转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 27 / 135 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002061 Chr04 NC_080390.1:33357929-33357938promoter 内 3822-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 33354733-33357759(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr03G001964 Chr03 NC_080389.1:28152859-28152868promoter 内 3792-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 28148309-28152659(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr02G002721 Chr02 NC_080388.1:47054412-47054421promoter 内 3729-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 47051765-47054149(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr02G003833 Chr02 NC_080388.1:59976135-59976144promoter 内 3685-3694 bp + 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 59974151-59975828(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37613173-37613182promoter 内 3594-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37613580-37615449(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr04G001065 Chr04 NC_080390.1:15223894-15223903promoter 内 3589-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 15219369-15223491(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr02G004089 Chr02 NC_080388.1:63170481-63170490promoter 内 3518-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 63165024-63170007(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGT
SmilChr02G000566 Chr02 NC_080388.1:7988196-7988205promoter 内 3491-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7980525-7987695(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr01G004541 Chr01 NC_080387.1:63561646-63561655promoter 内 3344-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 63559863-63560998(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr04G000939 Chr04 NC_080390.1:12377680-12377689promoter 内 3319-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12378362-12380127(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr05G001588 Chr05 NC_080391.1:14580731-14580740promoter 内 3053-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 14579370-14579792(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr02G002800 Chr02 NC_080388.1:48094925-48094934promoter 内 2976-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 48092925-48093909(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35784180-35784189promoter 内 2925-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35785256-35792216(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr01G000660 Chr01 NC_080387.1:14725589-14725598promoter 内 2909-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 14726681-14734421(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr04G001761 Chr04 NC_080390.1:28934322-28934331promoter 内 2843-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 28935480-28935551(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44533741-44533750promoter 内 2827-2836 bp - 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596446-1596455promoter 内 2793-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr02G001794 Chr02 NC_080388.1:32718968-32718977promoter 内 2775-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 32714814-32717751(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr04G003373 Chr04 NC_080390.1:50293209-50293218promoter 内 2754-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 50294456-50296241(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75107220-75107229promoter 内 2695-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 75104660-75105923(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74261464-74261473promoter 内 2671-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 74262794-74267868(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr02G001302 Chr02 NC_080388.1:24163070-24163079promoter 内 2669-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 24159815-24161747(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr04G004020 Chr04 NC_080390.1:55444853-55444862promoter 内 2640-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55446214-55446965(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr05G000928 Chr05 NC_080391.1:7419155-7419164promoter 内 2599-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7420557-7422392(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGT
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41227799-41227808promoter 内 2452-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 41229348-41233430(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G000096 Chr01 NC_080387.1:1700978-1700987promoter 内 2450-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 1702529-1704456(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G000085 Chr01 NC_080387.1:1596446-1596455promoter 内 2360-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 1598087-1599924(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G000592 Chr01 NC_080387.1:12905889-12905898promoter 内 2340-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12901654-12904237(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669340-12669349promoter 内 2324-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G001613 Chr01 NC_080387.1:30265427-30265436promoter 内 2259-2268 bp + 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 30259574-30263694(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr05G002397 Chr05 NC_080391.1:26472694-26472703promoter 内 2237-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 26474458-26476569(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr02G003785 Chr02 NC_080388.1:59518939-59518948promoter 内 2236-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 59514201-59517183(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr01G000718 Chr01 NC_080387.1:16070767-16070776promoter 内 2228-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 16068089-16069003(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54367701-54367710promoter 内 2131-2140 bp - 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 54369571-54371350(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGC
SmilChr02G005004 Chr02 NC_080388.1:71836660-71836669promoter 内 2087-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 71834042-71834755(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCC
SmilChr03G002077 Chr03 NC_080389.1:31782683-31782692promoter 内 2080-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 31778762-31780771(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGGCACGTGA
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