 NC_080388.1:67717816-67717830promoter 内 2247-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 67712220-67716076(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGCCGTCGGTGGT
SmilChr05G003757 Chr05 NC_080391.1:50746947-50746961promoter 内 2172-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50739821-50745132(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGCGGC
SmilChr04G000715 Chr04 NC_080390.1:8361288-8361302promoter 内 1836-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8363453-8366516(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAGTGGC
SmilChr04G002815 Chr04 NC_080390.1:44161065-44161079promoter 内 1577-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44163489-44164437(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATCACC
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38719612-38719626promoter 内 1456-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGAGTGTCGGTGAG
SmilChr02G002925 Chr02 NC_080388.1:49659963-49659977promoter 内 1144-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49662820-49665482(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGCGTCGGTGCA
SmilChr08G000828 Chr08 NC_080394.1:6119149-6119163promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6122258-6124930(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACCGGC
SmilChr04G003982 Chr04 NC_080390.1:55257022-55257036promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55260556-55264399(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCGCCGACAACGTC
SmilChr03G001202 Chr03 NC_080389.1:13858207-13858221promoter 内 183-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 13862025-13862894(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACCCCC
SmilChr06G001912 Chr06 NC_080392.1:23097447-23097461promoter 内 2171-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 23092120-23095631(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATCCGTCGGTGGC
SmilChr04G004118 Chr04 NC_080390.1:56068651-56068665promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 56064449-56067615(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGGGTCGGTGGC
SmilChr03G001451 Chr03 NC_080389.1:17302873-17302887promoter 内 2093-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 17304781-17307614(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G002757 Chr07 NC_080393.1:27388988-27389002promoter 内 1734-1748 bp + 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 27385203-27386735(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCGCC
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