转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 37 / 144 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004285 Chr02 NC_080388.1:65145756-65145768promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 65144311-65144417(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G001082 Chr03 NC_080389.1:12535678-12535690promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 12537029-12537135(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G001482 Chr03 NC_080389.1:17879705-17879717promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17878260-17878366(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G001990 Chr03 NC_080389.1:29248428-29248440promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29249779-29249885(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G001991 Chr03 NC_080389.1:29257102-29257114promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29258453-29258559(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G003615 Chr03 NC_080389.1:54828141-54828153promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54829492-54829598(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G003631 Chr03 NC_080389.1:54981923-54981935promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54980478-54980584(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G004079 Chr03 NC_080389.1:59725606-59725618promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59726957-59727063(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr04G000518 Chr04 NC_080390.1:5705386-5705398promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5703941-5704047(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr04G001098 Chr04 NC_080390.1:15727872-15727884promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15726427-15726533(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr04G002108 Chr04 NC_080390.1:34045937-34045949promoter 内 2650-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 34047288-34047394(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr03G002984 Chr03 NC_080389.1:46660682-46660694promoter 内 2649-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46659236-46659342(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr02G000119 Chr02 NC_080388.1:1578861-1578873promoter 内 2647-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1577413-1577519(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70219729-70219741promoter 内 2643-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70221087-70222094(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCGTTGACCGTG
SmilChr01G006016 Chr01 NC_080387.1:75746447-75746459promoter 内 2484-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75747964-75750475(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAACCTT
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12239589-12239601promoter 内 2201-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGGA
SmilChr03G004755 Chr03 NC_080389.1:64649923-64649935promoter 内 2124-2136 bp + 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64633916-64648058(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGGGTTGACTTCA
SmilChr01G003192 Chr01 NC_080387.1:50661289-50661301promoter 内 2044-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50663246-50666895(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTTCG
SmilChr02G005221 Chr02 NC_080388.1:73424732-73424744promoter 内 1820-1832 bp - 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73426913-73431663(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCTTTGACTTTT
SmilChr02G005430 Chr02 NC_080388.1:74737543-74737555promoter 内 1480-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74733230-74735034(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACTCG
SmilChr01G002511 Chr01 NC_080387.1:43003065-43003077promoter 内 1415-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43005651-43008379(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGGGTTGACTTCA
SmilChr02G005388 Chr02 NC_080388.1:74523413-74523425promoter 内 1349-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74518290-74520773(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGGG
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70124882-70124894promoter 内 1097-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70127786-70128712(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCGTTGACCGTG
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70219729-70219741promoter 内 1031-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70222699-70224075(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCGTTGACCGTG
SmilChr02G005390 Chr02 NC_080388.1:74523413-74523425promoter 内 854-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74526560-74528656(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCTTTGACTTTG
SmilChr03G003811 Chr03 NC_080389.1:57162574-57162586promoter 内 752-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57156463-57159337(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCTTTGACTTTT
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55348304-55348316promoter 内 632-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55351673-55352897(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAACCTA
SmilChr01G001610 Chr01 NC_080387.1:30250099-30250111promoter 内 597-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30253503-30255496(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCGGTTGACTTCT
SmilChr03G000427 Chr03 NC_080389.1:4649121-4649133promoter 内 506-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4652616-4653626(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCTTTGACTTTT
SmilChr03G001394 Chr03 NC_080389.1:16535872-16535884promoter 内 300-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16539573-16545270(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGGA
SmilChr03G003616 Chr03 NC_080389.1:54828141-54828153promoter 内 231-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54831911-54833182(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTTC
SmilChr04G003134 Chr04 NC_080390.1:47923977-47923989promoter 内 1430-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 47926548-47928905(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACACC
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36679868-36679880promoter 内 1096-1108 bp + 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 36682773-36686580(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGGA
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27663278-27663290promoter 内 3902-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 27659998-27663191(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACTTTGACTTTT
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12521983-12521995promoter 内 3795-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 12517283-12521789(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTTGT
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