转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 50 / 131 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000431 Chr02 NC_080388.1:5585406-5585415promoter 内 1727-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 5582653-5583141(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr02G003243 Chr02 NC_080388.1:53709059-53709068promoter 内 1692-1701 bp - 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 53705917-53706759(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACT
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65098399-65098408promoter 内 1473-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 65094038-65095880(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CGTTGTCGGT
SmilChr02G001289 Chr02 NC_080388.1:23718626-23718635promoter 内 1427-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 23721200-23724166(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATA
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32076874-32076883promoter 内 1127-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 32072280-32074009(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22546007-22546016promoter 内 551-560 bp + 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 22549457-22555678(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATA
SmilChr02G000490 Chr02 NC_080388.1:6697432-6697441promoter 内 489-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 6700944-6705414(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACT
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8805987-8805996promoter 内 462-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 8809526-8811807(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G005089 Chr01 NC_080387.1:68759190-68759199promoter 内 13-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 68763178-68764269(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr02G000531 Chr02 NC_080388.1:7305552-7305561promoter 内 3-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 7309550-7325735(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATA
SmilChr01G005255 Chr01 NC_080387.1:70046137-70046146promoter 内 3947-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70046009-70046092(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr02G004185 Chr02 NC_080388.1:64178425-64178434promoter 内 3947-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64178479-64179812(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr01G005254 Chr01 NC_080387.1:70046137-70046146promoter 内 3582-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70041869-70045727(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47058329-47058338promoter 内 3571-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47056261-47057908(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr03G000335 Chr03 NC_080389.1:3812550-3812559promoter 内 3551-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3797148-3812109(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr01G003307 Chr01 NC_080387.1:51762696-51762705promoter 内 3515-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51763182-51768870(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACG
SmilChr03G000368 Chr03 NC_080389.1:4114892-4114901promoter 内 3485-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4115408-4119854(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58200630-58200639promoter 内 3252-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CGTTGTCGGT
SmilChr01G002842 Chr01 NC_080387.1:46987687-46987696promoter 内 3172-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46988516-46992084(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54616419-54616428promoter 内 3134-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54613186-54615561(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G004586 Chr01 NC_080387.1:63888165-63888174promoter 内 2895-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63889271-63890999(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATA
SmilChr02G001993 Chr02 NC_080388.1:36016323-36016332promoter 内 2777-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 36017547-36018920(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G004454 Chr01 NC_080387.1:62666820-62666829promoter 内 2684-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62661573-62665512(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACG
SmilChr02G001824 Chr02 NC_080388.1:33268729-33268738promoter 内 2676-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33264556-33267413(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACT
SmilChr03G000309 Chr03 NC_080389.1:3539608-3539617promoter 内 2670-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3537024-3538286(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr03G000856 Chr03 NC_080389.1:9790540-9790549promoter 内 2626-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9788275-9789174(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACT
SmilChr02G004756 Chr02 NC_080388.1:69742296-69742305promoter 内 2518-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 69738659-69740822(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CGTTGTCGGT
SmilChr01G004506 Chr01 NC_080387.1:63165794-63165803promoter 内 2409-2418 bp + 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63167386-63168771(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACG
SmilChr01G000211 Chr01 NC_080387.1:3712581-3712590promoter 内 2304-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3709735-3710893(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAACG
SmilChr02G001353 Chr02 NC_080388.1:25296218-25296227promoter 内 2220-2229 bp + 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25292448-25294446(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G005285 Chr01 NC_080387.1:70214090-70214099promoter 内 2192-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70215899-70216693(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CGTTGTCGGT
SmilChr01G004150 Chr01 NC_080387.1:60036446-60036455promoter 内 2156-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60028237-60034610(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr02G001901 Chr02 NC_080388.1:34311159-34311168promoter 内 2065-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34308094-34309232(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14218711-14218720promoter 内 1750-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14213891-14216469(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGTTGTCGGT
SmilChr01G005420 Chr01 NC_080387.1:71404431-71404440promoter 内 1688-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71399457-71402127(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATA
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20666498-20666507promoter 内 1565-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TATTGTCGGT
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