转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 42 / 167 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001143 Chr04 NC_080390.1:16830836-16830856promoter 内 919-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 16833918-16835681(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr05G002098 Chr05 NC_080391.1:21951845-21951865promoter 内 725-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 21955121-21958091(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTTATCCACTCCTTA
SmilChr02G002865 Chr02 NC_080388.1:48820460-48820480promoter 内 467-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 48813301-48816946(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTTCTTATCCTTATATTT
SmilChr01G004302 Chr01 NC_080387.1:61192938-61192958promoter 内 398-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 61196541-61197712(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr04G000420 Chr04 NC_080390.1:4457455-4457475promoter 内 375-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 4461081-4462226(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54230397-54230417promoter 内 285-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 54224244-54226701(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGGTCCTTATCCACTTCTAG
SmilChr01G004761 Chr01 NC_080387.1:65789694-65789714promoter 内 122-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 65793573-65796299(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAGGATAATGAAGTT
SmilChr07G004066 Chr07 NC_080393.1:51956946-51956966promoter 内 121-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 51960826-51961786(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr08G000545 Chr08 NC_080394.1:3971905-3971925promoter 内 42-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 3975864-3979938(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTTTTTATCCAATTTTGT
SmilChr04G001067 Chr04 NC_080390.1:15274091-15274111promoter 内 22-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 15278070-15289778(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCTCGCTTATCCAGTACATT
SmilChr01G001893 Chr01 NC_080387.1:34046342-34046362promoter 内 8-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 34050335-34051200(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCAGG
SmilChr05G002625 Chr05 NC_080391.1:29593793-29593813promoter 内 3966-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29593828-29601752(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGATTAAGGATAAGTAGGCT
SmilChr01G005728 Chr01 NC_080387.1:73422077-73422097promoter 内 3939-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 73419687-73422035(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTAATTGGATAATTATCGG
SmilChr03G001324 Chr03 NC_080389.1:15491860-15491880promoter 内 3912-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15491949-15495918(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCATTTTTATCCATAATTGC
SmilChr08G001467 Chr08 NC_080394.1:11825863-11825883promoter 内 3909-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11825955-11827521(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACATAGGATAAGAAAAGA
SmilChr02G003030 Chr02 NC_080388.1:51005938-51005958promoter 内 3833-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51006106-51006841(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATAGATAAGGTAAGT
SmilChr02G003155 Chr02 NC_080388.1:52607878-52607898promoter 内 3796-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52600597-52607693(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATAGATAAGGTAAGT
SmilChr04G000365 Chr04 NC_080390.1:3673133-3673153promoter 内 3794-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3673340-3674452(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCCACCTTATCCTGATAAGT
SmilChr02G003156 Chr02 NC_080388.1:52607878-52607898promoter 内 3754-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52607271-52607651(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATAGATAAGGTAAGT
SmilChr05G000619 Chr05 NC_080391.1:4678037-4678057promoter 内 3749-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4676178-4677805(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAAGTGTGGATAAAAGTGAT
SmilChr01G001488 Chr01 NC_080387.1:28658103-28658123promoter 内 3736-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 28658368-28662849(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAATTCAGATAAGGAAGAG
SmilChr05G002927 Chr05 NC_080391.1:35272874-35272894promoter 内 3721-3741 bp - 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35273154-35276170(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTTATCAATATCTCT
SmilChr07G000952 Chr07 NC_080393.1:6824387-6824407promoter 内 3716-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6824672-6828859(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATCCTTATCCAAATTATA
SmilChr04G002032 Chr04 NC_080390.1:33009857-33009877promoter 内 3694-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33003954-33009570(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAGGATAATGAAGTT
SmilChr03G003635 Chr03 NC_080389.1:55033390-55033410promoter 内 3687-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55031788-55033096(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGATTTTGGATAAGGTAATG
SmilChr06G002058 Chr06 NC_080392.1:27098764-27098784promoter 内 3624-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 27099141-27101398(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTAATATGGATAAACATCGA
SmilChr07G001557 Chr07 NC_080393.1:12716095-12716115promoter 内 3543-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12716553-12719421(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAACCTTATCTAGTTTTCT
SmilChr02G005165 Chr02 NC_080388.1:72988300-72988320promoter 内 3532-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72988769-72990159(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAATTATTATCCACTATTTT
SmilChr03G002627 Chr03 NC_080389.1:41681746-41681766promoter 内 3471-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41679789-41681236(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAGCTTATCCAGTCCCCA
SmilChr07G001519 Chr07 NC_080393.1:12163668-12163688promoter 内 3463-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12164206-12167003(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAACCTTATCTAGTTTTCT
SmilChr04G002475 Chr04 NC_080390.1:39546801-39546821promoter 内 3430-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 39547372-39550843(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATTGTTATCCAAATTTGA
SmilChr03G000482 Chr03 NC_080389.1:5131792-5131812promoter 内 3429-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5127291-5131240(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGATATTTATCCATTTTTGT
SmilChr05G003996 Chr05 NC_080391.1:53815013-53815033promoter 内 3388-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53807490-53814420(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGGAGTGGATAAATATATT
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4576102-4576122promoter 内 3366-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATAGTGGATAAATATAAG
SmilChr04G004005 Chr04 NC_080390.1:55391788-55391808promoter 内 3360-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55392429-55393504(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGGAGTGGATAAATATATT
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