转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 36 / 152 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003747 Chr02 NC_080388.1:59126192-59126210promoter 内 2592-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 59127601-59130370(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGTAGTGGTTGAGGTGA
SmilChr02G000406 Chr02 NC_080388.1:5028480-5028498promoter 内 2258-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5030223-5033663(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTTCAACCACTTTTGT
SmilChr01G004195 Chr01 NC_080387.1:60407739-60407757promoter 内 1974-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 60409766-60413421(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTGGTGGTTGAGAGGG
SmilChr05G003177 Chr05 NC_080391.1:40674363-40674381promoter 内 1893-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 40676471-40677958(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGTGGTGGTTGATGTTG
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34770514-34770532promoter 内 1872-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 34772643-34776230(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGTAACAA
SmilChr05G000664 Chr05 NC_080391.1:5020880-5020898promoter 内 1727-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5023154-5025239(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCTCAACCACTCTTAT
SmilChr05G000715 Chr05 NC_080391.1:5440987-5441005promoter 内 1699-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5436724-5438703(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCTCAACCACTCTTAT
SmilChr04G001270 Chr04 NC_080390.1:20200948-20200966promoter 内 604-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 20195045-20197569(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTAGTGGTTGGCATAC
SmilChr05G001813 Chr05 NC_080391.1:18097886-18097904promoter 内 481-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 18089460-18094384(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTCTCAACCACTTGCAA
SmilChr02G001032 Chr02 NC_080388.1:18261250-18261268promoter 内 259-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 18264992-18268102(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr02G002135 Chr02 NC_080388.1:38468976-38468994promoter 内 41-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38464018-38465034(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTTGTGGTTGGTACGG
SmilChr04G002972 Chr04 NC_080390.1:46086630-46086648promoter 内 3952-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46086679-46089185(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAAGTGGTTGACATGA
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3524740-3524758promoter 内 3869-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCACAACCACTTTATC
SmilChr03G002165 Chr03 NC_080389.1:33692605-33692623promoter 内 3521-3539 bp - 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33688071-33692143(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCTTCCAACCACACCGGC
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59228768-59228786promoter 内 3471-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59227164-59228256(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGAATTTC
SmilChr03G003733 Chr03 NC_080389.1:56365151-56365169promoter 内 3428-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56361768-56364596(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGAAAGTGGTTGAGCCTT
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3524740-3524758promoter 内 3149-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3519795-3523906(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCACAACCACTTTATC
SmilChr02G000090 Chr02 NC_080388.1:1164497-1164515promoter 内 3116-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1165382-1170075(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAACTCAACCACCACCGG
SmilChr05G002607 Chr05 NC_080391.1:29308320-29308338promoter 内 3087-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29309234-29309340(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCTTCAACCACATCCAT
SmilChr05G000593 Chr05 NC_080391.1:4474536-4474554promoter 内 3054-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4469970-4473607(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCTCCAACTGCCTTTTC
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40099778-40099796promoter 内 2919-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40097042-40098714(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAAGTGGTTGTGAGTG
SmilChr05G003178 Chr05 NC_080391.1:40683145-40683163promoter 内 2879-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40684267-40686939(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGTGGTGGTTGATGTTG
SmilChr03G000917 Chr03 NC_080389.1:10481396-10481414promoter 内 2875-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10482522-10483574(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCGCAGTGGTTGGGGTGC
SmilChr01G004608 Chr01 NC_080387.1:64055494-64055512promoter 内 2834-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64049753-64054345(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATTGGTGGTTGTGGGTA
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1750930-1750948promoter 内 2712-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1745405-1749659(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAACTCAACCACCACCGG
SmilChr04G004026 Chr04 NC_080390.1:55515823-55515841promoter 内 2613-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55517211-55520766(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCCACAACCACCGCCCT
SmilChr01G005469 Chr01 NC_080387.1:71679730-71679748promoter 内 2330-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71674685-71678077(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCACAACCACTTTAAC
SmilChr04G000100 Chr04 NC_080390.1:904026-904044promoter 内 2309-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 905718-910298(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTAGGTGGTTGGCGTGA
SmilChr02G003274 Chr02 NC_080388.1:54023149-54023167promoter 内 2088-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54018944-54021254(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTCCCAACCACAAAATC
SmilChr02G000214 Chr02 NC_080388.1:2776131-2776149promoter 内 1966-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2778166-2781351(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAAAGTGGTTGTGAGTG
SmilChr03G000491 Chr03 NC_080389.1:5261226-5261244promoter 内 1887-1905 bp - 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5263340-5269150(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGTGGTGGTTGGCATGA
SmilChr03G000195 Chr03 NC_080389.1:2183250-2183268promoter 内 1819-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2178065-2181086(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCAGGTGGTTGGAAAAT
SmilChr03G000332 Chr03 NC_080389.1:3761417-3761435promoter 内 1789-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3756117-3759223(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCATTGTGGTTGGGGTGG
SmilChr01G004890 Chr01 NC_080387.1:66954906-66954924promoter 内 1623-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66950196-66952546(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGAAAGTGGTTGAGTATA
SmilChr04G002303 Chr04 NC_080390.1:37294501-37294519promoter 内 1520-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37296982-37302644(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGAGGTGGTGGGAAGGG
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SmilChr01G002089 Chr01 NC_080387.1:36886570-36886588promoter 内 1491-1509 bp - 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36883067-36884078(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGCGTCAACCACTTTGGT
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SmilChr04G000454 Chr04 NC_080390.1:4815988-4816006promoter 内 1359-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4818630-4819599(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGCGGTGGTTGTGGCTT
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SmilChr01G001850 Chr01 NC_080387.1:33425522-33425540promoter 内 1119-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33428404-33431711(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAATTGGTTGGGCCGG
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SmilChr03G002432 Chr03 NC_080389.1:38623163-38623181promoter 内 904-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38626260-38630452(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr04G000364 Chr04 NC_080390.1:3657825-3657843promoter 内 889-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3654240-3654731(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCGGCCAACCACCCCTAC