转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 52 / 128 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67117474-67117482promoter 内 3735-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 67117740-67120938(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G000897 Chr01 NC_080387.1:19056379-19056387promoter 内 3731-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19056649-19058109(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G002809 Chr01 NC_080387.1:46629363-46629371promoter 内 3729-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46625784-46629099(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G005672 Chr01 NC_080387.1:72993660-72993668promoter 内 3623-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 72994038-72995363(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G000256 Chr02 NC_080388.1:3289477-3289485promoter 内 3440-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 3290038-3292845(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G004993 Chr01 NC_080387.1:67969915-67969923promoter 内 3429-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 67966518-67969351(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G002523 Chr01 NC_080387.1:43195903-43195911promoter 内 3390-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 43196514-43200220(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G001247 Chr01 NC_080387.1:24985920-24985928promoter 内 3361-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 24986560-24987734(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G000255 Chr02 NC_080388.1:3289477-3289485promoter 内 3344-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 3285444-3288828(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G004332 Chr01 NC_080387.1:61462330-61462338promoter 内 3314-3322 bp + 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 61460341-61461651(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G002356 Chr02 NC_080388.1:41345715-41345723promoter 内 3255-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 41344284-41344977(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G003168 Chr02 NC_080388.1:52707135-52707143promoter 内 3254-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 52703178-52706396(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65096545-65096553promoter 内 3183-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 65097363-65099823(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71503469-71503477promoter 内 3151-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 71504319-71509382(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G005330 Chr02 NC_080388.1:74143299-74143307promoter 内 3135-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 74144165-74150955(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G005962 Chr01 NC_080387.1:75346969-75346977promoter 内 3042-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75344639-75346018(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G004662 Chr01 NC_080387.1:64725082-64725090promoter 内 3028-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 64721669-64724117(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72855660-72855668promoter 内 3003-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 72856658-72859105(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G004416 Chr01 NC_080387.1:62304365-62304373promoter 内 2975-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62305391-62306368(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72855660-72855668promoter 内 2971-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 72852191-72854638(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G003513 Chr01 NC_080387.1:53739409-53739417promoter 内 2965-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53740445-53740518(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G005292 Chr02 NC_080388.1:73913681-73913689promoter 内 2892-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 73910972-73912580(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41972490-41972498promoter 内 2877-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 41973614-42011446(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G004340 Chr02 NC_080388.1:65643733-65643741promoter 内 2877-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 65644857-65647214(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G002905 Chr01 NC_080387.1:47754034-47754042promoter 内 2806-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47750657-47752847(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25603774-25603782promoter 内 2661-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 25600152-25602442(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57494062-57494070promoter 内 2587-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G003906 Chr01 NC_080387.1:57349883-57349891promoter 内 2571-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 57351313-57354688(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G000504 Chr02 NC_080388.1:6950258-6950266promoter 内 2559-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 6951700-6952732(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G003169 Chr02 NC_080388.1:52707135-52707143promoter 内 2523-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 52708613-52716242(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G002819 Chr02 NC_080388.1:48287183-48287191promoter 内 2499-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48288685-48289447(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr01G000271 Chr01 NC_080387.1:5365671-5365679promoter 内 2453-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 5363352-5364131(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59062860-59062868promoter 内 2420-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 59064441-59066787(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G000378 Chr02 NC_080388.1:4762309-4762317promoter 内 2352-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 4763958-4767482(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
SmilChr02G003772 Chr02 NC_080388.1:59411154-59411162promoter 内 2315-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 59408949-59409476(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTC
SmilChr02G001953 Chr02 NC_080388.1:35246288-35246296promoter 内 2218-2226 bp - 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35248071-35250239(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAC
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