转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 50 / 123 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000133 Chr01 NC_080387.1:2227221-2227235promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2221406-2223960(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCAAT
SmilChr02G004230 Chr02 NC_080388.1:64495335-64495349promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64498614-64500758(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAATTGTCGGTGAA
SmilChr06G000283 Chr06 NC_080392.1:1946137-1946151promoter 内 713-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1949425-1949498(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGTCTTC
SmilChr02G001843 Chr02 NC_080388.1:33647336-33647350promoter 内 674-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33641703-33644023(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGATTGGCGGTGGT
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32967616-32967630promoter 内 642-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32970975-32982329(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCTCCC
SmilChr05G000446 Chr05 NC_080391.1:3384290-3384304promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3387694-3391765(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAATTAT
SmilChr02G000508 Chr02 NC_080388.1:6999956-6999970promoter 内 554-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6995906-6996523(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATGTTTGTCGGTGCC
SmilChr02G002765 Chr02 NC_080388.1:47715562-47715576promoter 内 536-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47711545-47712111(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACGATGTCGGTGAT
SmilChr08G000827 Chr08 NC_080394.1:6115166-6115180promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6118653-6124930(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCAGC
SmilChr07G002721 Chr07 NC_080393.1:26709816-26709830promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26702168-26706323(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAATTAT
SmilChr01G002318 Chr01 NC_080387.1:40206300-40206314promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40209861-40213027(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCTCCC
SmilChr01G002307 Chr01 NC_080387.1:40000367-40000381promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40003932-40007099(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCTCCC
SmilChr06G000047 Chr06 NC_080392.1:398846-398860promoter 内 412-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 390521-395271(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGCTGTCGGTGAT
SmilChr08G001310 Chr08 NC_080394.1:10439621-10439635promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10443219-10443732(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACACCGACGCCGCC
SmilChr03G004362 Chr03 NC_080389.1:61842310-61842324promoter 内 347-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61845964-61846782(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAATTAT
SmilChr03G003929 Chr03 NC_080389.1:58375230-58375244promoter 内 346-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58367108-58371589(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTTGTCGGTGAC
SmilChr08G003396 Chr08 NC_080394.1:35807515-35807529promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 35811181-35827137(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAAAAGA
SmilChr08G004848 Chr08 NC_080394.1:57717349-57717363promoter 内 328-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57711506-57713690(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAACAAA
SmilChr05G002018 Chr05 NC_080391.1:20936017-20936031promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20930842-20932341(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGAATGGCGGTGGT
SmilChr05G000866 Chr05 NC_080391.1:6878066-6878080promoter 内 282-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6864522-6874361(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAATTGTCGGTGAA
SmilChr05G000942 Chr05 NC_080391.1:7609396-7609410promoter 内 254-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7601318-7605663(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTTCTGTCGGTGAT
SmilChr05G001005 Chr05 NC_080391.1:8224647-8224661promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8218295-8220909(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTTCTGTCGGTGAT
SmilChr02G005256 Chr02 NC_080388.1:73667226-73667240promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73663374-73663467(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATGCCA
SmilChr05G000899 Chr05 NC_080391.1:7115201-7115215promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7118975-7119860(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAATTGTCGGTGAA
SmilChr06G000663 Chr06 NC_080392.1:5838691-5838705promoter 内 209-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5832993-5834913(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGTCGAA
SmilChr03G002218 Chr03 NC_080389.1:34942930-34942944promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34946748-34953843(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTTGTCGGTGAC
SmilChr08G002725 Chr08 NC_080394.1:26879495-26879509promoter 内 174-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26883322-26886011(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGAATGGCGGTGGT
SmilChr03G004094 Chr03 NC_080389.1:59824955-59824969promoter 内 141-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59818187-59821109(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCCTTGTCGGTGAC
SmilChr02G005255 Chr02 NC_080388.1:73667226-73667240promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73663258-73663339(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATGCCA
SmilChr01G005745 Chr01 NC_080387.1:73541242-73541256promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73545181-73546698(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCAGC
SmilChr05G002344 Chr05 NC_080391.1:25404727-25404741promoter 内 6-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25399604-25400746(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAAGGCGTCGGTGCC
SmilChr02G001792 Chr02 NC_080388.1:32679746-32679760promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 32680166-32682314(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCCGC
SmilChr05G003393 Chr05 NC_080391.1:44955312-44955326promoter 内 3337-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 44955976-44972755(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGGAATG
SmilChr05G003392 Chr05 NC_080391.1:44955312-44955326promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 44949967-44952786(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATTCCGTCGGTGGT
SmilChr07G001982 Chr07 NC_080393.1:17459962-17459976promoter 内 1318-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 17456598-17457293(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACATAACA
SmilChr01G005398 Chr01 NC_080387.1:71250659-71250673promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 71250694-71253099(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCACG
SmilChr08G000152 Chr08 NC_080394.1:995237-995251promoter 内 3768-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 995470-995943(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCATC
SmilChr08G001274 Chr08 NC_080394.1:10152424-10152438promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 10153243-10155372(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTGC
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40407466-40407480promoter 内 2981-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40408486-40415281(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTGCCGTCGGTGGG
SmilChr07G003512 Chr07 NC_080393.1:40036767-40036781promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40034901-40035723(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13404121-13404135promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 13402053-13402890(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23538301-23538315promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 23539675-23540631(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGAC
SmilChr04G002670 Chr04 NC_080390.1:42089046-42089060promoter 内 2451-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 42086115-42087510(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCTGTGGCGGTGGT
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24508794-24508808promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 24490718-24507082(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAAAATA
SmilChr04G000275 Chr04 NC_080390.1:2535443-2535457promoter 内 2200-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 2533575-2533656(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G001112 Chr07 NC_080393.1:8227429-8227443promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 8223633-8225305(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAACCGTCGGTGAC
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34970961-34970975promoter 内 1832-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34973130-34974185(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G001288 Chr07 NC_080393.1:9919722-9919736promoter 内 1099-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 9915686-9916834(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACAGAT
SmilChr04G000060 Chr04 NC_080390.1:554672-554686promoter 内 868-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 548468-551553(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGGAGCT
SmilChr02G001942 Chr02 NC_080388.1:34970961-34970975promoter 内 593-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34974369-34975761(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT