转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 3 / 149 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39674328-39674336promoter 内 777-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 3 39677552-39681626(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr03G002119 Chr03 NC_080389.1:32939823-32939831promoter 内 691-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 3 32933148-32936521(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63672793-63672801promoter 内 523-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 3 63668533-63669323(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr04G001838 Chr04 NC_080390.1:29920436-29920444promoter 内 513-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 3 29923924-29926040(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1399395-1399403promoter 内 119-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 3 1403277-1405878(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10224817-10224825promoter 内 3740-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 10222400-10224564(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr03G001917 Chr03 NC_080389.1:26868205-26868213promoter 内 3669-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 26862241-26867881(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G003928 Chr02 NC_080388.1:61355674-61355682promoter 内 3653-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 61356022-61361913(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr01G003380 Chr01 NC_080387.1:52489175-52489183promoter 内 3616-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 52489560-52494862(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28144331-28144339promoter 内 3564-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 28144768-28222538(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215335-10215343promoter 内 3502-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 10212918-10214844(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr03G003605 Chr03 NC_080389.1:54697961-54697969promoter 内 3404-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 54698558-54702926(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr04G001560 Chr04 NC_080390.1:25898575-25898583promoter 内 3366-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 25899210-25902942(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3125890-3125898promoter 内 3360-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 3122092-3125257(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr03G001478 Chr03 NC_080389.1:17776795-17776803promoter 内 3203-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 17777593-17778415(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17772612-17772620promoter 内 3187-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 17773426-17774232(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr01G000340 Chr01 NC_080387.1:6944852-6944860promoter 内 3161-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 6945692-6946759(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29602820-29602828promoter 内 3125-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47697321-47697329promoter 内 3102-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 47695414-47696430(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G002015 Chr02 NC_080388.1:36309237-36309245promoter 内 3038-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 36306972-36308282(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72880589-72880597promoter 内 3006-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 72881584-72885734(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr01G005298 Chr01 NC_080387.1:70278934-70278942promoter 内 3001-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 70279934-70281517(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr04G000173 Chr04 NC_080390.1:1554366-1554374promoter 内 2880-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 1555487-1566128(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr01G000034 Chr01 NC_080387.1:563057-563065promoter 内 2828-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 564230-565217(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74722944-74722952promoter 内 2766-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 74724179-74724652(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4432479-4432487promoter 内 2751-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 4420914-4431237(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr01G004252 Chr01 NC_080387.1:60805115-60805123promoter 内 2733-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 60806383-60807910(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr04G002088 Chr04 NC_080390.1:33648938-33648946promoter 内 2704-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 33650235-33654137(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62656060-62656068promoter 内 2682-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 62657379-62661525(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr03G000179 Chr03 NC_080389.1:1921963-1921971promoter 内 2524-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 1923440-2552598(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr04G001209 Chr04 NC_080390.1:18728169-18728177promoter 内 2483-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 18725288-18726659(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10224817-10224825promoter 内 2369-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 10226449-10227917(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67197332-67197340promoter 内 1850-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 67185667-67195189(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
SmilChr03G001509 Chr03 NC_080389.1:18506908-18506916promoter 内 1819-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 18509090-18509806(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20137244-20137252promoter 内 1801-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 20132853-20135052(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCTGTCGGC
SmilChr03G000018 Chr03 NC_080389.1:202210-202218promoter 内 1765-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 2 197738-199982(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAGC
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