转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 41 / 142 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004256 Chr02 NC_080388.1:64759028-64759042promoter 内 2429-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64760600-64760672(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGATGGTAGGTGCA
SmilChr06G001225 Chr06 NC_080392.1:12660123-12660137promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12657750-12658484(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGGCGGTAGGTGCC
SmilChr03G004428 Chr03 NC_080389.1:62425474-62425488promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62420524-62423781(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCCACCACCAA
SmilChr04G003163 Chr04 NC_080390.1:48258515-48258529promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48260222-48264857(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTACA
SmilChr02G005000 Chr02 NC_080388.1:71812491-71812505promoter 内 2290-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71814202-71816017(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGGGGTAGGTGTA
SmilChr02G004351 Chr02 NC_080388.1:65777778-65777792promoter 内 2210-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65764145-65776001(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr08G001155 Chr08 NC_080394.1:9159731-9159745promoter 内 2144-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9155628-9157888(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCCCATT
SmilChr05G000885 Chr05 NC_080391.1:7003893-7003907promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7005807-7007797(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCCCATT
SmilChr07G003868 Chr07 NC_080393.1:48144403-48144417promoter 内 2075-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48141620-48142491(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr03G003984 Chr03 NC_080389.1:58834886-58834900promoter 内 2002-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58836885-58837326(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGGT
SmilChr04G000571 Chr04 NC_080390.1:6370003-6370017promoter 内 1897-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6372107-6373089(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr04G001331 Chr04 NC_080390.1:21507521-21507535promoter 内 1806-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21509716-21510660(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGAGTAGGTGGA
SmilChr05G000946 Chr05 NC_080391.1:7646202-7646216promoter 内 1752-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7648451-7650064(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCCCATT
SmilChr07G001116 Chr07 NC_080393.1:8280913-8280927promoter 内 1730-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8271425-8278656(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAGCTT
SmilChr07G003810 Chr07 NC_080393.1:46956951-46956965promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46952603-46954672(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTAAACC
SmilChr01G002271 Chr01 NC_080387.1:39473212-39473226promoter 内 1704-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39475509-39476317(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGTGTT
SmilChr05G000325 Chr05 NC_080391.1:2437619-2437633promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2432308-2435278(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAGGTAGGTGAG
SmilChr05G003823 Chr05 NC_080391.1:51621022-51621036promoter 内 1626-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51623397-51631720(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCGAACC
SmilChr07G001445 Chr07 NC_080393.1:11228292-11228306promoter 内 1617-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11230676-11237966(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G002209 Chr06 NC_080392.1:30766864-30766878promoter 内 1614-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 30769251-30781213(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr07G001135 Chr07 NC_080393.1:8529078-8529092promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8524402-8526700(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr03G003101 Chr03 NC_080389.1:48089596-48089610promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48092059-48097152(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGGT
SmilChr03G000243 Chr03 NC_080389.1:2870373-2870387promoter 内 1308-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2873066-2879271(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr01G002425 Chr01 NC_080387.1:41771518-41771532promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41763315-41768760(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACCTC
SmilChr01G002564 Chr01 NC_080387.1:43767184-43767198promoter 内 1142-1156 bp - 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43760740-43764339(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCAGCCACCAC
SmilChr05G003192 Chr05 NC_080391.1:40820734-40820748promoter 内 1123-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40823612-40825571(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTCACG
SmilChr01G002999 Chr01 NC_080387.1:48977846-48977860promoter 内 1063-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48970122-48974922(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGTTGCA
SmilChr05G001254 Chr05 NC_080391.1:10663924-10663938promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10666886-10669189(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTCCAT
SmilChr03G003540 Chr03 NC_080389.1:54038398-54038412promoter 内 1011-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54029571-54035422(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGATAGGTAGGTGAA
SmilChr06G001226 Chr06 NC_080392.1:12660123-12660137promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12663134-12665459(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCACCTACCGCCGG
SmilChr02G000464 Chr02 NC_080388.1:6215218-6215232promoter 内 973-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6218246-6218740(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCTAAGG
SmilChr03G000291 Chr03 NC_080389.1:3332881-3332895promoter 内 842-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3328708-3329736(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTCTGGTAGGTGTA
SmilChr06G000010 Chr06 NC_080392.1:194438-194452promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 197619-197691(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCTAG
SmilChr03G001848 Chr03 NC_080389.1:25410898-25410912promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 25414179-25415719(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr01G005157 Chr01 NC_080387.1:69337222-69337236promoter 内 706-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 69340517-69346912(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTTTGGTAGGTGGT
SmilChr04G004140 Chr04 NC_080390.1:56177327-56177341promoter 内 686-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56180642-56181443(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGTTGC
SmilChr02G003766 Chr02 NC_080388.1:59361546-59361560promoter 内 650-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59364897-59366076(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTACCAC
SmilChr03G003504 Chr03 NC_080389.1:53656532-53656546promoter 内 495-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53647339-53653040(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGAGTAGGTGGA
SmilChr05G000327 Chr05 NC_080391.1:2437619-2437633promoter 内 139-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2441481-2464606(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTTATC
SmilChr04G003162 Chr04 NC_080390.1:48258515-48258529promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48250081-48254606(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTAACCACCACCAC
SmilChr05G000157 Chr05 NC_080391.1:1267080-1267094promoter 内 22-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1260368-1263115(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr08G000117 Chr08 NC_080394.1:727670-727684promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 725782-726540(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTAAA
SmilChr05G004318 Chr05 NC_080391.1:56840330-56840344promoter 内 2416-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 56841915-56842816(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCATACC
SmilChr05G004087 Chr05 NC_080391.1:54726598-54726612promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 54722720-54724723(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCGATT
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56583014-56583028promoter 内 1276-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 56585739-56586593(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCC
SmilChr05G001175 Chr05 NC_080391.1:9851076-9851090promoter 内 751-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 9842817-9847840(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTAAA
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:148623-148637promoter 内 3187-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 149437-150968(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAGGGGTAGGTAGG
SmilChr02G001377 Chr02 NC_080388.1:26053822-26053836promoter 内 3111-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 26054712-26057441(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCAGTAGGTGAG
SmilChr01G000568 Chr01 NC_080387.1:11738326-11738340promoter 内 1912-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 11740415-11741377(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTAGGGTAGGTAGA
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34608022-34608036promoter 内 1606-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCACACA