转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 27 / 142 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000106 Chr05 NC_080391.1:686908-686922promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 680867-683472(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:587306-587320promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 582624-583743(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G003716 Chr01 NC_080387.1:55491104-55491118promoter 内 379-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55494726-55498773(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTCCC
SmilChr01G000364 Chr01 NC_080387.1:7535352-7535366promoter 内 306-320 bp + 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 7539047-7539838(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACAA
SmilChr04G003073 Chr04 NC_080390.1:47295831-47295845promoter 内 299-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47288630-47292143(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACAA
SmilChr07G002295 Chr07 NC_080393.1:21240951-21240965promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 21244731-21246615(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr06G002336 Chr06 NC_080392.1:33900017-33900031promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 33900763-33916362(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39847766-39847780promoter 内 2673-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 39849094-39851883(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G000179 Chr04 NC_080390.1:1611274-1611288promoter 内 1455-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 1589284-1608742(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCCA
SmilChr01G001300 Chr01 NC_080387.1:25904600-25904614promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25904615-25910368(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCACCCT
SmilChr04G001720 Chr04 NC_080390.1:28455465-28455479promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28455498-28458394(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCTCAA
SmilChr04G001719 Chr04 NC_080390.1:28446049-28446063promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28446084-28449000(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCTCAA
SmilChr02G004128 Chr02 NC_080388.1:63522279-63522293promoter 内 3685-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 63522595-63526785(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAGCAT
SmilChr04G002521 Chr04 NC_080390.1:40246744-40246758promoter 内 2231-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40248514-40251244(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGAGGTAGGTGGC
SmilChr01G003733 Chr01 NC_080387.1:55627680-55627694promoter 内 2181-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 55618087-55625874(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACTCT
SmilChr08G001345 Chr08 NC_080394.1:10761415-10761429promoter 内 1983-1997 bp - 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10754831-10759411(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCAACCACCAT
SmilChr03G004674 Chr03 NC_080389.1:64174597-64174611promoter 内 1704-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64176894-64183309(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTTGGTAGGTGGG
SmilChr08G004572 Chr08 NC_080394.1:55291079-55291093promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55287477-55291006(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCACCC
SmilChr01G000247 Chr01 NC_080387.1:4650523-4650537promoter 内 3769-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4649148-4650305(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCTCAAC
SmilChr05G001232 Chr05 NC_080391.1:10415374-10415388promoter 内 3668-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10407889-10415055(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr07G002376 Chr07 NC_080393.1:22121351-22121365promoter 内 3580-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22118335-22120944(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATATTGGTAGGTGGG
SmilChr02G000912 Chr02 NC_080388.1:15778787-15778801promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15778015-15778353(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACAAA
SmilChr07G003016 Chr07 NC_080393.1:31156949-31156963promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 31156177-31156515(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACAAA
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74852029-74852043promoter 内 3538-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAGGGTAGGTGGG
SmilChr06G002448 Chr06 NC_080392.1:35215716-35215730promoter 内 3344-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35216373-35223519(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAGGGGTAGGTGGG
SmilChr06G000881 Chr06 NC_080392.1:8376359-8376373promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 8373926-8375613(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGCTGGTAGGTGAG
SmilChr01G001835 Chr01 NC_080387.1:33288173-33288187promoter 内 3003-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 33283408-33287189(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTAGA
SmilChr08G000612 Chr08 NC_080394.1:4558413-4558427promoter 内 2713-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4555276-4557139(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACTCT
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56260015-56260029promoter 内 2404-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGCGGTAGGTAGA
SmilChr01G004741 Chr01 NC_080387.1:65604393-65604407promoter 内 2262-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 65599698-65602668(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGTTGCA
SmilChr03G004491 Chr03 NC_080389.1:63032061-63032075promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 63027925-63030323(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACACCCT
SmilChr07G002377 Chr07 NC_080393.1:22121351-22121365promoter 内 2100-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22119394-22119464(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATATTGGTAGGTGGG
SmilChr05G001921 Chr05 NC_080391.1:19481131-19481145promoter 内 2050-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 19476355-19479194(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCAAC
SmilChr06G001312 Chr06 NC_080392.1:13609331-13609345promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 13604881-13607195(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACTAA
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898531-53898545promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACTCT
SmilChr06G000882 Chr06 NC_080392.1:8376359-8376373promoter 内 1579-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 8378781-8380081(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAGCAT
SmilChr03G000659 Chr03 NC_080389.1:7359387-7359401promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7354519-7356927(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGAGGTAGGTGGC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091092-5091106promoter 内 846-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCACCC
SmilChr08G000613 Chr08 NC_080394.1:4558413-4558427promoter 内 800-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4561614-4563476(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001181 Chr05 NC_080391.1:9887973-9887987promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9891341-9897344(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCAACCACCAT
SmilChr01G005892 Chr01 NC_080387.1:74852029-74852043promoter 内 480-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74855550-74858226(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAGGGTAGGTGGG
SmilChr01G002553 Chr01 NC_080387.1:43649496-43649510promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 43644592-43645904(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCGCCCA
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SmilChr07G001496 Chr07 NC_080393.1:11852461-11852475promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 11853500-11853677(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTTGGTAGGTATG
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SmilChr06G002700 Chr06 NC_080392.1:38947965-38947979promoter 内 2738-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 38949228-38951752(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGAGGTAGGTGAG
SmilChr08G004780 Chr08 NC_080394.1:57128902-57128916promoter 内 2209-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 57130694-57133417(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGGCGGTAGGTAGT
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