转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 31 / 120 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001828 Chr01 NC_080387.1:33214756-33214774promoter 内 3608-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33215149-33216677(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCATTCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr07G003880 Chr07 NC_080393.1:48438887-48438905promoter 内 3595-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48435729-48438499(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAGGGAAAG
SmilChr08G003091 Chr08 NC_080394.1:31125533-31125551promoter 内 3588-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 31124036-31125138(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGATGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr03G003718 Chr03 NC_080389.1:56197400-56197418promoter 内 3332-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 56198069-56199905(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCATGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G001827 Chr01 NC_080387.1:33214756-33214774promoter 内 3081-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33207252-33213854(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGAATGA
SmilChr08G003384 Chr08 NC_080394.1:35584212-35584230promoter 内 2787-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35585426-35586246(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGCAAAA
SmilChr05G000903 Chr05 NC_080391.1:7153209-7153227promoter 内 2280-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7154930-7157290(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGCAAAA
SmilChr07G003873 Chr07 NC_080393.1:48271826-48271844promoter 内 2234-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48257437-48270077(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGCAAAA
SmilChr08G004919 Chr08 NC_080394.1:58130276-58130294promoter 内 2229-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 58132048-58136376(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGCAAAA
SmilChr05G003147 Chr05 NC_080391.1:40223150-40223168promoter 内 2168-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40224983-40225652(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGTTAGA
SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66973993-66974011promoter 内 1934-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 66976060-66978911(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGATGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G005070 Chr01 NC_080387.1:68587443-68587461promoter 内 1909-1927 bp - 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 68583423-68585369(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTAGGAAATA
SmilChr05G000237 Chr05 NC_080391.1:1829760-1829778promoter 内 1885-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1826640-1827662(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTAGGAAATA
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41628211-41628229promoter 内 1879-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTAGGAAATA
SmilChr08G001695 Chr08 NC_080394.1:14186723-14186741promoter 内 1420-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14184087-14184160(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCATGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr08G004089 Chr08 NC_080394.1:49569789-49569807promoter 内 1409-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49566619-49567215(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAGGGAAAG
SmilChr02G001067 Chr02 NC_080388.1:18999792-18999810promoter 内 1382-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18990958-18997191(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAGGGAAAG
SmilChr01G001577 Chr01 NC_080387.1:29802645-29802663promoter 内 1363-1381 bp + 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 29805283-29805478(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAT
SmilChr07G004489 Chr07 NC_080393.1:57432965-57432983promoter 内 1216-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57435750-57438623(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCCTTTTTGGCAAAA
SmilChr03G000222 Chr03 NC_080389.1:2594022-2594040promoter 内 1189-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2596834-2607793(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCATTTTTGGAAAAC
SmilChr07G002486 Chr07 NC_080393.1:23520570-23520588promoter 内 1154-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 23515601-23517741(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTAGAAATT
SmilChr01G005071 Chr01 NC_080387.1:68587443-68587461promoter 内 1135-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 68590309-68591133(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCTAAAAAGGAAAT
SmilChr08G004917 Chr08 NC_080394.1:58130276-58130294promoter 内 900-918 bp + 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 58125224-58127193(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAGGGAAAG
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71257502-71257520promoter 内 605-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71260898-71273264(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCATGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G004655 Chr01 NC_080387.1:64658378-64658396promoter 内 392-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 64653899-64654787(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGCAAAT
SmilChr08G004088 Chr08 NC_080394.1:49569789-49569807promoter 内 325-343 bp + 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49563796-49566131(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAAGGGAAAG
SmilChr05G003913 Chr05 NC_080391.1:52860256-52860274promoter 内 246-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52855738-52856519(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCATCA
SmilChr08G003092 Chr08 NC_080394.1:31125533-31125551promoter 内 29-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 31129505-31132258(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCATCA
SmilChr03G004121 Chr03 NC_080389.1:60082379-60082397promoter 内 3956-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60070425-60082352(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCCCATTTGGAAACT
SmilChr08G000749 Chr08 NC_080394.1:5539232-5539250promoter 内 3847-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5532119-5539096(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CCTTTCTAAAAAAGGAAAC
SmilChr02G005174 Chr02 NC_080388.1:73041457-73041475promoter 内 3733-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 73041725-73043570(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTACCACAAAAGGAAAT
SmilChr08G000185 Chr08 NC_080394.1:1252765-1252783promoter 内 3635-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1253131-1255928(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTAGAAAGG
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6934626-6934644promoter 内 3596-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6929908-6934239(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGTAAGT
SmilChr08G000750 Chr08 NC_080394.1:5539232-5539250promoter 内 2991-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5540242-5541947(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTAGAAAGG
SmilChr05G000198 Chr05 NC_080391.1:1560576-1560594promoter 内 2778-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1561799-1566059(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCTAGAAACT
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