转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 50 / 142 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003967 Chr02 NC_080388.1:61800963-61800977promoter 内 962-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61804002-61804074(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACACT
SmilChr08G001109 Chr08 NC_080394.1:8616526-8616540promoter 内 904-918 bp + 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8597803-8613443(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGAGGTAGGTAGA
SmilChr04G002103 Chr04 NC_080390.1:33957334-33957348promoter 内 892-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33942886-33954239(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTAGT
SmilChr03G003659 Chr03 NC_080389.1:55413719-55413733promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55416844-55418325(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAACCA
SmilChr06G003044 Chr06 NC_080392.1:43304958-43304972promoter 内 847-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43299131-43301818(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAACCA
SmilChr06G000591 Chr06 NC_080392.1:5099571-5099585promoter 内 797-811 bp - 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5102775-5106294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGACCGGTAGGTGGC
SmilChr03G003472 Chr03 NC_080389.1:53212893-53212907promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53204994-53209670(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCACCG
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25630225-25630239promoter 内 664-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCTCTCC
SmilChr01G002997 Chr01 NC_080387.1:48917980-48917994promoter 内 653-667 bp + 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 48921328-48923133(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCGCC
SmilChr07G001298 Chr07 NC_080393.1:9969183-9969197promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9964759-9965757(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr06G001622 Chr06 NC_080392.1:18046953-18046967promoter 内 539-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18050415-18051062(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr05G003943 Chr05 NC_080391.1:53195061-53195075promoter 内 457-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53198605-53200335(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAACCA
SmilChr06G000928 Chr06 NC_080392.1:8823939-8823953promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8816608-8820298(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTACGGTAGGTGCT
SmilChr08G003431 Chr08 NC_080394.1:36586256-36586270promoter 内 294-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36589963-36591637(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTGTGGTAGGTATG
SmilChr01G005595 Chr01 NC_080387.1:72581721-72581735promoter 内 287-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 72575232-72578021(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACACT
SmilChr05G001451 Chr05 NC_080391.1:13261216-13261230promoter 内 258-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13252643-13257487(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTGGTAGGTAAA
SmilChr02G003965 Chr02 NC_080388.1:61800963-61800977promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61796813-61797217(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGTG
SmilChr05G002759 Chr05 NC_080391.1:31938767-31938781promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 31938782-31944492(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCGACCT
SmilChr02G001284 Chr02 NC_080388.1:23679389-23679403promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 23677852-23679331(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACAACTACCACATC
SmilChr02G002117 Chr02 NC_080388.1:37916209-37916223promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 37914969-37916168(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr03G000791 Chr03 NC_080389.1:9013851-9013865promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 9008587-9013661(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAATCA
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5315820-5315834promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5316629-5320251(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAATCA
SmilChr08G000331 Chr08 NC_080394.1:2313739-2313753promoter 内 2763-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 2311707-2312515(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCACCG
SmilChr07G000711 Chr07 NC_080393.1:4948137-4948151promoter 内 1794-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4950344-4956140(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTATGGTAGGTGAG
SmilChr05G000719 Chr05 NC_080391.1:5499272-5499286promoter 内 1598-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5501675-5503387(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTTGGTAGGTGAC
SmilChr03G000793 Chr03 NC_080389.1:9013851-9013865promoter 内 1587-1601 bp - 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 9016265-9021580(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATTGGTAGGTAGA
SmilChr03G000496 Chr03 NC_080389.1:5315820-5315834promoter 内 457-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5308165-5312290(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATTGGTAGGTAGA
SmilChr06G000352 Chr06 NC_080392.1:2683887-2683901promoter 内 160-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 2675180-2680060(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACGGCCT
SmilChr01G002748 Chr01 NC_080387.1:45807676-45807690promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 45802255-45803839(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCATTCT
SmilChr06G001805 Chr06 NC_080392.1:21231556-21231570promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21228644-21231551(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr06G001804 Chr06 NC_080392.1:21221997-21222011promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21219085-21221991(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr03G003674 Chr03 NC_080389.1:55574672-55574686promoter 内 3977-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55571864-55574662(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr03G003673 Chr03 NC_080389.1:55565287-55565301promoter 内 3969-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55562474-55565269(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr02G002118 Chr02 NC_080388.1:37919960-37919974promoter 内 3956-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37918720-37919929(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr08G000931 Chr08 NC_080394.1:6906367-6906381promoter 内 3941-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6894271-6906321(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr07G001041 Chr07 NC_080393.1:7624339-7624353promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7621263-7624283(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr07G001043 Chr07 NC_080393.1:7634021-7634035promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7630945-7633965(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr08G004327 Chr08 NC_080394.1:52960648-52960662promoter 内 3924-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52960725-52963586(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr08G004326 Chr08 NC_080394.1:52951017-52951031promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52951106-52953956(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr07G001993 Chr07 NC_080393.1:17566812-17566826promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 17567130-17569894(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGAGGTAGGTGAA
SmilChr06G002488 Chr06 NC_080392.1:35765527-35765541promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 35765924-35770133(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCTTTT
SmilChr06G002493 Chr06 NC_080392.1:35816898-35816912promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 35817297-35821493(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCTTTT
SmilChr02G005120 Chr02 NC_080388.1:72684816-72684830promoter 内 3397-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72685420-72692120(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTAAGGTAGGTGAA
SmilChr01G002061 Chr01 NC_080387.1:36450942-36450956promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36447473-36450258(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGCCGGTAGGTGCC
SmilChr01G000325 Chr01 NC_080387.1:6538829-6538843promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6539656-6559465(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGACCGGTAGGTGGT
SmilChr07G001370 Chr07 NC_080393.1:10631760-10631774promoter 内 3072-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10629835-10630845(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTAGGGTAGGTGGT
SmilChr02G004412 Chr02 NC_080388.1:66461864-66461878promoter 内 3028-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66454537-66460905(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTCAGGTAGGTAGG
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12458864-12458878promoter 内 3019-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12459846-12461298(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAATGGTAGGTGAG
SmilChr07G004446 Chr07 NC_080393.1:57087658-57087672promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57088848-57089396(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCGATGC
SmilChr04G003904 Chr04 NC_080390.1:54814683-54814697promoter 内 2444-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54810042-54813140(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAAGGTAGGTGCG