转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 43 / 138 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003206 Chr04 NC_080390.1:48906985-48906999promoter 内 1554-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 48902219-48904552(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCACAA
SmilChr04G002948 Chr04 NC_080390.1:45814694-45814708promoter 内 1341-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45817354-45821905(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGTGCTCACGTGGAA
SmilChr02G004445 Chr02 NC_080388.1:66808622-66808636promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 66804618-66805710(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGAGTTAG
SmilChr08G004225 Chr08 NC_080394.1:51649193-51649207promoter 内 1025-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51652169-51656743(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAAATTT
SmilChr02G000283 Chr02 NC_080388.1:3629838-3629852promoter 内 796-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3621862-3626647(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CACGTACACGTGGCA
SmilChr03G000840 Chr03 NC_080389.1:9598665-9598679promoter 内 689-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9601977-9604830(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTACAGACGTGGCA
SmilChr08G000448 Chr08 NC_080394.1:3187111-3187125promoter 内 571-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3190541-3191670(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATATTTCACGTGGCA
SmilChr08G000489 Chr08 NC_080394.1:3532020-3532034promoter 内 550-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3526022-3528583(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGGGGCTACGTGGCG
SmilChr01G003658 Chr01 NC_080387.1:55010644-55010658promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55014385-55017848(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAACTGACGTGGCA
SmilChr06G001315 Chr06 NC_080392.1:13647501-13647515promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 13636719-13643719(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAAATTT
SmilChr01G005558 Chr01 NC_080387.1:72402152-72402166promoter 内 34-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72395385-72398199(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAGGGACACGTGGCC
SmilChr08G002401 Chr08 NC_080394.1:22789745-22789759promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22793744-22794823(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCACAA
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68050610-68050624promoter 内 2290-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 68052321-68052394(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCGAGCCACGTGGCA
SmilChr08G000729 Chr08 NC_080394.1:5414735-5414749promoter 内 3883-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 5412630-5414631(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTATTCCACGTGGCA
SmilChr08G000730 Chr08 NC_080394.1:5414735-5414749promoter 内 3120-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 5415616-5418616(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGAATAA
SmilChr04G003611 Chr04 NC_080390.1:52597332-52597346promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 52599418-52601315(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGAATAA
SmilChr07G001635 Chr07 NC_080393.1:13753354-13753368promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 13749995-13751012(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr03G003756 Chr03 NC_080389.1:56663597-56663611promoter 内 1467-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 56666131-56670986(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCGGTGACGTGGCT
SmilChr04G001725 Chr04 NC_080390.1:28494218-28494232promoter 内 1216-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 28497003-28503721(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGATTCCACGTGGCG
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48829419-48829433promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 48823379-48826644(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TATACCGACGTGGCG
SmilChr02G005453 Chr02 NC_080388.1:74864317-74864331promoter 内 774-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 74867544-74873718(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTCGTCCACGTGGCG
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504094-18504108promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 18507899-18512555(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGAAGACACGTGGCA
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61709933-61709947promoter 内 3923-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 61704822-61709869(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAAAGTGACGTGGCG
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8000880-8000894promoter 内 3889-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 7985576-8000782(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CAACGCCACGTGGCG
SmilChr08G002307 Chr08 NC_080394.1:21737312-21737326promoter 内 3885-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 21737428-21740790(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCATCGAG
SmilChr06G001572 Chr06 NC_080392.1:17171393-17171407promoter 内 3828-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17164366-17171234(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr02G005384 Chr02 NC_080388.1:74496203-74496217promoter 内 3794-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 74494794-74496010(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCGCCA
SmilChr06G001226 Chr06 NC_080392.1:12662601-12662615promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 12663134-12665459(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCGCC
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36449594-36449608promoter 内 3379-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 36450216-36450997(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTACACGTGGCG
SmilChr01G003973 Chr01 NC_080387.1:58167353-58167367promoter 内 3349-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 58164188-58166715(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGAAACT
SmilChr08G001706 Chr08 NC_080394.1:14274412-14274426promoter 内 3272-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 14275141-14276903(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGGAGCGACGTGGCG
SmilChr05G000068 Chr05 NC_080391.1:332116-332130promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 332994-334220(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGCTGACGTGGCT
SmilChr07G001758 Chr07 NC_080393.1:14888826-14888840promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 14889794-14892447(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAGCTTC
SmilChr03G003421 Chr03 NC_080389.1:52542968-52542982promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 52543942-52546964(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr03G003420 Chr03 NC_080389.1:52542968-52542982promoter 内 2911-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 52539660-52541892(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr06G001619 Chr06 NC_080392.1:17984845-17984859promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17982243-17983719(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G001387 Chr05 NC_080391.1:12446708-12446722promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 12447875-12452029(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAAAGTGACGTGGCG
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SmilChr05G003165 Chr05 NC_080391.1:40430367-40430381promoter 内 2005-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40425987-40428385(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCTCAT
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SmilChr07G001721 Chr07 NC_080393.1:14647633-14647647promoter 内 1061-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 14643742-14644707(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTATTCCACGTGGCA
SmilChr07G001759 Chr07 NC_080393.1:14888826-14888840promoter 内 382-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 14892445-14894287(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAGCTTC
SmilChr01G002368 Chr01 NC_080387.1:40874825-40874839promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40872592-40874784(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA