靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007112-RA_Salv |
SmilChr02G001791 |
TCP | XP_057795933.1 |
MP00062 |
GGGACCAC |
7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 33 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G000827 |
Chr08 | NC_080394.1:6115673-6115680promoter 内 1021-1028 bp |
- | 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 6118653-6124930(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G001759 |
Chr02 | NC_080388.1:32341083-32341090promoter 内 1007-1014 bp |
+ | 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 32344077-32354199(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G001057 |
Chr03 | NC_080389.1:12280431-12280438promoter 内 1006-1013 bp |
+ | 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12283426-12284432(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G003226 |
Chr03 | NC_080389.1:49935136-49935143promoter 内 1002-1009 bp |
+ | 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49938135-49940369(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr07G000988 |
Chr07 | NC_080393.1:7201496-7201503promoter 内 999-1006 bp |
+ | 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7204498-7207878(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G002940 |
Chr01 | NC_080387.1:48178744-48178751promoter 内 993-1000 bp |
+ | 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48181752-48185923(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr04G002091 |
Chr04 | NC_080390.1:33741469-33741476promoter 内 991-998 bp |
- | 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33735205-33738466(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G000957 |
Chr03 | NC_080389.1:10807096-10807103promoter 内 990-997 bp |
- | 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10810107-10812420(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr05G001121 |
Chr05 | NC_080391.1:9343885-9343892promoter 内 989-996 bp |
+ | 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9346897-9355384(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr05G000581 |
Chr05 | NC_080391.1:4372026-4372033promoter 内 988-995 bp |
- | 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4375039-4379401(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr04G003397 |
Chr04 | NC_080390.1:50507140-50507147promoter 内 986-993 bp |
+ | 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50510155-50510932(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr04G002349 |
Chr04 | NC_080390.1:37919397-37919404promoter 内 984-991 bp |
+ | 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37922414-37923323(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr07G002540 |
Chr07 | NC_080393.1:24106504-24106511promoter 内 984-991 bp |
- | 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24101438-24103494(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G003072 |
Chr03 | NC_080389.1:47742216-47742223promoter 内 983-990 bp |
+ | 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47738570-47739205(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr06G002584 |
Chr06 | NC_080392.1:37054975-37054982promoter 内 978-985 bp |
- | 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37057998-37059659(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G004721 |
Chr08 | NC_080394.1:56628313-56628320promoter 内 974-981 bp |
- | 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56631340-56634500(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G004456 |
Chr02 | NC_080388.1:66973032-66973039promoter 内 973-980 bp |
+ | 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 66976060-66978911(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G004362 |
Chr01 | NC_080387.1:61804007-61804014promoter 内 970-977 bp |
- | 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 61807038-61813544(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr06G002062 |
Chr06 | NC_080392.1:27115014-27115021promoter 内 968-975 bp |
- | 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 27118047-27121274(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr05G002592 |
Chr05 | NC_080391.1:29107999-29108006promoter 内 965-972 bp |
- | 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29111035-29112357(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G000572 |
Chr02 | NC_080388.1:8184075-8184082promoter 内 962-969 bp |
+ | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8088579-8181043(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G004883 |
Chr02 | NC_080388.1:70918713-70918720promoter 内 962-969 bp |
+ | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 70921752-70925604(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G004682 |
Chr01 | NC_080387.1:64895373-64895380promoter 内 959-966 bp |
+ | 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 64890235-64892338(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr05G002325 |
Chr05 | NC_080391.1:25083157-25083164promoter 内 957-964 bp |
+ | 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25073887-25080120(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G002783 |
Chr02 | NC_080388.1:47914811-47914818promoter 内 955-962 bp |
+ | 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47911401-47911772(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G000321 |
Chr02 | NC_080388.1:4035184-4035191promoter 内 953-960 bp |
- | 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4038232-4039837(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G002087 |
Chr03 | NC_080389.1:32162531-32162538promoter 内 953-960 bp |
+ | 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 32156574-32159490(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G002461 |
Chr08 | NC_080394.1:23437421-23437428promoter 内 945-952 bp |
+ | 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23440477-23442727(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr07G001697 |
Chr07 | NC_080393.1:14419184-14419191promoter 内 943-950 bp |
+ | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14414444-14416133(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G003542 |
Chr02 | NC_080388.1:56582678-56582685promoter 内 940-947 bp |
- | 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56585739-56586593(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G001702 |
Chr08 | NC_080394.1:14239930-14239937promoter 内 935-942 bp |
- | 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14242996-14248654(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G002332 |
Chr01 | NC_080387.1:40467218-40467225promoter 内 933-940 bp |
- | 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40470286-40471841(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G002515 |
Chr08 | NC_080394.1:24357839-24357846promoter 内 928-935 bp |
+ | 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24349114-24354773(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G001650 |
Chr03 | NC_080389.1:21428438-21428445promoter 内 926-933 bp |
+ | 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21431513-21432404(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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Chr02 | NC_080388.1:1479850-1479857promoter 内 924-931 bp |
+ | 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1475662-1476780(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
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Chr04 | NC_080390.1:46774554-46774561promoter 内 920-927 bp |
+ | 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 46777635-46778045(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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- | 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3847713-3851771(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
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Chr03 | NC_080389.1:33215547-33215554promoter 内 915-922 bp |
- | 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33208351-33212468(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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- | 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34690614-34693094(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
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- | 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39562681-39564360(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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Chr07 | NC_080393.1:37507996-37508003promoter 内 914-921 bp |
- | 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37511083-37514243(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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Chr07 | NC_080393.1:20195956-20195963promoter 内 913-920 bp |
- | 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 20199044-20203799(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G004591 |
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- | 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 63914506-63918108(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
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SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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- | 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 71429678-71437175(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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GGGACCAC |
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SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr07G002383 |
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- | 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22224020-22229474(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr07G002365 |
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+ | 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21950347-21952909(-) |
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+ | 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 27662126-27668065(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |