靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 52 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G004473 |
Chr02 | NC_080388.1:67117474-67117482promoter 内 3735-3743 bp |
- | 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 67117740-67120938(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G000897 |
Chr01 | NC_080387.1:19056379-19056387promoter 内 3731-3739 bp |
+ | 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 19056649-19058109(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G002809 |
Chr01 | NC_080387.1:46629363-46629371promoter 内 3729-3737 bp |
+ | 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 46625784-46629099(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G005672 |
Chr01 | NC_080387.1:72993660-72993668promoter 内 3623-3631 bp |
- | 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 72994038-72995363(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G000256 |
Chr02 | NC_080388.1:3289477-3289485promoter 内 3440-3448 bp |
+ | 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 3290038-3292845(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G004993 |
Chr01 | NC_080387.1:67969915-67969923promoter 内 3429-3437 bp |
- | 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 67966518-67969351(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G002523 |
Chr01 | NC_080387.1:43195903-43195911promoter 内 3390-3398 bp |
- | 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 43196514-43200220(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G001247 |
Chr01 | NC_080387.1:24985920-24985928promoter 内 3361-3369 bp |
+ | 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 24986560-24987734(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr02G000255 |
Chr02 | NC_080388.1:3289477-3289485promoter 内 3344-3352 bp |
+ | 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 3285444-3288828(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G004332 |
Chr01 | NC_080387.1:61462330-61462338promoter 内 3314-3322 bp |
+ | 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 61460341-61461651(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G002356 |
Chr02 | NC_080388.1:41345715-41345723promoter 内 3255-3263 bp |
+ | 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 41344284-41344977(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G003168 |
Chr02 | NC_080388.1:52707135-52707143promoter 内 3254-3262 bp |
+ | 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 52703178-52706396(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G004284 |
Chr02 | NC_080388.1:65096545-65096553promoter 内 3183-3191 bp |
- | 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 65097363-65099823(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G005437 |
Chr01 | NC_080387.1:71503469-71503477promoter 内 3151-3159 bp |
- | 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 71504319-71509382(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G005330 |
Chr02 | NC_080388.1:74143299-74143307promoter 内 3135-3143 bp |
+ | 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 74144165-74150955(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G005962 |
Chr01 | NC_080387.1:75346969-75346977promoter 内 3042-3050 bp |
- | 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 75344639-75346018(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G004662 |
Chr01 | NC_080387.1:64725082-64725090promoter 内 3028-3036 bp |
+ | 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 64721669-64724117(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G005644 |
Chr01 | NC_080387.1:72855660-72855668promoter 内 3003-3011 bp |
+ | 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 72856658-72859105(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G004416 |
Chr01 | NC_080387.1:62304365-62304373promoter 内 2975-2983 bp |
+ | 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 62305391-62306368(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G005643 |
Chr01 | NC_080387.1:72855660-72855668promoter 内 2971-2979 bp |
+ | 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 72852191-72854638(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G003513 |
Chr01 | NC_080387.1:53739409-53739417promoter 内 2965-2973 bp |
- | 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 53740445-53740518(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G005292 |
Chr02 | NC_080388.1:73913681-73913689promoter 内 2892-2900 bp |
+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 73910972-73912580(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G002406 |
Chr02 | NC_080388.1:41972490-41972498promoter 内 2877-2885 bp |
+ | 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 41973614-42011446(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr02G004340 |
Chr02 | NC_080388.1:65643733-65643741promoter 内 2877-2885 bp |
+ | 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 65644857-65647214(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G002905 |
Chr01 | NC_080387.1:47754034-47754042promoter 内 2806-2814 bp |
+ | 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 47750657-47752847(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G001282 |
Chr01 | NC_080387.1:25603774-25603782promoter 内 2661-2669 bp |
- | 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 25600152-25602442(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr01G003924 |
Chr01 | NC_080387.1:57494062-57494070promoter 内 2587-2595 bp |
- | 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 57495476-57498897(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr01G003906 |
Chr01 | NC_080387.1:57349883-57349891promoter 内 2571-2579 bp |
- | 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 57351313-57354688(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAC |
SmilChr02G000504 |
Chr02 | NC_080388.1:6950258-6950266promoter 内 2559-2567 bp |
+ | 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 6951700-6952732(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
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Chr02 | NC_080388.1:52707135-52707143promoter 内 2523-2531 bp |
+ | 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 52708613-52716242(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTC |
SmilChr02G002819 |
Chr02 | NC_080388.1:48287183-48287191promoter 内 2499-2507 bp |
- | 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 48288685-48289447(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr01 | NC_080387.1:5365671-5365679promoter 内 2453-2461 bp |
- | 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 5363352-5364131(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr02 | NC_080388.1:59062860-59062868promoter 内 2420-2428 bp |
- | 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 59064441-59066787(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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SMil_00021741-RA_Salv |
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- | 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 35248071-35250239(+) |
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- | 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 66794216-66799552(-) |
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- | 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 14785415-14786777(+) |
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- | 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 1986246-1987674(+) |
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+ | 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 56563782-56564552(+) |
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- | 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 34720515-34720586(+) |
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- | 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.6/ 100 | 1 | 4944912-4948191(+) |
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