转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 37 / 137 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001859 Chr03 NC_080389.1:25665045-25665059promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 25665512-25673179(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCATAT
SmilChr05G001478 Chr05 NC_080391.1:13555703-13555717promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 13556417-13563119(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTTTGACGTGGCA
SmilChr05G003022 Chr05 NC_080391.1:37757678-37757692promoter 内 1554-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 37760125-37763087(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGAAGACGTGGCC
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48829419-48829433promoter 内 1212-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 48823379-48826644(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATACCGACGTGGCG
SmilChr08G003661 Chr08 NC_080394.1:40335060-40335074promoter 内 1196-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 40337865-40341047(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCCCA
SmilChr01G001779 Chr01 NC_080387.1:32683962-32683976promoter 内 1187-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 32686776-32690199(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCATAT
SmilChr02G003335 Chr02 NC_080388.1:54590791-54590805promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 54593985-54596290(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAAAAAA
SmilChr02G005084 Chr02 NC_080388.1:72463657-72463671promoter 内 607-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72467051-72468400(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGATTACGTGGCA
SmilChr06G002931 Chr06 NC_080392.1:42170729-42170743promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 42163729-42167115(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGCGACGTGGAG
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65099840-65099854promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 65094038-65095880(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCGCTGACGTGTCG
SmilChr06G002332 Chr06 NC_080392.1:33839015-33839029promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33818395-33838973(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGTAAT
SmilChr03G003896 Chr03 NC_080389.1:58057289-58057303promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58057346-58057959(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTGCGCT
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69876342-69876356promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCCTG
SmilChr01G002822 Chr01 NC_080387.1:46765320-46765334promoter 内 3850-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46765471-46765940(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGACGG
SmilChr02G000655 Chr02 NC_080388.1:9935993-9936007promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9933779-9935770(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr01G006070 Chr01 NC_080387.1:76113034-76113048promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 76113312-76114864(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGTCCG
SmilChr05G002228 Chr05 NC_080391.1:23835807-23835821promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23836104-23837638(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGTCCG
SmilChr04G002648 Chr04 NC_080390.1:41842847-41842861promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41843194-41845852(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr02G004867 Chr02 NC_080388.1:70782345-70782359promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70782694-70782767(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr08G000233 Chr08 NC_080394.1:1594724-1594738promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1590925-1594367(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTGAAGACGTGGCG
SmilChr08G000422 Chr08 NC_080394.1:3013609-3013623promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3011809-3013048(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTTCAAG
SmilChr05G002281 Chr05 NC_080391.1:24539034-24539048promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24536172-24538311(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr02G003343 Chr02 NC_080388.1:54660201-54660215promoter 内 3256-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54660946-54666348(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGATGACGTGTCA
SmilChr08G000365 Chr08 NC_080394.1:2512526-2512540promoter 内 3249-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2513278-2515600(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCTTACGTGGCA
SmilChr01G004614 Chr01 NC_080387.1:64094558-64094572promoter 内 3202-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64089102-64093773(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr07G003142 Chr07 NC_080393.1:33320054-33320068promoter 内 3196-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33318781-33319263(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr08G002747 Chr08 NC_080394.1:27086064-27086078promoter 内 3185-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27086880-27091271(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr04G002601 Chr04 NC_080390.1:41434853-41434867promoter 内 3048-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41435806-41438481(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr06G002333 Chr06 NC_080392.1:33839015-33839029promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33840008-33841063(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTACCCACGTGGCA
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23538572-23538586promoter 内 2898-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23539675-23540631(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr03G001100 Chr03 NC_080389.1:12667434-12667448promoter 内 2866-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12665480-12666313(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr01G004377 Chr01 NC_080387.1:61969894-61969908promoter 内 2738-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61971157-61977289(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGATGACGTGTCA
SmilChr06G001657 Chr06 NC_080392.1:18831405-18831419promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18817534-18830042(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCTAA
SmilChr07G004574 Chr07 NC_080393.1:58532540-58532554promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58534052-58535131(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGGATGACGTGTCA
SmilChr08G000636 Chr08 NC_080394.1:4749460-4749474promoter 内 2477-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4743391-4747950(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCACCAAC
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