转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 44 / 119 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38940986-38940996promoter 内 1344-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 38935535-38938339(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66098210-66098220promoter 内 1339-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 66093412-66095558(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002017 Chr01 NC_080387.1:35748888-35748898promoter 内 1327-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35745559-35746224(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48510214-48510224promoter 内 1296-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 48506974-48507519(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G001487 Chr02 NC_080388.1:27843423-27843433promoter 内 1296-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 27840192-27840728(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004684 Chr01 NC_080387.1:64920443-64920453promoter 内 1153-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64911604-64917605(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005140 Chr01 NC_080387.1:69171313-69171323promoter 内 1087-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 69174227-69175474(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002704 Chr01 NC_080387.1:45318761-45318771promoter 内 1085-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 45312833-45315855(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61439010-61439020promoter 内 983-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 61434867-61436002(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55561455-55561465promoter 内 930-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 55553418-55558394(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23832599-23832609promoter 内 906-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 23827198-23829514(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001861 Chr02 NC_080388.1:33842490-33842500promoter 内 906-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 33829141-33839405(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr02G003246 Chr02 NC_080388.1:53727390-53727400promoter 内 898-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 53714224-53724297(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:978019-978029promoter 内 858-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 972487-974886(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000942 Chr02 NC_080388.1:16441187-16441197promoter 内 839-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16444349-16445508(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5827639-5827649promoter 内 785-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 5830855-5833154(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr02G001394 Chr02 NC_080388.1:26487698-26487708promoter 内 785-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 26482916-26484492(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63993589-63993599promoter 内 775-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 63989068-63990373(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001744 Chr02 NC_080388.1:32027407-32027417promoter 内 769-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 32030639-32044341(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005039 Chr01 NC_080387.1:68338730-68338740promoter 内 649-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 68332443-68335388(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G006075 Chr01 NC_080387.1:76201522-76201532promoter 内 593-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 76204930-76207442(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAG
SmilChr01G001662 Chr01 NC_080387.1:30721120-30721130promoter 内 552-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 30713131-30717681(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25754154-25754164promoter 内 225-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25757930-25762497(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004539 Chr01 NC_080387.1:63534193-63534203promoter 内 193-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 63538001-63539758(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004119 Chr01 NC_080387.1:59723450-59723460promoter 内 163-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 59717132-59719622(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000811 Chr01 NC_080387.1:17490889-17490899promoter 内 142-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 17485733-17487040(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002094 Chr01 NC_080387.1:36947255-36947265promoter 内 135-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 36951121-36953344(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8114132-8114142promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 8118031-8119196(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000549 Chr01 NC_080387.1:11410508-11410518promoter 内 100-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 11405391-11406617(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35257878-35257888promoter 内 62-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35252986-35253949(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000796 Chr02 NC_080388.1:13194472-13194482promoter 内 14-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 13189369-13190495(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002427 Chr01 NC_080387.1:41806076-41806086promoter 内 3972-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41802750-41806057(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52247734-52247744promoter 内 3972-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52244355-52247715(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819836-35819846promoter 内 3945-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40435318-40435328promoter 内 3943-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G000940 Chr02 NC_080388.1:16392085-16392095promoter 内 3933-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 16388761-16392027(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
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