转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 43 / 141 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000169 Chr04 NC_080390.1:1517369-1517383promoter 内 499-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1506288-1513881(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAATGTCGGTGGAAC
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50499796-50499810promoter 内 469-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCCACCGACAAGA
SmilChr04G002828 Chr04 NC_080390.1:44368885-44368899promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44372466-44374581(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTCACCGACAGTA
SmilChr04G004059 Chr04 NC_080390.1:55744325-55744339promoter 内 406-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55737166-55740744(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTCCGTCGGTGGACG
SmilChr05G004146 Chr05 NC_080391.1:55397683-55397697promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55401289-55402411(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGGCGCCGACAAAC
SmilChr08G004920 Chr08 NC_080394.1:58142758-58142772promoter 内 390-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58136382-58139161(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTGCACCGACGGAG
SmilChr07G001126 Chr07 NC_080393.1:8450112-8450126promoter 内 369-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8442737-8446494(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGACGGTGGAGA
SmilChr04G003060 Chr04 NC_080390.1:47181337-47181351promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47175323-47177598(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCGCCGACAACA
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41520326-41520340promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCGCGCCGACAAAC
SmilChr03G002187 Chr03 NC_080389.1:34165764-34165778promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34160780-34161922(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTCGTCGGTGAAGG
SmilChr05G002284 Chr05 NC_080391.1:24584300-24584314promoter 内 123-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24588178-24591246(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACACCGACGACG
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62605765-62605779promoter 内 55-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATCACCGACAATA
SmilChr04G000315 Chr04 NC_080390.1:2889848-2889862promoter 内 36-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2893813-2896935(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGACTC
SmilChr05G002344 Chr05 NC_080391.1:25404725-25404739promoter 内 8-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25399604-25400746(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGCCAT
SmilChr02G001258 Chr02 NC_080388.1:23083279-23083293promoter 内 3346-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 23079644-23082638(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr02G001663 Chr02 NC_080388.1:30853104-30853118promoter 内 3332-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 30853773-30857355(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884936-52884950promoter 内 3331-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52885606-52887889(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACCGCCGACAAAT
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53492092-53492106promoter 内 3323-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 53492770-53495252(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACCGCCGACAAAT
SmilChr07G001392 Chr07 NC_080393.1:10787132-10787146promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 10787857-10791542(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGGCGGTGGAGG
SmilChr06G002482 Chr06 NC_080392.1:35672669-35672683promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35670378-35671861(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr01G000357 Chr01 NC_080387.1:7390630-7390644promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 7389110-7389805(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr01G001116 Chr01 NC_080387.1:22802646-22802660promoter 内 3160-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 22800547-22801819(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr04G002774 Chr04 NC_080390.1:43528460-43528474promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43529301-43530784(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr06G002978 Chr06 NC_080392.1:42605755-42605769promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 42606600-42607872(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr02G002813 Chr02 NC_080388.1:48181631-48181645promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 48182478-48183750(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr04G002319 Chr04 NC_080390.1:37489245-37489259promoter 内 3110-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 37485007-37488368(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGATGA
SmilChr08G004309 Chr08 NC_080394.1:52811056-52811070promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52812184-52815405(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AACTGTCGGTGTTGG
SmilChr05G004258 Chr05 NC_080391.1:56388678-56388692promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 56382501-56386365(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTCACCGACACAT
SmilChr02G000547 Chr02 NC_080388.1:7589274-7589288promoter 内 1631-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 7580826-7586918(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCGTCGGTGGGCC
SmilChr01G002453 Chr01 NC_080387.1:42141962-42141976promoter 内 1094-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 42133849-42139069(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCTGTCGGTGAGCC
SmilChr07G003648 Chr07 NC_080393.1:43289290-43289304promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43283825-43286372(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACGTCGGTGGTGG
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339595-55339609promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55342869-55345759(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGCGCGGA
SmilChr03G001971 Chr03 NC_080389.1:28412659-28412673promoter 内 3792-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28412868-28414304(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTTCACCGACAGGT
SmilChr02G000693 Chr02 NC_080388.1:11028607-11028621promoter 内 3779-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 11028829-11030714(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTTCACCGACGACA
SmilChr03G002622 Chr03 NC_080389.1:41609067-41609081promoter 内 3742-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41609326-41610194(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTGTCGGTGAATC
SmilChr06G003176 Chr06 NC_080392.1:44689107-44689121promoter 内 3529-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44689579-44695390(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGCTG
SmilChr06G003174 Chr06 NC_080392.1:44689107-44689121promoter 内 3464-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44673883-44688584(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGGCGGTGGAGG
SmilChr08G004832 Chr08 NC_080394.1:57583943-57583957promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57584538-57586921(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGGCACCGACAATT
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51592019-51592033promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACGCCGACAAAT
SmilChr04G002151 Chr04 NC_080390.1:34558385-34558399promoter 内 3280-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34555768-34557678(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGCTG
SmilChr08G002929 Chr08 NC_080394.1:29338011-29338025promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29338830-29340604(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACATCGCCGACAACC
SmilChr03G000770 Chr03 NC_080389.1:8803882-8803896promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8804725-8807551(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGATGTCGGTGGTTT
SmilChr08G004593 Chr08 NC_080394.1:55503656-55503670promoter 内 3132-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55500520-55502801(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGACACCGACAGCC
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48930386-48930400promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48927161-48929410(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGCTG
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41609067-41609081promoter 内 2981-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTCACCGACACAT
SmilChr06G000271 Chr06 NC_080392.1:1829880-1829894promoter 内 2945-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1830936-1842636(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCCACCGACGGCA
SmilChr08G000264 Chr08 NC_080394.1:1812144-1812158promoter 内 2579-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1813566-1815410(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATCGCCGACAAGA
SmilChr01G003235 Chr01 NC_080387.1:51105660-51105674promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51101765-51104241(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTGTCGGTAGCGT
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17147082-17147096promoter 内 2507-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17144939-17145602(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCTCACCGACGACG
SmilChr05G000683 Chr05 NC_080391.1:5195685-5195699promoter 内 2491-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5191815-5194189(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCGTCGGTGCTGA