转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 33 / 121 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000990 Chr04 NC_080390.1:13533986-13534000promoter 内 1784-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13536203-13540538(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGAGGA
SmilChr04G003021 Chr04 NC_080390.1:46618058-46618072promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46611719-46615666(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGAGGA
SmilChr03G002022 Chr03 NC_080389.1:30274387-30274401promoter 内 1469-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 30268889-30271869(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGATCC
SmilChr04G003545 Chr04 NC_080390.1:51803754-51803768promoter 内 1283-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 51806472-51810664(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAACTC
SmilChr02G002442 Chr02 NC_080388.1:42663707-42663721promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42658474-42660778(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAACCGT
SmilChr02G002007 Chr02 NC_080388.1:36204961-36204975promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36207981-36211427(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCGCC
SmilChr01G003137 Chr01 NC_080387.1:50159378-50159392promoter 内 962-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 50162417-50164538(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGAAATT
SmilChr04G003544 Chr04 NC_080390.1:51803754-51803768promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 51798806-51800329(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTAGG
SmilChr03G001569 Chr03 NC_080389.1:19812468-19812482promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 19816151-19816257(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGTCCAGATCTGCT
SmilChr04G001287 Chr04 NC_080390.1:20526651-20526665promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 20518301-20522967(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G003933 Chr04 NC_080390.1:54968901-54968915promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54968948-54975398(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAACACC
SmilChr01G005686 Chr01 NC_080387.1:73112370-73112384promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73113003-73117631(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGAAAA
SmilChr01G004007 Chr01 NC_080387.1:58449723-58449737promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58450418-58450613(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTTTGGATCTGAT
SmilChr02G001774 Chr02 NC_080388.1:32512300-32512314promoter 内 2988-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32508661-32511301(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGATCGGATCTGAT
SmilChr03G001974 Chr03 NC_080389.1:28490827-28490841promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28487679-28489826(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACGAGATCTGGG
SmilChr01G003983 Chr01 NC_080387.1:58284489-58284503promoter 内 2985-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58281499-58283487(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTGTGGATCTGAA
SmilChr02G003150 Chr02 NC_080388.1:52530610-52530624promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52531767-52533896(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCGGATCTAGCTCT
SmilChr04G002950 Chr04 NC_080390.1:45838253-45838267promoter 内 2692-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45833586-45836958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTAAG
SmilChr01G000150 Chr01 NC_080387.1:2563194-2563208promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2559918-2561784(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCCCTGGATCTGAG
SmilChr04G000206 Chr04 NC_080390.1:1828793-1828807promoter 内 2370-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1830424-1833894(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTCAT
SmilChr03G001657 Chr03 NC_080389.1:21527811-21527825promoter 内 2300-2314 bp - 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21529512-21531719(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGAGCA
SmilChr03G000032 Chr03 NC_080389.1:404152-404166promoter 内 2247-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 399639-402412(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCACCGGATCTGAT
SmilChr02G000701 Chr02 NC_080388.1:11198916-11198930promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11196324-11197035(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAAATTT
SmilChr01G002315 Chr01 NC_080387.1:40145505-40145519promoter 内 2004-2018 bp + 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40137832-40143522(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTTT
SmilChr01G002324 Chr01 NC_080387.1:40327309-40327323promoter 内 1921-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40313988-40325243(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTTT
SmilChr03G003703 Chr03 NC_080389.1:55977780-55977794promoter 内 1839-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55979942-55982925(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGAGATCTAGCTCC
SmilChr02G005005 Chr02 NC_080388.1:71854038-71854052promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71842290-71851816(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAAAGT
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65512283-65512297promoter 内 1743-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGTTAGATCTGGT
SmilChr02G003695 Chr02 NC_080388.1:58404783-58404797promoter 内 1704-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58407080-58409466(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCTCCG
SmilChr03G001553 Chr03 NC_080389.1:19576800-19576814promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19579136-19579945(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTGGATCTGAC
SmilChr02G004334 Chr02 NC_080388.1:65601535-65601549promoter 内 1612-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 65603924-65606997(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAACCCGGATCTGAT
SmilChr01G001834 Chr01 NC_080387.1:33278742-33278756promoter 内 1565-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33281178-33283356(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTTAGATCTGCA
SmilChr05G001270 Chr05 NC_080391.1:10859682-10859696promoter 内 1399-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10840559-10857094(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGCCGCC
SmilChr03G004293 Chr03 NC_080389.1:61349379-61349393promoter 内 1288-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61342152-61346680(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTTTT
SmilChr03G002678 Chr03 NC_080389.1:42536759-42536773promoter 内 1097-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42531654-42533869(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTAAG
SmilChr04G001810 Chr04 NC_080390.1:29595709-29595723promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29583579-29592794(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGCCGCC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64895269-64895283promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACTAGATCTGCT
SmilChr02G000878 Chr02 NC_080388.1:15119000-15119014promoter 内 1035-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15104295-15116048(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTTT
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42162240-42162254promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACACTT
SmilChr01G003985 Chr01 NC_080387.1:58284489-58284503promoter 内 909-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58287581-58288554(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCACAGCT
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23648898-23648912promoter 内 894-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTGGATCTGAC
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42791834-42791848promoter 内 887-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42786737-42788734(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTAAG
SmilChr04G000205 Chr04 NC_080390.1:1828793-1828807promoter 内 844-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1822967-1825650(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAATTT
SmilChr01G005684 Chr01 NC_080387.1:73112370-73112384promoter 内 783-797 bp - 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73105131-73109166(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCTAGATCTGAA
SmilChr04G003932 Chr04 NC_080390.1:54968901-54968915promoter 内 670-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54962216-54965584(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGTTAGATCTGGA
SmilChr01G001831 Chr01 NC_080387.1:33278742-33278756promoter 内 450-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33268420-33275205(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAAGCT
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34090063-34090077promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34081061-34086475(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCT
SmilChr03G001656 Chr03 NC_080389.1:21527811-21527825promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21519312-21524210(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCTAGATCTGCA
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34090063-34090077promoter 内 39-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34085428-34086115(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCT
SmilChr01G005909 Chr01 NC_080387.1:74944591-74944605promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74948557-74950133(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCACCGGATCTGAT