转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 32 / 138 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003598 Chr01 NC_080387.1:54545919-54545932promoter 内 1645-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54539759-54543576(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCCAT
SmilChr01G004200 Chr01 NC_080387.1:60475528-60475541promoter 内 1603-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60477926-60482479(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGATACCTAACATA
SmilChr03G001092 Chr03 NC_080389.1:12614926-12614939promoter 内 1536-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12617391-12618652(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTTCAC
SmilChr02G004151 Chr02 NC_080388.1:63829298-63829311promoter 内 1505-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 63824145-63826815(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGACCTAACAAT
SmilChr02G004960 Chr02 NC_080388.1:71533400-71533413promoter 内 1490-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71535911-71539559(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTGTTAGGTAGTG
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46913747-46913760promoter 内 1399-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATGCCTAACTTT
SmilChr03G000314 Chr03 NC_080389.1:3581109-3581122promoter 内 1390-1403 bp - 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3575411-3578511(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAGGTAGGTATCA
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32479983-32479996promoter 内 1309-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAGTTAGGTAGTT
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68822832-68822845promoter 内 1261-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 68818426-68820105(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACCAAA
SmilChr02G005062 Chr02 NC_080388.1:72307984-72307997promoter 内 1211-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 72310774-72312312(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAATTAGGTATGT
SmilChr01G002650 Chr01 NC_080387.1:44830188-44830201promoter 内 1203-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44825256-44827403(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCACACCTAACACA
SmilChr02G005424 Chr02 NC_080388.1:74716272-74716285promoter 内 1086-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 74710572-74713370(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCTACCTAACATG
SmilChr01G000492 Chr01 NC_080387.1:9978705-9978718promoter 内 1062-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 9972478-9975779(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCCAT
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69210631-69210644promoter 内 1027-1040 bp - 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 69207208-69207670(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGTTAGGTGAAG
SmilChr01G004483 Chr01 NC_080387.1:62959861-62959874promoter 内 872-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 62962990-62965431(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCCAT
SmilChr02G004823 Chr02 NC_080388.1:70341872-70341885promoter 内 857-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 70334940-70338741(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTTGCCTAACTTC
SmilChr01G001746 Chr01 NC_080387.1:32135159-32135172promoter 内 747-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 32138413-32139448(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTGCCTAACTTA
SmilChr03G000539 Chr03 NC_080389.1:5848127-5848140promoter 内 726-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5851402-5859757(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGGTTAGGTAGTG
SmilChr01G001432 Chr01 NC_080387.1:27968288-27968301promoter 内 666-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 27971623-27972426(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCCAT
SmilChr02G004039 Chr02 NC_080388.1:62711884-62711897promoter 内 542-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 62706465-62708438(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATCAACCTAACCTA
SmilChr01G002365 Chr01 NC_080387.1:40831543-40831556promoter 内 501-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40821774-40828056(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGGG
SmilChr01G006037 Chr01 NC_080387.1:75871566-75871579promoter 内 482-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 75875085-75878965(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCAACCTAACAAA
SmilChr01G000616 Chr01 NC_080387.1:13581482-13581495promoter 内 470-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13577044-13577964(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGGACCTAACAAA
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73927707-73927720promoter 内 450-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 73922742-73924169(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTCACCTAACTAT
SmilChr02G005183 Chr02 NC_080388.1:73128254-73128267promoter 内 377-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 73131878-73133462(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCTCACCTAACATT
SmilChr01G002554 Chr01 NC_080387.1:43650331-43650344promoter 内 311-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43654021-43655734(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCCAACCTAACAAC
SmilChr02G000362 Chr02 NC_080388.1:4660432-4660445promoter 内 295-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4652574-4656739(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGAACCTAACTGA
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:139789-139802promoter 内 201-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAATTAGGTAAGA
SmilChr03G001811 Chr03 NC_080389.1:24725596-24725609promoter 内 169-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 24729428-24731395(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGGG
SmilChr02G000829 Chr02 NC_080388.1:14050233-14050246promoter 内 89-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14045221-14046334(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCTCACCTAACACA
SmilChr02G005296 Chr02 NC_080388.1:73927707-73927720promoter 内 66-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 73931642-73942575(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAGTTAGGTGAAT
SmilChr01G005507 Chr01 NC_080387.1:71924508-71924521promoter 内 44-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71928465-71932381(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGTTAGGTCAGG
SmilChr01G003734 Chr01 NC_080387.1:55632904-55632917promoter 内 2255-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 5 55629769-55631171(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAGTAGGTATAA
SmilChr01G000771 Chr01 NC_080387.1:16849902-16849915promoter 内 2946-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 16846529-16848860(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCATACCTAATATT
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16849902-16849915promoter 内 91-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 16853812-16854899(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATATTAGGTATGG
SmilChr01G002302 Chr01 NC_080387.1:39889277-39889290promoter 内 3684-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 39888183-39888973(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGAATTAGGTATAA
SmilChr01G003167 Chr01 NC_080387.1:50464217-50464230promoter 内 3204-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 50465014-50465975(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGAACCTAACACT
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23861823-23861836promoter 内 2524-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 23859430-23860359(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATCAACCTAACTAA
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SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11459114-11459127promoter 内 1899-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 11455871-11457025(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGCACCTAACAAA
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SmilChr01G001226 Chr01 NC_080387.1:24539061-24539074promoter 内 1780-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 24534961-24536853(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATCAACCTAACTAA
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47725934-47725947promoter 内 1360-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 47728575-47730018(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTAAACCTAACATT
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SmilChr02G004408 Chr02 NC_080388.1:66406738-66406751promoter 内 408-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 66401834-66403158(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAGTTAGGTCACA
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SmilChr01G000378 Chr01 NC_080387.1:7779792-7779805promoter 内 35-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 7783758-7787536(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTAATG