转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 3 / 136 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001160 Chr05 NC_080391.1:9743230-9743240promoter 内 3412-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 9739071-9742651(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9067138-9067148promoter 内 2809-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 9068330-9069128(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr06G002872 Chr06 NC_080392.1:41550813-41550823promoter 内 2573-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 41552241-41553529(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr05G003934 Chr05 NC_080391.1:53103508-53103518promoter 内 2207-2217 bp + 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 53101653-53101724(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCC
SmilChr03G000409 Chr03 NC_080389.1:4440185-4440195promoter 内 2133-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 4437397-4438327(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr03G003960 Chr03 NC_080389.1:58648869-58648879promoter 内 1539-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 58638148-58646417(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr03G000408 Chr03 NC_080389.1:4440185-4440195promoter 内 1116-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 4436879-4437310(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr03G002997 Chr03 NC_080389.1:46782240-46782250promoter 内 1099-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 46777814-46779348(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr07G001546 Chr07 NC_080393.1:12555617-12555627promoter 内 580-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 12559038-12559742(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr03G001970 Chr03 NC_080389.1:28378622-28378632promoter 内 3984-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 28376639-28378615(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr03G002161 Chr03 NC_080389.1:33648507-33648517promoter 内 3946-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33648562-33653721(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr03G002164 Chr03 NC_080389.1:33681202-33681212promoter 内 3936-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33681267-33685915(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr05G000136 Chr05 NC_080391.1:1098418-1098428promoter 内 3934-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 1095388-1098361(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCC
SmilChr03G001968 Chr03 NC_080389.1:28369257-28369267promoter 内 3543-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 28367274-28368809(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr02G004019 Chr02 NC_080388.1:62500555-62500565promoter 内 3536-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 62498208-62500100(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54227187-54227197promoter 内 3505-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 54224244-54226701(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCC
SmilChr06G002166 Chr06 NC_080392.1:29804131-29804141promoter 内 3479-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 29804653-29811683(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCC
SmilChr02G005567 Chr02 NC_080388.1:75579691-75579701promoter 内 3139-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 75580553-75583002(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr06G003223 Chr06 NC_080392.1:44997937-44997947promoter 内 3070-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 44994120-44997016(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38322883-38322893promoter 内 3002-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr07G003908 Chr07 NC_080393.1:49272130-49272140promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 49267504-49271075(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr04G001605 Chr04 NC_080390.1:26750153-26750163promoter 内 2905-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 26751249-26752559(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr03G001212 Chr03 NC_080389.1:13940401-13940411promoter 内 2852-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 13941550-13942248(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr03G000933 Chr03 NC_080389.1:10636199-10636209promoter 内 2825-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 10631938-10635033(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr07G003073 Chr07 NC_080393.1:32274708-32274718promoter 内 2814-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 32275895-32275972(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992871-37992881promoter 内 2764-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 37994108-37997497(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr06G002458 Chr06 NC_080392.1:35373753-35373763promoter 内 2689-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 35375065-35376459(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr03G003630 Chr03 NC_080389.1:54971467-54971477promoter 内 2630-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 54972838-54974617(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGC
SmilChr04G001636 Chr04 NC_080390.1:27169206-27169216promoter 内 2578-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 27170629-27173270(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr04G001054 Chr04 NC_080390.1:15009177-15009187promoter 内 2543-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 15001703-15007729(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr02G003552 Chr02 NC_080388.1:56701016-56701026promoter 内 2438-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56694510-56699463(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23682740-23682750promoter 内 2381-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 23679351-23681130(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCC
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19618286-19618296promoter 内 2262-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 19620025-19622912(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr08G001628 Chr08 NC_080394.1:13474322-13474332promoter 内 2131-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 13476192-13477889(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
SmilChr03G000740 Chr03 NC_080389.1:8403467-8403477promoter 内 2055-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 8405413-8406971(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGCC
SmilChr07G003545 Chr07 NC_080393.1:41091689-41091699promoter 内 2019-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 41093671-41105779(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGC
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