转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 27 / 144 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002821 Chr04 NC_080390.1:44268401-44268413promoter 内 2700-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 44266637-44267112(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTTT
SmilChr04G002017 Chr04 NC_080390.1:32723169-32723181promoter 内 2554-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 32717587-32721734(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCGTTGACTATA
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53461708-53461720promoter 内 2448-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53457578-53460167(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCTTTGACTTTT
SmilChr03G001941 Chr03 NC_080389.1:27631825-27631837promoter 内 2420-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27621750-27630256(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGTAGTCAACGGG
SmilChr03G001443 Chr03 NC_080389.1:17197847-17197859promoter 内 2254-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17199594-17200208(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACGTC
SmilChr03G002355 Chr03 NC_080389.1:37179339-37179351promoter 内 2168-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37173624-37177518(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCTTTGACTTTT
SmilChr03G003598 Chr03 NC_080389.1:54612052-54612064promoter 内 2141-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54609101-54610204(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAAGTCAACGTG
SmilChr03G002729 Chr03 NC_080389.1:43354646-43354658promoter 内 2122-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43351839-43352779(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCGTTGACCATC
SmilChr01G005616 Chr01 NC_080387.1:72675286-72675298promoter 内 1738-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 72672952-72673035(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACTACA
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085114-62085126promoter 内 1724-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTAGTCAACGCT
SmilChr04G000243 Chr04 NC_080390.1:2210108-2210120promoter 内 1711-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2204094-2207830(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAGTTGACTATG
SmilChr01G005032 Chr01 NC_080387.1:68283137-68283149promoter 内 1460-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68278485-68280608(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAACTCA
SmilChr01G005031 Chr01 NC_080387.1:68277634-68277646promoter 内 1453-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68272982-68275098(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAACTCA
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41176337-41176349promoter 内 1360-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACGGTCAACGGT
SmilChr04G000755 Chr04 NC_080390.1:9239466-9239478promoter 内 1300-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9242167-9242768(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTTA
SmilChr02G004667 Chr02 NC_080388.1:69042808-69042820promoter 内 1040-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 69038716-69039859(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTTT
SmilChr03G001906 Chr03 NC_080389.1:26650817-26650829promoter 内 895-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26653923-26662440(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGTAGTCAACGGG
SmilChr04G002907 Chr04 NC_080390.1:45333252-45333264promoter 内 864-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45326192-45330127(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTAGTCAACGCT
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68661843-68661855promoter 内 722-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68665122-68666594(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACTTA
SmilChr03G004069 Chr03 NC_080389.1:59673834-59673846promoter 内 652-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59662715-59670497(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATGGTCAACGCG
SmilChr04G002758 Chr04 NC_080390.1:43330506-43330518promoter 内 470-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43325801-43326987(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACGTC
SmilChr03G001277 Chr03 NC_080389.1:14946090-14946102promoter 内 265-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 14949826-14953038(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACGTC
SmilChr04G000610 Chr04 NC_080390.1:6900130-6900142promoter 内 226-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 6895458-6896367(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATAGTCAACTGC
SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60710056-60710068promoter 内 190-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60704975-60706257(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAGTTGACTTTA
SmilChr02G005376 Chr02 NC_080388.1:74440039-74440051promoter 内 184-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74431320-74436234(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCCGTTGACTAAC
SmilChr01G003155 Chr01 NC_080387.1:50334699-50334711promoter 内 130-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50338570-50344717(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCTTTGACTTTT
SmilChr03G003964 Chr03 NC_080389.1:58681880-58681892promoter 内 3664-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 58682217-58682558(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTTGTTGACTTTC
SmilChr03G002666 Chr03 NC_080389.1:42362261-42362273promoter 内 2899-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 42363363-42364288(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACTGC
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35723446-35723458promoter 内 3909-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 35723538-35723879(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCAGTCAACGCC
SmilChr03G002887 Chr03 NC_080389.1:45526335-45526347promoter 内 981-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 45520383-45523327(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATGGTCAACGCA
SmilChr02G001974 Chr02 NC_080388.1:35723446-35723458promoter 内 90-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 35718038-35719547(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACTGAG
SmilChr04G002031 Chr04 NC_080390.1:33001078-33001090promoter 内 3926-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 32999464-33001015(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCTTTGACTTTC
SmilChr04G000549 Chr04 NC_080390.1:6135205-6135217promoter 内 3762-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 6135444-6138217(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAACTTA
SmilChr03G000703 Chr03 NC_080389.1:7847156-7847168promoter 内 3217-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 7841878-7846384(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAAAGCC
SmilChr04G001624 Chr04 NC_080390.1:27004020-27004032promoter 内 3117-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 27004904-27011019(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATGGTCAACGCA
SmilChr02G003756 Chr02 NC_080388.1:59216738-59216750promoter 内 2986-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 59217753-59219222(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTAAGTCAACTGC
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