转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 28 / 139 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000179 Chr03 NC_080389.1:1921573-1921584promoter 内 2134-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 1923440-2552598(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGA
SmilChr04G000472 Chr04 NC_080390.1:5036236-5036247promoter 内 1993-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 5030402-5034239(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGA
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72479317-72479328promoter 内 1701-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 72481617-72483066(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCT
SmilChr04G000920 Chr04 NC_080390.1:11977322-11977333promoter 内 1663-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 11970954-11974995(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATCG
SmilChr03G004262 Chr03 NC_080389.1:61114119-61114130promoter 内 976-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 61109432-61111105(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGA
SmilChr05G000260 Chr05 NC_080391.1:1989454-1989465promoter 内 307-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 1993148-1997477(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCT
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21120260-21120271promoter 内 3959-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 21120302-21128904(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGA
SmilChr01G006004 Chr01 NC_080387.1:75614311-75614322promoter 内 3959-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 75614353-75617198(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCATGACGTGGC
SmilChr01G002153 Chr01 NC_080387.1:37530671-37530682promoter 内 3873-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 37529358-37530554(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr02G002356 Chr02 NC_080388.1:41345098-41345109promoter 内 3869-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 41344284-41344977(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCATCG
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1921573-1921584promoter 内 3856-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 1921718-1923415(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGA
SmilChr03G003207 Chr03 NC_080389.1:49620916-49620927promoter 内 3771-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49618368-49620697(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr04G000720 Chr04 NC_080390.1:8443272-8443283promoter 内 3663-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 8440758-8442945(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAAGA
SmilChr04G001150 Chr04 NC_080390.1:16975003-16975014promoter 内 3556-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16975448-16976587(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr04G001257 Chr04 NC_080390.1:19831431-19831442promoter 内 3507-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 19831925-19836797(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGT
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36007726-36007737promoter 内 3475-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 36008252-36008563(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGTGACGTGGC
SmilChr03G000944 Chr03 NC_080389.1:10708696-10708707promoter 内 3312-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10709385-10713375(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGTGACGTGGC
SmilChr03G000947 Chr03 NC_080389.1:10740607-10740618promoter 内 3305-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10741303-10745284(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGTGACGTGGC
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74076551-74076562promoter 内 3285-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 74074171-74075846(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr01G001447 Chr01 NC_080387.1:28177514-28177525promoter 内 3224-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28172135-28176748(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGCGACGTGGG
SmilChr01G003959 Chr01 NC_080387.1:57970879-57970890promoter 内 3191-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 57959319-57970080(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTTGACGTGGA
SmilChr03G003369 Chr03 NC_080389.1:52049639-52049650promoter 内 2987-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 52050653-52052145(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr04G003127 Chr04 NC_080390.1:47880583-47880594promoter 内 2840-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 47881744-47883044(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr03G000154 Chr03 NC_080389.1:1678174-1678185promoter 内 2712-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 1679463-1682183(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAACT
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22309275-22309286promoter 内 2708-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 22305039-22307993(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCATCC
SmilChr02G004953 Chr02 NC_080388.1:71492054-71492065promoter 内 2698-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 71488154-71490762(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATCG
SmilChr04G002887 Chr04 NC_080390.1:45083496-45083507promoter 内 2526-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 45084971-45085517(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39447233-39447244promoter 内 2360-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 39443057-39445603(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975003-16975014promoter 内 2264-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16976740-16977351(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGA
SmilChr02G001588 Chr02 NC_080388.1:29619852-29619863promoter 内 2063-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 29616400-29617925(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGA
SmilChr03G003170 Chr03 NC_080389.1:49062143-49062154promoter 内 2013-2024 bp + 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49051056-49060166(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATCG
SmilChr01G000941 Chr01 NC_080387.1:19905861-19905872promoter 内 1973-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 19907889-19909399(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGA
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71495831-71495842promoter 内 1919-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 71491638-71493760(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATCG
SmilChr01G003009 Chr01 NC_080387.1:49130443-49130454promoter 内 1743-1754 bp + 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49127526-49128196(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAAGA
SmilChr04G003887 Chr04 NC_080390.1:54690456-54690467promoter 内 1737-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 54684630-54688203(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTGTGACGTGGC
SmilChr01G000635 Chr01 NC_080387.1:14274900-14274911promoter 内 1672-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 14277229-14280357(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTGTGACGTGGC
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