转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 31 / 128 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000153 Chr03 NC_080389.1:1650772-1650780promoter 内 678-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 1654095-1654571(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69267469-69267477promoter 内 471-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 69270999-69273246(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G005024 Chr01 NC_080387.1:68212678-68212686promoter 内 3445-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 68208685-68212130(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G000818 Chr02 NC_080388.1:13724428-13724436promoter 内 3018-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 13725411-13725815(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72250297-72250305promoter 内 2704-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 72251594-72258458(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2439405-2439413promoter 内 2431-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 2440975-2446801(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G004395 Chr01 NC_080387.1:62107353-62107361promoter 内 2244-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 62109110-62112274(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35375537-35375545promoter 内 2061-2069 bp + 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 35377477-35377821(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4049053-4049061promoter 内 2038-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 4051016-4054345(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001192 Chr01 NC_080387.1:24056304-24056312promoter 内 1963-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 24058342-24059483(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4084658-4084666promoter 内 1927-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 4086732-4089943(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G001263 Chr02 NC_080388.1:23134793-23134801promoter 内 1895-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 23136899-23137839(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G000202 Chr01 NC_080387.1:3477126-3477134promoter 内 1890-1898 bp - 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 3470653-3475023(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G000558 Chr01 NC_080387.1:11629161-11629169promoter 内 1653-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 11625613-11626821(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001240 Chr01 NC_080387.1:24796340-24796348promoter 内 1649-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 24798692-24798797(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2452499-2452507promoter 内 1649-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 2454851-2457037(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G000929 Chr01 NC_080387.1:19676166-19676174promoter 内 1565-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 19672530-19673738(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4791345-4791353promoter 内 1385-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 4793961-4795480(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G003930 Chr02 NC_080388.1:61369389-61369397promoter 内 325-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 61373065-61374600(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21655786-21655794promoter 内 240-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 21648406-21652033(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G001415 Chr01 NC_080387.1:27745197-27745205promoter 内 3899-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 27744491-27745103(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G004594 Chr01 NC_080387.1:63928804-63928812promoter 内 3643-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 63929162-63930851(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001587 Chr01 NC_080387.1:29905819-29905827promoter 内 3632-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 29906188-29908696(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G004637 Chr02 NC_080388.1:68831419-68831427promoter 内 3626-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 68830047-68831052(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G006005 Chr01 NC_080387.1:75619940-75619948promoter 内 3606-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 75620335-75623815(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G000210 Chr02 NC_080388.1:2745489-2745497promoter 内 3459-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 2746031-2749058(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64062729-64062737promoter 内 3180-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 64059365-64061916(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G001808 Chr02 NC_080388.1:32913082-32913090promoter 内 3043-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 32910261-32912132(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G000434 Chr01 NC_080387.1:8722933-8722941promoter 内 2966-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 8719189-8721906(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55403275-55403283promoter 内 2829-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 55396510-55402111(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56081820-56081828promoter 内 2805-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 56083016-56085836(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G002876 Chr02 NC_080388.1:49007586-49007594promoter 内 2746-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 49008841-49014202(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G001204 Chr02 NC_080388.1:22201063-22201071promoter 内 2543-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 22198792-22199613(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G005199 Chr02 NC_080388.1:73259014-73259022promoter 内 2534-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 73253668-73257555(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr02G002525 Chr02 NC_080388.1:43929566-43929574promoter 内 2354-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 43931213-43934713(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G003916 Chr01 NC_080387.1:57439539-57439547promoter 内 2308-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 57435045-57437854(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
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