转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 29 / 135 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000947 Chr02 NC_080388.1:16487186-16487200promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 16490702-16496248(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAGATCTTATCCTT
SmilChr01G004578 Chr01 NC_080387.1:63828830-63828844promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 63819762-63825207(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAACGTC
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58556671-58556685promoter 内 326-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 58560346-58570392(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGCTCCTTATCCAA
SmilChr02G002100 Chr02 NC_080388.1:37678351-37678365promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 37670534-37674674(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAAAGCTTATCCAC
SmilChr01G000766 Chr01 NC_080387.1:16793788-16793802promoter 内 286-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 16797503-16798633(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGTGATA
SmilChr03G001650 Chr03 NC_080389.1:21427761-21427775promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 21431513-21432404(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAAAA
SmilChr02G001832 Chr02 NC_080388.1:33337081-33337095promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 33341002-33345584(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGATCTAG
SmilChr02G002042 Chr02 NC_080388.1:36778261-36778275promoter 内 3984-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36773289-36778258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAATCTTATCCGA
SmilChr03G001236 Chr03 NC_080389.1:14275760-14275774promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14275833-14278119(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGTTCCTTATCCTT
SmilChr02G005448 Chr02 NC_080388.1:74842707-74842721promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74838279-74842611(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTATCTTATCCAT
SmilChr01G003192 Chr01 NC_080387.1:50663123-50663137promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50663246-50666895(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAAGGG
SmilChr01G000179 Chr01 NC_080387.1:2941065-2941079promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2940477-2940953(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACACCTTATCATC
SmilChr02G003479 Chr02 NC_080388.1:56081002-56081016promoter 内 3845-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56081158-56081237(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAAATCTTATCCTA
SmilChr01G006052 Chr01 NC_080387.1:76014458-76014472promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 76012807-76013950(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGATGAGA
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22303813-22303827promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGATCCTTATCCGA
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22286920-22286934promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGATCCTTATCCGA
SmilChr03G000484 Chr03 NC_080389.1:5167775-5167789promoter 内 3424-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5163205-5167212(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGATAATC
SmilChr02G003480 Chr02 NC_080388.1:56081002-56081016promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56081631-56081721(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAAATCTTATCCTA
SmilChr02G005229 Chr02 NC_080388.1:73495092-73495106promoter 内 3173-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 73485092-73494278(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAAATCTTATCCAA
SmilChr03G002608 Chr03 NC_080389.1:41484700-41484714promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41485553-41488274(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTGCCTTATCCAT
SmilChr03G001625 Chr03 NC_080389.1:20879449-20879463promoter 内 2918-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20875128-20878380(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTCCTTATCTAT
SmilChr01G000412 Chr01 NC_080387.1:8364106-8364120promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8365264-8368444(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAAACCTTATCAAA
SmilChr02G004648 Chr02 NC_080388.1:68910537-68910551promoter 内 2816-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 68911722-68913135(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAGACCTTATCTGC
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11458335-11458349promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11455871-11457025(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGCTATG
SmilChr01G004562 Chr01 NC_080387.1:63700545-63700559promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 63701888-63703925(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTCCTTATCTTT
SmilChr02G000745 Chr02 NC_080388.1:12039606-12039620promoter 内 2600-2614 bp - 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12041007-12043130(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGATTGA
SmilChr01G001133 Chr01 NC_080387.1:23020801-23020815promoter 内 2594-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23022208-23026034(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAGATCTTATCCTT
SmilChr03G002056 Chr03 NC_080389.1:31295496-31295510promoter 内 2562-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31291352-31294071(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGCAATG
SmilChr01G004015 Chr01 NC_080387.1:58556671-58556685promoter 内 2535-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58558137-58558208(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGCTCCTTATCCAA
SmilChr01G001558 Chr01 NC_080387.1:29599793-29599807promoter 内 2526-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29596491-29598332(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAAAA
SmilChr01G001530 Chr01 NC_080387.1:29294072-29294086promoter 内 2288-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29290857-29292373(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAAAA
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31485102-31485116promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31481695-31483396(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAAAA
SmilChr02G002315 Chr02 NC_080388.1:40772369-40772383promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40774146-40776510(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGACCTTATCTTT
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77207979-77207993promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 77209857-77211371(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCAACCTTATCATA
SmilChr02G004455 Chr02 NC_080388.1:66951450-66951464promoter 内 1969-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 66940716-66949432(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTAAAG
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61074572-61074586promoter 内 1923-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 61076650-61078939(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACATCTTATCCAT
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