转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 41 / 137 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003692 Chr03 NC_080389.1:55866519-55866533promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55859600-55866379(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGACCC
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6629813-6629827promoter 内 3846-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 6629968-6632943(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr08G004438 Chr08 NC_080394.1:54068739-54068753promoter 内 3840-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 54068900-54069847(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGGTGACGTGGAG
SmilChr06G002770 Chr06 NC_080392.1:40287326-40287340promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40287492-40290326(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr01G001125 Chr01 NC_080387.1:22856130-22856144promoter 内 3818-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22856313-22858491(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr03G001155 Chr03 NC_080389.1:13339619-13339633promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 13337352-13339449(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr01G000984 Chr01 NC_080387.1:20849829-20849843promoter 内 3805-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 20847482-20849647(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr05G001499 Chr05 NC_080391.1:13757680-13757694promoter 内 3768-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 13757913-13760567(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCTACGTGGCA
SmilChr08G000207 Chr08 NC_080394.1:1406378-1406392promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 1404517-1406090(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATTCCTACGTGGCA
SmilChr02G001387 Chr02 NC_080388.1:26364845-26364859promoter 内 3660-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 26364027-26364518(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTCAAA
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:848184-848198promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 848625-850513(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCACCTCG
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7353436-7353450promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 7344787-7352905(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCCACGTCAGCACC
SmilChr05G004151 Chr05 NC_080391.1:55442015-55442029promoter 内 3245-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55442771-55444143(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTGATAT
SmilChr02G001388 Chr02 NC_080388.1:26364845-26364859promoter 内 3135-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 26365711-26367457(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGACGACGTGGAA
SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5029347-5029361promoter 内 3082-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5026361-5028442(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAACTTT
SmilChr01G000801 Chr01 NC_080387.1:17290605-17290619promoter 内 3001-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17291605-17295058(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCGGCTACGTGGCA
SmilChr04G003737 Chr04 NC_080390.1:53682240-53682254promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53674703-53681213(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTCTGACGTGTCA
SmilChr02G001386 Chr02 NC_080388.1:26364845-26364859promoter 内 2959-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 26358554-26363817(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTCAAA
SmilChr06G000941 Chr06 NC_080392.1:9035126-9035140promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9032293-9034094(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGTCACACGTGGCA
SmilChr04G003496 Chr04 NC_080390.1:51388232-51388246promoter 内 2937-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51385150-51387182(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGACCC
SmilChr08G003322 Chr08 NC_080394.1:34473543-34473557promoter 内 2703-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34474841-34476110(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCGTCTAT
SmilChr02G001365 Chr02 NC_080388.1:25721730-25721744promoter 内 2531-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 25723200-25723790(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGAGAACT
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:114319-114333promoter 内 2525-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGCCCAC
SmilChr03G003373 Chr03 NC_080389.1:52075266-52075280promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 52076917-52079468(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGCTGACGTGGAT
SmilChr07G001329 Chr07 NC_080393.1:10229266-10229280promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 10226405-10227366(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGACACGTGGCC
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32779653-32779667promoter 内 1831-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 32774926-32777497(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGAGAACT
SmilChr08G000206 Chr08 NC_080394.1:1406378-1406392promoter 内 1826-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 1400831-1404217(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATTCCTACGTGGCA
SmilChr08G004437 Chr08 NC_080394.1:54068739-54068753promoter 内 1809-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 54063400-54066561(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCACCTCA
SmilChr03G001734 Chr03 NC_080389.1:23306950-23306964promoter 内 1699-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23309252-23310665(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGGCGACGTGGAG
SmilChr01G001534 Chr01 NC_080387.1:29375947-29375961promoter 内 1671-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29370413-29373631(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGTCGACGTGGCG
SmilChr01G001569 Chr01 NC_080387.1:29697293-29697307promoter 内 1649-1663 bp + 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29691777-29694955(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGTCGACGTGGCG
SmilChr02G005192 Chr02 NC_080388.1:73200191-73200205promoter 内 1624-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 73202568-73203346(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGTCCACGTGGCG
SmilChr08G002989 Chr08 NC_080394.1:29988173-29988187promoter 内 1409-1423 bp - 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29990765-29991809(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGTCCACGTGGCA
SmilChr04G001774 Chr04 NC_080390.1:29178106-29178120promoter 内 1311-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29180796-29186120(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAAACCGACGTGGCA
SmilChr04G001752 Chr04 NC_080390.1:28837360-28837374promoter 内 1261-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28829378-28834634(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAAACCGACGTGGCA
SmilChr03G000325 Chr03 NC_080389.1:3729711-3729725promoter 内 1216-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3725567-3726940(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCAGG
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