转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 41 / 121 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56829102-56829116promoter 内 1691-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56831412-56833232(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTATTTAGATCTGGA
SmilChr04G002064 Chr04 NC_080390.1:33372966-33372980promoter 内 1679-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 33368725-33370658(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTTAGATCTCGA
SmilChr02G002163 Chr02 NC_080388.1:38861976-38861990promoter 内 1665-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 38852543-38859654(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTGTA
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34546995-34547009promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 34541585-34544654(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGACGG
SmilChr02G003565 Chr02 NC_080388.1:56829102-56829116promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56821444-56826417(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAATAG
SmilChr04G000479 Chr04 NC_080390.1:5191900-5191914promoter 内 1104-1118 bp - 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 5187049-5189017(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTTGGATCTGAA
SmilChr05G001260 Chr05 NC_080391.1:10736556-10736570promoter 内 1093-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 10731600-10733662(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATCTTGGATCTGAG
SmilChr03G001460 Chr03 NC_080389.1:17447693-17447707promoter 内 1047-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 17442779-17444753(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGCAAC
SmilChr04G002961 Chr04 NC_080390.1:45971547-45971561promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 45964960-45968586(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAAATC
SmilChr02G005438 Chr02 NC_080388.1:74788018-74788032promoter 内 779-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 74783142-74784810(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTCTAGATCCGAA
SmilChr03G001102 Chr03 NC_080389.1:12674942-12674956promoter 内 646-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 12678297-12684786(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCTGCC
SmilChr02G000366 Chr02 NC_080388.1:4669773-4669787promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 4673254-4673950(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGCGCA
SmilChr03G001230 Chr03 NC_080389.1:14197081-14197095promoter 内 402-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 14200680-14200786(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGCCCAGATCTGCT
SmilChr03G004589 Chr03 NC_080389.1:63739588-63739602promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 63731539-63735932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCTAGATCTACA
SmilChr01G000657 Chr01 NC_080387.1:14635542-14635556promoter 内 267-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 14639276-14640727(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGACTCA
SmilChr02G000609 Chr02 NC_080388.1:8893921-8893935promoter 内 3890-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8894032-8900571(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGATTA
SmilChr03G001101 Chr03 NC_080389.1:12674942-12674956promoter 内 3696-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12675247-12676599(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCTGCC
SmilChr02G004032 Chr02 NC_080388.1:62604792-62604806promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62605331-62622002(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAGACT
SmilChr03G002990 Chr03 NC_080389.1:46720212-46720226promoter 内 3417-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46720796-46721795(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAGTGGATCTGAT
SmilChr04G002751 Chr04 NC_080390.1:43211622-43211636promoter 内 3342-3356 bp + 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43212281-43213665(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTGAGATCTGAT
SmilChr04G002434 Chr04 NC_080390.1:38989784-38989798promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 38983845-38989085(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGTCCCC
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51747112-51747126promoter 内 3281-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGGGTTA
SmilChr01G000347 Chr01 NC_080387.1:7115573-7115587promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 7114407-7114805(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCAAACC
SmilChr01G003608 Chr01 NC_080387.1:54638434-54638448promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54633004-54637358(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTGCAGATCTGCT
SmilChr01G004651 Chr01 NC_080387.1:64632917-64632931promoter 内 2773-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64629285-64631703(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTTTGGATCTGAT
SmilChr03G003895 Chr03 NC_080389.1:58054175-58054189promoter 内 2770-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58050988-58052958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAGATTA
SmilChr01G003728 Chr01 NC_080387.1:55591391-55591405promoter 内 2666-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55592726-55594756(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGAACA
SmilChr05G000794 Chr05 NC_080391.1:6223731-6223745promoter 内 2477-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6225255-6228023(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGTATG
SmilChr02G000055 Chr02 NC_080388.1:716631-716645promoter 内 2468-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 718164-720898(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGTG
SmilChr01G002623 Chr01 NC_080387.1:44502446-44502460promoter 内 2214-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44504233-44507820(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTGT
SmilChr01G004514 Chr01 NC_080387.1:63266104-63266118promoter 内 2143-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63262823-63264260(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTGCAGATCTGCT
SmilChr05G000866 Chr05 NC_080391.1:6876205-6876219promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6864522-6874361(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAATTGC
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25195721-25195735promoter 内 2061-2075 bp - 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAAATC
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73361214-73361228promoter 内 1970-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73356046-73359197(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTGAGATCTGGA
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51967005-51967019promoter 内 1955-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51963163-51964973(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTATTTCA
SmilChr01G002255 Chr01 NC_080387.1:39220212-39220226promoter 内 1810-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39222403-39223861(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGCTGGATCTGAA
SmilChr05G000793 Chr05 NC_080391.1:6223731-6223745promoter 内 1805-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6219107-6221549(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATACTAGATCTGAA
SmilChr02G000364 Chr02 NC_080388.1:4669773-4669787promoter 内 1646-1660 bp - 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4659785-4667432(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCGCTAGATCTGGA
SmilChr02G003325 Chr02 NC_080388.1:54526503-54526517promoter 内 1142-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54519341-54523658(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAAGAC
SmilChr02G000774 Chr02 NC_080388.1:12719599-12719613promoter 内 1136-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12714141-12716748(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCCGATCTAGATTT
SmilChr01G005168 Chr01 NC_080387.1:69451988-69452002promoter 内 1103-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69445743-69449104(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAACTAGATCTGCT
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39892587-39892601promoter 内 886-900 bp + 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39895702-39906559(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTATAGATCTGGG
SmilChr03G003896 Chr03 NC_080389.1:58054175-58054189promoter 内 830-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58057346-58057959(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTTAG
SmilChr04G002582 Chr04 NC_080390.1:41203720-41203734promoter 内 618-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41207103-41210873(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAAAGGG
SmilChr04G003914 Chr04 NC_080390.1:54857596-54857610promoter 内 614-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54860983-54863021(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGACTAGATCTGCG
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56072399-56072413promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56075976-56078817(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAATGAGATCTGGT
SmilChr03G004025 Chr03 NC_080389.1:59227809-59227823promoter 内 200-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59231610-59234545(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCTGCC
SmilChr02G002547 Chr02 NC_080388.1:44320155-44320169promoter 内 1464-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 6 44322692-44324379(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCT
SmilChr03G002746 Chr03 NC_080389.1:43640097-43640111promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 5 43643536-43646067(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCGTTT
SmilChr04G001102 Chr04 NC_080390.1:15778172-15778186promoter 内 1395-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 15780778-15784295(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGATCTAGATCC