转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 42 / 125 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69180729-69180748promoter 内 2266-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69170025-69179013(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCGGTCTTTGTCTCGTTTCC
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27703879-27703898promoter 内 2244-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27705636-27708347(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGGAAAAAGAGAAAAAAAAT
SmilChr03G001689 Chr03 NC_080389.1:22360987-22361006promoter 内 2091-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22362897-22363003(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24196789-24196808promoter 内 2083-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGTAATTTTGTCCTCTTCCG
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47889744-47889763promoter 内 2032-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47891713-47901820(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAAAAACAAAG
SmilChr02G004029 Chr02 NC_080388.1:62578161-62578180promoter 内 1862-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62571706-62576041(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ACGCCTTTTGTCGCCTTTCG
SmilChr01G001392 Chr01 NC_080387.1:27377351-27377370promoter 内 1834-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27372506-27375203(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGAAGAGAAGCAGA
SmilChr03G001024 Chr03 NC_080389.1:11890440-11890459promoter 内 1832-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11888184-11888290(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42432670-42432689promoter 内 1831-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42434840-42434946(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr02G001214 Chr02 NC_080388.1:22342972-22342991promoter 内 1831-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22340715-22340821(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr03G000565 Chr03 NC_080389.1:6155509-6155528promoter 内 1831-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6157679-6157785(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr03G001720 Chr03 NC_080389.1:23095756-23095775promoter 内 1831-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23097926-23098032(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr03G002201 Chr03 NC_080389.1:34635822-34635841promoter 内 1831-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34633565-34633671(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr03G001032 Chr03 NC_080389.1:12022900-12022919promoter 内 1830-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12025071-12025177(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr01G003974 Chr01 NC_080387.1:58173096-58173115promoter 内 1800-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58175297-58175403(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACAAAGAAACAAAAAGAAA
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56189896-56189915promoter 内 1727-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56192170-56195736(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAAAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr02G001853 Chr02 NC_080388.1:33748415-33748434promoter 内 1721-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33750695-33751658(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTGCTTTGTCTTGGTCTG
SmilChr02G003232 Chr02 NC_080388.1:53601035-53601054promoter 内 1673-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53597857-53598726(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAGGAGACAAATCCAGC
SmilChr03G001403 Chr03 NC_080389.1:16622962-16622981promoter 内 1638-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16617433-16620618(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTCTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G001512 Chr01 NC_080387.1:28950810-28950829promoter 内 1635-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28946670-28948463(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGAGGAAAGACAGAGAGAGA
SmilChr01G000664 Chr01 NC_080387.1:14777489-14777508promoter 内 1630-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14779860-14782457(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGTAAAAGACAAAAAACCC
SmilChr01G003038 Chr01 NC_080387.1:49374052-49374071promoter 内 1603-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49376450-49380940(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGCCTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10807707-10807726promoter 内 1601-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTGTTTTTGTCCTTTCGCG
SmilChr02G003366 Chr02 NC_080388.1:54785473-54785492promoter 内 1547-1566 bp - 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54780957-54783038(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGGAGAAAGACACAAGTAAC
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6676036-6676055promoter 内 1441-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTGTTTTTGTCCTTTCGCG
SmilChr02G000723 Chr02 NC_080388.1:11668821-11668840promoter 内 1439-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11671383-11672192(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGAAGAGAAGCAGA
SmilChr03G000347 Chr03 NC_080389.1:3903723-3903742promoter 内 1315-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3906409-3908226(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGAAACGAGACAAAGACCGA
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17459142-17459161promoter 内 1107-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCTTTTTTTGTCCTCCCTTT
SmilChr01G000881 Chr01 NC_080387.1:18749344-18749363promoter 内 1026-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18743230-18746388(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGACGACGACAAAACGGCA
SmilChr01G002687 Chr01 NC_080387.1:45084017-45084036promoter 内 983-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45087035-45090326(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTCTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr02G003046 Chr02 NC_080388.1:51247656-51247675promoter 内 937-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51250720-51252868(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTCTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G002713 Chr01 NC_080387.1:45387273-45387292promoter 内 785-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45371855-45384076(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAAAAGAAAAA
SmilChr01G002269 Chr01 NC_080387.1:39467571-39467590promoter 内 688-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39462288-39464277(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGGCCGAAAGGGGG
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50118643-50118662promoter 内 644-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50122000-50122728(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGGCCGAAAGGGGG
SmilChr01G002394 Chr01 NC_080387.1:41242926-41242945promoter 内 596-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41246331-41247259(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAGAAAGACAGGGCCGAC
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