转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 23 / 126 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000730 Chr01 NC_080387.1:16245334-16245348promoter 内 1894-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16247441-16254213(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGACGCGC
SmilChr07G004389 Chr07 NC_080393.1:56470498-56470512promoter 内 1635-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56465482-56468146(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCTCCTCG
SmilChr04G001589 Chr04 NC_080390.1:26450262-26450276promoter 内 1600-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26434610-26447875(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCACCCCC
SmilChr08G003046 Chr08 NC_080394.1:30610397-30610411promoter 内 1569-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 30612829-30613604(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGGCCTG
SmilChr06G002442 Chr06 NC_080392.1:35165593-35165607promoter 内 1329-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35162435-35162935(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGCGACACGTGGCG
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72478902-72478916promoter 内 1286-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 72481617-72483066(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTAGATCACGTGGCA
SmilChr03G003076 Chr03 NC_080389.1:47785223-47785237promoter 内 1048-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 47781488-47782284(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATTGTGACGTGGCG
SmilChr01G003069 Chr01 NC_080387.1:49535571-49535585promoter 内 829-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49531191-49532413(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCGCCC
SmilChr08G001372 Chr08 NC_080394.1:10943233-10943247promoter 内 702-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10946532-10946665(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTGTACACGTGGCA
SmilChr07G002436 Chr07 NC_080393.1:22773933-22773947promoter 内 603-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 22777331-22778311(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGGCTAA
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7572663-7572677promoter 内 378-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 7566103-7569054(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCATCAAC
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4573092-4573106promoter 内 356-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGGAAGACGTGGCG
SmilChr06G000535 Chr06 NC_080392.1:4457391-4457405promoter 内 3832-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 4453857-4457236(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAGTGCCACGTGGCG
SmilChr08G000880 Chr08 NC_080394.1:6509081-6509095promoter 内 2746-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 6506561-6507840(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTTCTCACGTGGCA
SmilChr07G003355 Chr07 NC_080393.1:36039215-36039229promoter 内 1755-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 36041461-36041949(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAGATCT
SmilChr03G002571 Chr03 NC_080389.1:40898995-40899009promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 40896814-40898886(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCTCCT
SmilChr08G002949 Chr08 NC_080394.1:29499407-29499421promoter 内 3815-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 29499593-29507224(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGATGACACGTGTCA
SmilChr06G001505 Chr06 NC_080392.1:16083501-16083515promoter 内 3804-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 16082373-16083318(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTCGAT
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596742-63596756promoter 内 3010-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 63594719-63595765(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACAGCCGACGTGGCA
SmilChr02G003301 Chr02 NC_080388.1:54291966-54291980promoter 内 2632-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 54286934-54290611(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCAACA
SmilChr03G000018 Chr03 NC_080389.1:201558-201572promoter 内 2411-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 197738-199982(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCATTT
SmilChr05G000374 Chr05 NC_080391.1:2807587-2807601promoter 内 1949-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 2802627-2805549(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGATGACACGTGTCA
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51230080-51230094promoter 内 1393-1407 bp - 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 51223504-51227486(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GACGACGACGTGGCA
SmilChr06G001403 Chr06 NC_080392.1:14728742-14728756promoter 内 1080-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 14721213-14725835(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACGCGACACGTGGCA
SmilChr07G003516 Chr07 NC_080393.1:40233802-40233816promoter 内 1029-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 40236774-40238485(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGTGACACGTGTCA
SmilChr07G001311 Chr07 NC_080393.1:10105898-10105912promoter 内 765-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 10101917-10102676(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGGCCGA
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504094-18504108promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 18507899-18512555(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAGACACGTGGCA
SmilChr06G001501 Chr06 NC_080392.1:16083501-16083515promoter 内 139-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 16066318-16079653(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTCGAT
SmilChr04G003448 Chr04 NC_080390.1:50991610-50991624promoter 内 3975-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50984948-50991598(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCTTCT
SmilChr02G001416 Chr02 NC_080388.1:26783397-26783411promoter 内 3861-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 26779584-26783271(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATTAACACGTGGCA
SmilChr02G000113 Chr02 NC_080388.1:1429776-1429790promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1427366-1429464(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCCCGC
SmilChr06G000392 Chr06 NC_080392.1:3129979-3129993promoter 内 2125-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3127253-3128117(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCGCGT
SmilChr02G000996 Chr02 NC_080388.1:17496955-17496969promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 17491781-17494982(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGTCCTGA
SmilChr04G003449 Chr04 NC_080390.1:50991610-50991624promoter 内 1975-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50993636-50994322(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAAGACACGTGGCG
SmilChr08G003297 Chr08 NC_080394.1:34082678-34082692promoter 内 1859-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34084820-34086727(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGATCACGTGGCC
SmilChr07G004478 Chr07 NC_080393.1:57349281-57349295promoter 内 1762-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57343780-57347056(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCGATG
SmilChr04G003887 Chr04 NC_080390.1:54690455-54690469promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54684630-54688203(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCTTGTGACGTGGCA
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SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1429776-1429790promoter 内 1604-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCCCGC
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SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37416915-37416929promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATGTCACGTGGCG
SmilChr04G003889 Chr04 NC_080390.1:54690455-54690469promoter 内 1193-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54693263-54697665(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACAAGA
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SmilChr04G000479 Chr04 NC_080390.1:5192596-5192610promoter 内 408-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5187049-5189017(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTCGCA
SmilChr06G002543 Chr06 NC_080392.1:36493619-36493633promoter 内 259-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 36489169-36489891(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCAAG
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SmilChr05G000709 Chr05 NC_080391.1:5353722-5353736promoter 内 51-65 bp - 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5348171-5349786(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACACGACACGTGGCA
SmilChr01G000021 Chr01 NC_080387.1:395671-395685promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 392106-394607(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACTGCC