转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 33 / 130 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000827 Chr08 NC_080394.1:6115673-6115680promoter 内 1021-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6118653-6124930(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G001759 Chr02 NC_080388.1:32341083-32341090promoter 内 1007-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32344077-32354199(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12280431-12280438promoter 内 1006-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G003226 Chr03 NC_080389.1:49935136-49935143promoter 内 1002-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49938135-49940369(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G000988 Chr07 NC_080393.1:7201496-7201503promoter 内 999-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7204498-7207878(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G002940 Chr01 NC_080387.1:48178744-48178751promoter 内 993-1000 bp + 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48181752-48185923(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr04G002091 Chr04 NC_080390.1:33741469-33741476promoter 内 991-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33735205-33738466(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10807096-10807103promoter 内 990-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G001121 Chr05 NC_080391.1:9343885-9343892promoter 内 989-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9346897-9355384(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr05G000581 Chr05 NC_080391.1:4372026-4372033promoter 内 988-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4375039-4379401(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G003397 Chr04 NC_080390.1:50507140-50507147promoter 内 986-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50510155-50510932(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr04G002349 Chr04 NC_080390.1:37919397-37919404promoter 内 984-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37922414-37923323(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G002540 Chr07 NC_080393.1:24106504-24106511promoter 内 984-991 bp - 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24101438-24103494(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G003072 Chr03 NC_080389.1:47742216-47742223promoter 内 983-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47738570-47739205(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr06G002584 Chr06 NC_080392.1:37054975-37054982promoter 内 978-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37057998-37059659(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G004721 Chr08 NC_080394.1:56628313-56628320promoter 内 974-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56631340-56634500(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66973032-66973039promoter 内 973-980 bp + 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66976060-66978911(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G004362 Chr01 NC_080387.1:61804007-61804014promoter 内 970-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61807038-61813544(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr06G002062 Chr06 NC_080392.1:27115014-27115021promoter 内 968-975 bp - 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 27118047-27121274(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G002592 Chr05 NC_080391.1:29107999-29108006promoter 内 965-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29111035-29112357(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G000572 Chr02 NC_080388.1:8184075-8184082promoter 内 962-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8088579-8181043(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G004883 Chr02 NC_080388.1:70918713-70918720promoter 内 962-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70921752-70925604(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64895373-64895380promoter 内 959-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G002325 Chr05 NC_080391.1:25083157-25083164promoter 内 957-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25073887-25080120(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G002783 Chr02 NC_080388.1:47914811-47914818promoter 内 955-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47911401-47911772(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4035184-4035191promoter 内 953-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4038232-4039837(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G002087 Chr03 NC_080389.1:32162531-32162538promoter 内 953-960 bp + 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32156574-32159490(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G002461 Chr08 NC_080394.1:23437421-23437428promoter 内 945-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23440477-23442727(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G001697 Chr07 NC_080393.1:14419184-14419191promoter 内 943-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14414444-14416133(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56582678-56582685promoter 内 940-947 bp - 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56585739-56586593(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G001702 Chr08 NC_080394.1:14239930-14239937promoter 内 935-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14242996-14248654(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40467218-40467225promoter 内 933-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40470286-40471841(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G002515 Chr08 NC_080394.1:24357839-24357846promoter 内 928-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24349114-24354773(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G001650 Chr03 NC_080389.1:21428438-21428445promoter 内 926-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21431513-21432404(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G000117 Chr02 NC_080388.1:1479850-1479857promoter 内 924-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1475662-1476780(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G003033 Chr04 NC_080390.1:46774554-46774561promoter 内 920-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46777635-46778045(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
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