转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 40 / 152 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000780 Chr08 NC_080394.1:5740786-5740800promoter 内 1494-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5743293-5745794(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGCTGTCGGTGGTC
SmilChr07G002645 Chr07 NC_080393.1:25593396-25593410promoter 内 1441-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 25588789-25590850(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCACCAC
SmilChr05G002114 Chr05 NC_080391.1:22165992-22166006promoter 内 890-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 22169103-22175351(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACCGCCGACAAGCC
SmilChr03G003366 Chr03 NC_080389.1:52009701-52009715promoter 内 825-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 52005138-52006539(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGTTGTCGGTGAAT
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71646301-71646315promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 71650157-71655342(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCTTGTCGGCGGTT
SmilChr03G001687 Chr03 NC_080389.1:22282991-22283005promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 22282306-22282971(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTACACCGACAACGT
SmilChr03G000345 Chr03 NC_080389.1:3896776-3896790promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3896839-3897761(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGCTGTCGGTGCTG
SmilChr08G001849 Chr08 NC_080394.1:15846535-15846549promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15846599-15855716(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGCTGTCGGTGGTC
SmilChr01G004135 Chr01 NC_080387.1:59859363-59859377promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 59859439-59869965(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTAATGTCGGTGGAT
SmilChr02G000638 Chr02 NC_080388.1:9669298-9669312promoter 内 3812-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9664075-9669123(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGCGGTT
SmilChr03G000675 Chr03 NC_080389.1:7549015-7549029promoter 内 3756-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7546223-7548784(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGACATTAG
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52507111-52507125promoter 内 3668-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGTTTGGCGGTGGAG
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55065861-55065875promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55061660-55065534(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCTTGTCGGCGACG
SmilChr08G003720 Chr08 NC_080394.1:41852134-41852148promoter 内 3651-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41851692-41851798(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACATTGTCGGCGCTG
SmilChr07G000708 Chr07 NC_080393.1:4928366-4928380promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4928860-4936188(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATATTGTCGGTGATG
SmilChr06G001097 Chr06 NC_080392.1:10976779-10976793promoter 内 3499-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10977281-10980415(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACCGCCGACAAATT
SmilChr01G004385 Chr01 NC_080387.1:62018494-62018508promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62019027-62019098(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGGTGTCGGTGCCA
SmilChr07G002704 Chr07 NC_080393.1:26417117-26417131promoter 内 3441-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26413658-26416571(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGACACCGACAAAGA
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58247426-58247440promoter 内 3381-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58248046-58251686(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGCGCCGACAATTT
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45131190-45131204promoter 内 3378-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACCGCCGACAAATT
SmilChr07G003798 Chr07 NC_080393.1:46776591-46776605promoter 内 3356-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46765445-46775960(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTGCGGCGGTGGAG
SmilChr08G002480 Chr08 NC_080394.1:23708014-23708028promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23706326-23707377(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCCGTGGCGGTGGAA
SmilChr03G002371 Chr03 NC_080389.1:37337592-37337606promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37334565-37336887(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGGTGGCGGTGGAT
SmilChr02G004052 Chr02 NC_080388.1:62844104-62844118promoter 内 3155-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62844950-62847799(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATCGCCGACAATGC
SmilChr08G003192 Chr08 NC_080394.1:32723427-32723441promoter 内 3151-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32724277-32726711(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACCGCCGACAAATT
SmilChr05G001201 Chr05 NC_080391.1:10095038-10095052promoter 内 3078-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10094056-10094129(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCCCACCGACGCATA
SmilChr07G002944 Chr07 NC_080393.1:29825442-29825456promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 29826380-29826887(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCACCAC
SmilChr04G000363 Chr04 NC_080390.1:3640382-3640396promoter 内 2984-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3641399-3644058(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCAACGC
SmilChr03G000676 Chr03 NC_080389.1:7549015-7549029promoter 内 2941-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7550075-7552020(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTAATGTCGGTGGAT
SmilChr01G005364 Chr01 NC_080387.1:70871434-70871448promoter 内 2905-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70864563-70870352(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAGGCGTCGGTGAAG
SmilChr06G000648 Chr06 NC_080392.1:5734614-5734628promoter 内 2847-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5735768-5737611(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGACGTCGGTGGCT
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8813617-8813631promoter 内 2846-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCTTGTCGGCGATG
SmilChr03G003337 Chr03 NC_080389.1:51632563-51632577promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51633739-51639024(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGCACCGACAGCTA
SmilChr04G002770 Chr04 NC_080390.1:43499974-43499988promoter 内 2576-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43493519-43498563(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCTACCGACACAGG
SmilChr01G004384 Chr01 NC_080387.1:62018494-62018508promoter 内 2531-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62014007-62017038(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGCACCGACACCAT
SmilChr04G002440 Chr04 NC_080390.1:39081165-39081179promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39082704-39084685(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCTTGTCGGCGGTT
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