转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 33 / 142 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001618 Chr02 NC_080388.1:30120638-30120652promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30117719-30120632(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G001619 Chr02 NC_080388.1:30129850-30129864promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30126934-30129844(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr03G002253 Chr03 NC_080389.1:35454208-35454222promoter 内 3965-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35452741-35454186(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAAAAC
SmilChr08G001642 Chr08 NC_080394.1:13625971-13625985promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 13626103-13630027(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr05G004040 Chr05 NC_080391.1:54376798-54376812promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54376956-54384086(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G002949 Chr05 NC_080391.1:35542534-35542548promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35538087-35542381(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G001314 Chr07 NC_080393.1:10111431-10111445promoter 内 3816-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10111616-10113982(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000881 Chr04 NC_080390.1:11217667-11217681promoter 内 3802-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11217866-11221934(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72750408-72750422promoter 内 3750-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72746687-72750171(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTTTAC
SmilChr01G002108 Chr01 NC_080387.1:37144202-37144216promoter 内 3735-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37141366-37143950(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G002628 Chr01 NC_080387.1:44570852-44570866promoter 内 3724-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44571129-44591817(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G003129 Chr06 NC_080392.1:44173642-44173656promoter 内 3713-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44170717-44173368(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38756558-38756572promoter 内 3706-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 38751506-38756277(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G001489 Chr07 NC_080393.1:11745144-11745158promoter 内 3705-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11725689-11744862(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr05G000392 Chr05 NC_080391.1:2954983-2954997promoter 内 3691-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2955293-2956192(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr05G002792 Chr05 NC_080391.1:32647594-32647608promoter 内 3600-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32646212-32647207(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTTGGTAGGTAGA
SmilChr07G002800 Chr07 NC_080393.1:28004192-28004206promoter 内 3510-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28004683-28007969(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000375 Chr05 NC_080391.1:2823487-2823501promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2818645-2822998(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G000527 Chr07 NC_080393.1:3670868-3670882promoter 内 3442-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3671427-3673007(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G002799 Chr07 NC_080393.1:28004192-28004206promoter 内 3348-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28000732-28003553(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G001052 Chr07 NC_080393.1:7688371-7688385promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7682791-7687717(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004118 Chr01 NC_080387.1:59710422-59710436promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59711147-59712513(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr02G002056 Chr02 NC_080388.1:37006803-37006817promoter 内 3251-3265 bp - 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37004239-37006067(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G003518 Chr02 NC_080388.1:56360509-56360523promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56361338-56364843(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCAACCACCAA
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57686109-57686123promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57677485-57685284(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G000285 Chr01 NC_080387.1:5625390-5625404promoter 内 3133-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5586929-5624536(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGAGGTAGGTGGT
SmilChr02G004981 Chr02 NC_080388.1:71694772-71694786promoter 内 3125-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 71695648-71700824(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G002471 Chr07 NC_080393.1:23234593-23234607promoter 内 3103-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23228882-23233709(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr04G002170 Chr04 NC_080390.1:35049819-35049833promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35050729-35051337(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCAT
SmilChr03G002398 Chr03 NC_080389.1:37990029-37990043promoter 内 3074-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37985835-37989116(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36646385-36646399promoter 内 3036-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G003493 Chr04 NC_080390.1:51361422-51361436promoter 内 3034-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51362389-51364878(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCTTT
SmilChr08G002987 Chr08 NC_080394.1:29985155-29985169promoter 内 3004-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29983626-29984172(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G004387 Chr07 NC_080393.1:56418637-56418651promoter 内 2962-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56415581-56417612(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G003217 Chr03 NC_080389.1:49802538-49802552promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49803637-49810617(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr08G004027 Chr08 NC_080394.1:48691387-48691401promoter 内 2730-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 48689519-48690130(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr08G001247 Chr08 NC_080394.1:9920147-9920161promoter 内 2715-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9921433-9921504(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATTGGTAGGTGGC
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SmilChr08G001248 Chr08 NC_080394.1:9920147-9920161promoter 内 2190-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9921958-9922029(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATTGGTAGGTGGC