转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 23 / 138 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000048 Chr08 NC_080394.1:301714-301728promoter 内 3922-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 301793-303361(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAGGTTGG
SmilChr02G001917 Chr02 NC_080388.1:34507411-34507425promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34507543-34508333(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAAAGCAACCGTTG
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8809383-8809397promoter 内 3858-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8809526-8811807(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAATCGACCGTTG
SmilChr01G001616 Chr01 NC_080387.1:30280388-30280402promoter 内 3817-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 30278689-30280218(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAATCGACCGTTG
SmilChr05G003352 Chr05 NC_080391.1:44245470-44245484promoter 内 3480-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44243828-44244963(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAACACGACCGTTG
SmilChr04G002358 Chr04 NC_080390.1:38067212-38067226promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 38067913-38069409(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAATACC
SmilChr01G000083 Chr01 NC_080387.1:1576516-1576530promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 1577219-1585906(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATTTAA
SmilChr02G002942 Chr02 NC_080388.1:49930136-49930150promoter 内 3256-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 49928935-49929405(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAAACTC
SmilChr01G001822 Chr01 NC_080387.1:33171723-33171737promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33172479-33173986(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATTTAA
SmilChr07G000796 Chr07 NC_080393.1:5621580-5621594promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5618953-5620636(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAAATTGACCGTTT
SmilChr08G001328 Chr08 NC_080394.1:10615870-10615884promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 10611332-10614881(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTATTG
SmilChr03G001251 Chr03 NC_080389.1:14422939-14422953promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 14416837-14421916(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCTTTGC
SmilChr01G001636 Chr01 NC_080387.1:30404950-30404964promoter 内 2946-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 30406005-30409798(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAAATGA
SmilChr08G003757 Chr08 NC_080394.1:42796252-42796266promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42797389-42798691(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATTTCGT
SmilChr08G003383 Chr08 NC_080394.1:35578985-35578999promoter 内 2583-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 35580403-35584973(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGAAATTC
SmilChr02G003394 Chr02 NC_080388.1:55054061-55054075promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 55047713-55052560(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAATTTC
SmilChr04G003232 Chr04 NC_080390.1:49150166-49150180promoter 内 2290-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 49146843-49148469(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATTTTT
SmilChr04G003327 Chr04 NC_080390.1:50000200-50000214promoter 内 2266-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 49996884-49998479(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATTTTT
SmilChr02G002943 Chr02 NC_080388.1:49930136-49930150promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 49932146-49933072(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGTTTTTACCGTTG
SmilChr02G000605 Chr02 NC_080388.1:8809383-8809397promoter 内 1966-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8811418-8819629(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAATCGACCGTTG
SmilChr05G003463 Chr05 NC_080391.1:46024961-46024975promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 46027160-46027797(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAATCGACCGTTG
SmilChr08G003211 Chr08 NC_080394.1:32923942-32923956promoter 内 1487-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 32926456-32928203(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAATTCGACCGTTA
SmilChr07G000797 Chr07 NC_080393.1:5621580-5621594promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5624112-5626461(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATTTTT
SmilChr02G000603 Chr02 NC_080388.1:8809383-8809397promoter 内 1412-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8805790-8806808(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATTTAA
SmilChr03G001068 Chr03 NC_080389.1:12384473-12384487promoter 内 1307-1321 bp - 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 12387167-12387756(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCGATATT
SmilChr02G003386 Chr02 NC_080388.1:54974011-54974025promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 54976971-54978167(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCTTTGC
SmilChr06G002944 Chr06 NC_080392.1:42269541-42269555promoter 内 557-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42265081-42266111(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATGTCTT
SmilChr04G002381 Chr04 NC_080390.1:38350515-38350529promoter 内 370-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 38338645-38346898(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTTTCT
SmilChr05G004015 Chr05 NC_080391.1:54116684-54116698promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 54111903-54112851(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAATCGACCGTTG
SmilChr08G000047 Chr08 NC_080394.1:301714-301728promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 296239-297777(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCAACCTAACCGTTG
SmilChr05G003266 Chr05 NC_080391.1:42300542-42300556promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42300680-42303210(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGAATTTA
SmilChr04G002772 Chr04 NC_080390.1:43508832-43508846promoter 内 3767-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43509066-43512101(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCACGAAAA
SmilChr01G005128 Chr01 NC_080387.1:69072214-69072228promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69072506-69077970(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATCATGT
SmilChr08G004362 Chr08 NC_080394.1:53359128-53359142promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53357221-53358819(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATTTCGT
SmilChr03G002756 Chr03 NC_080389.1:43812764-43812778promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43808536-43812413(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATTTTT
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43586059-43586073promoter 内 3631-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43580843-43585703(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATTTTT
SmilChr03G002970 Chr03 NC_080389.1:46498053-46498067promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46498521-46502501(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAAATTGACCGTTT
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