转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 35 / 123 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71256090-71256104promoter 内 927-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACTCCA
SmilChr05G000830 Chr05 NC_080391.1:6536994-6537008promoter 内 923-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6532277-6533930(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATCTTA
SmilChr01G005137 Chr01 NC_080387.1:69157650-69157664promoter 内 831-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 69160820-69162997(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACTCCA
SmilChr03G002874 Chr03 NC_080389.1:45416743-45416757promoter 内 819-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45419925-45425806(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTGAA
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72478389-72478403promoter 内 773-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72481617-72483066(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGACGGG
SmilChr07G002015 Chr07 NC_080393.1:17984219-17984233promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 17979992-17980980(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGCCTC
SmilChr05G003540 Chr05 NC_080391.1:47267074-47267088promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47270418-47271831(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTGAA
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50949946-50949960promoter 内 645-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50942992-50946604(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATCACC
SmilChr01G003459 Chr01 NC_080387.1:53163942-53163956promoter 内 597-611 bp + 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53157546-53160552(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAAGAGC
SmilChr01G000056 Chr01 NC_080387.1:872537-872551promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 875966-877320(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACACGTCT
SmilChr03G004121 Chr03 NC_080389.1:60085804-60085818promoter 内 535-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60070425-60082352(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTCCGCC
SmilChr06G000501 Chr06 NC_080392.1:4120533-4120547promoter 内 525-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4124009-4127871(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTTGTGTCGGTGAT
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36679274-36679288promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36682773-36686580(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACTCCA
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13077189-13077203promoter 内 480-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACATTGGCGGTGGT
SmilChr03G000508 Chr03 NC_080389.1:5480220-5480234promoter 内 472-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5483749-5488480(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAACATGTCGGTGGC
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18592641-18592655promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 18596194-18596810(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTGAA
SmilChr07G003129 Chr07 NC_080393.1:33199078-33199092promoter 内 439-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33202640-33208096(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTTCTGTCGGTGGA
SmilChr07G003451 Chr07 NC_080393.1:38535759-38535773promoter 内 409-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38539351-38548484(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TAAGATGTCGGTGGA
SmilChr07G004725 Chr07 NC_080393.1:60130315-60130329promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60123770-60126643(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACTCCA
SmilChr03G004649 Chr03 NC_080389.1:64041810-64041824promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64035093-64038113(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACATCGCC
SmilChr06G000199 Chr06 NC_080392.1:1368663-1368677promoter 内 285-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1372379-1373058(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGGGTCGGTGGT
SmilChr03G002153 Chr03 NC_080389.1:33490054-33490068promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33483435-33486327(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGCACG
SmilChr08G001338 Chr08 NC_080394.1:10687068-10687082promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10690833-10691787(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTGAA
SmilChr07G002488 Chr07 NC_080393.1:23549970-23549984promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 23553769-23557171(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCCACC
SmilChr07G001189 Chr07 NC_080393.1:9029307-9029321promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 9033118-9034561(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGAGTGTCGGTGAA
SmilChr07G003009 Chr07 NC_080393.1:30967302-30967316promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 30953415-30963452(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATGTGGCGGTGGT
SmilChr01G002675 Chr01 NC_080387.1:44965355-44965369promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44960668-44961474(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACTCCA
SmilChr02G001165 Chr02 NC_080388.1:21296637-21296651promoter 内 488-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 5 21300150-21300222(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTCC
SmilChr03G000180 Chr03 NC_080389.1:1933905-1933919promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 1928414-1933218(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460473-72460487promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 72451656-72457191(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTCC
SmilChr01G005579 Chr01 NC_080387.1:72513694-72513708promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 72517032-72519273(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTCC
SmilChr06G001873 Chr06 NC_080392.1:22244488-22244502promoter 内 296-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 22238063-22240797(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGGTTGTCGGCGGC
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59228779-59228793promoter 内 3464-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 59227164-59228256(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G000551 Chr02 NC_080388.1:7725590-7725604promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 7723383-7724983(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGGTTGTCGGCGGC
SmilChr04G003392 Chr04 NC_080390.1:50464998-50465012promoter 内 3048-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 50465951-50467991(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G002569 Chr05 NC_080391.1:28858625-28858639promoter 内 3046-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 28851087-28857684(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCTGGCGTCGGTGGG
SmilChr02G002326 Chr02 NC_080388.1:40943391-40943405promoter 内 2909-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 40939951-40942313(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGCGGCGGTGGT
SmilChr06G000736 Chr06 NC_080392.1:6784250-6784264promoter 内 2725-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 6785526-6792764(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTCC
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SmilChr01G006169 Chr01 NC_080387.1:77197244-77197258promoter 内 2593-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 77198652-77205021(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAACCCA
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SmilChr07G003576 Chr07 NC_080393.1:41758017-41758031promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 41760132-41772541(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCAGCGGCGGTGGT
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SmilChr08G002995 Chr08 NC_080394.1:30056951-30056965promoter 内 868-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 30051707-30053832(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACATTGTCGGCGGC