转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 23 / 125 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001576 Chr02 NC_080388.1:29314546-29314565promoter 内 1267-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29317280-29320317(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGGGAAAAGACGAAGACGGA
SmilChr01G003749 Chr01 NC_080387.1:55829927-55829946promoter 内 1150-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55832778-55840842(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAACAACGACAAAAACAAG
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42038089-42038108promoter 内 1034-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42041056-42044875(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTAATTTTTCTCTTTTTCTT
SmilChr02G001682 Chr02 NC_080388.1:31057251-31057270promoter 内 1030-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31060222-31061972(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTGCTTTGTCTTCATCTG
SmilChr01G000492 Chr01 NC_080387.1:9978837-9978856promoter 内 924-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9972478-9975779(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAGACAGATAGGGA
SmilChr01G004809 Chr01 NC_080387.1:66292234-66292253promoter 内 895-914 bp + 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 66295340-66297444(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr01G002645 Chr01 NC_080387.1:44754501-44754520promoter 内 759-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44757743-44763466(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTCTCTCTGTCTTTTTTCT
SmilChr01G000759 Chr01 NC_080387.1:16682206-16682225promoter 内 753-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16660712-16678977(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGGGAAAAGACGAAGACGGA
SmilChr01G004262 Chr01 NC_080387.1:60890188-60890207promoter 内 583-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60893606-60895376(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9995329-9995348promoter 内 512-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34125652-34125671promoter 内 367-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34129286-34130890(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAGAAAGACAGGAGAGAT
SmilChr01G003042 Chr01 NC_080387.1:49412411-49412430promoter 内 346-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49402652-49408775(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCGTGTTTTGTCTTCTTTTT
SmilChr01G003428 Chr01 NC_080387.1:52938370-52938389promoter 内 274-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52942097-52942661(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTGTTTTTCTCCC
SmilChr01G002689 Chr01 NC_080387.1:45124383-45124402promoter 内 269-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45128115-45129904(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr02G005257 Chr02 NC_080388.1:73677051-73677070promoter 内 263-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73671042-73673332(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAAAGG
SmilChr01G003046 Chr01 NC_080387.1:49439493-49439512promoter 内 168-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49443326-49448527(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAGAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr01G005145 Chr01 NC_080387.1:69238765-69238784promoter 内 2717-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 9 69236880-69237500(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G003089 Chr01 NC_080387.1:49711181-49711200promoter 内 2999-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 7 49709166-49710198(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAAAAAAGAGAAAGAAAGA
SmilChr02G001359 Chr02 NC_080388.1:25419942-25419961promoter 内 454-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 5 25413893-25416414(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTGTTTTTTTGTG
SmilChr02G001632 Chr02 NC_080388.1:30277153-30277172promoter 内 3546-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 30272237-30276717(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAAAAAAGAGGAAAGAGGA
SmilChr02G004903 Chr02 NC_080388.1:71023619-71023638promoter 内 3525-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 71024095-71025732(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTTCTTTTTTTCTT
SmilChr03G003755 Chr03 NC_080389.1:56663417-56663436promoter 内 1996-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 56660572-56661431(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTCTTTTTCTTTTTCTC
SmilChr01G004987 Chr01 NC_080387.1:67912168-67912187promoter 内 1950-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 67914219-67916717(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAAGAAAGACAAAAAGAGC
SmilChr01G005896 Chr01 NC_080387.1:74877820-74877839promoter 内 1867-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 74879954-74880883(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCTTTTTTTTTCTTTTCCTG
SmilChr03G003756 Chr03 NC_080389.1:56663417-56663436promoter 内 1287-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 56666131-56670986(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGAAAAAGAAAAA
SmilChr03G000751 Chr03 NC_080389.1:8593720-8593739promoter 内 1202-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 8587917-8590940(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCCATTTTTCTCTTTTTTTT
SmilChr02G001376 Chr02 NC_080388.1:26027546-26027565promoter 内 1018-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 26030529-26038866(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAGAAAAAAGAA
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:978664-978683promoter 内 204-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 972487-974886(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTTTTCTCTCTCTTTTTTTC
SmilChr01G002458 Chr01 NC_080387.1:42202585-42202604promoter 内 3952-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 42202634-42205023(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CACAGAGAGACAAAACATAA
SmilChr01G000754 Chr01 NC_080387.1:16623429-16623448promoter 内 3733-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 16616861-16623180(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGAAAAAGAAAAA
SmilChr02G004902 Chr02 NC_080388.1:71023619-71023638promoter 内 3719-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 71021125-71023356(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAAAGAAAGAAAGA
SmilChr03G001490 Chr03 NC_080389.1:17955481-17955500promoter 内 3640-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 17955842-17956975(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr02G001939 Chr02 NC_080388.1:34836934-34836953promoter 内 2960-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 34837975-34841390(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTTCTTTTTTTCTT
SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70190359-70190378promoter 内 2878-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 70191482-70192438(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTCTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G005422 Chr01 NC_080387.1:71415338-71415357promoter 内 2444-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 71407830-71413800(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTTCCTTCTCTTTTTCTC
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