转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 52 / 133 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60278256-60278265promoter 内 577-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 60274033-60274841(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G004620 Chr01 NC_080387.1:64238944-64238953promoter 内 570-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64227557-64235522(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53907190-53907199promoter 内 534-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 53910657-53912621(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G000409 Chr01 NC_080387.1:8331625-8331634promoter 内 403-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8335223-8340175(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32967181-32967190promoter 内 207-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 32970975-32982329(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51588295-51588304promoter 内 177-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 51579520-51584480(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41611877-41611886promoter 内 176-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 41602122-41608061(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52551910-52551919promoter 内 110-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 52555801-52557613(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G000725 Chr01 NC_080387.1:16167693-16167702promoter 内 52-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 16171642-16173010(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr03G003262 Chr03 NC_080389.1:50537774-50537783promoter 内 25-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50541750-50544835(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr04G000496 Chr04 NC_080390.1:5421921-5421930promoter 内 16-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 5408334-5417945(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54923412-54923421promoter 内 3983-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54923430-54924421(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr02G000547 Chr02 NC_080388.1:7586967-7586976promoter 内 3943-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 7580826-7586918(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr02G005547 Chr02 NC_080388.1:75460021-75460030promoter 内 3936-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 75460086-75462745(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr01G003967 Chr01 NC_080387.1:58127746-58127755promoter 内 3928-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58127819-58132541(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50301266-50301275promoter 内 3909-3918 bp + 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5040453-5040462promoter 内 3903-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5034119-5040364(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34831850-34831859promoter 内 3891-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34831960-34835432(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70744236-70744245promoter 内 3888-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G004043 Chr01 NC_080387.1:58842198-58842207promoter 内 3866-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58842333-58846746(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr01G005145 Chr01 NC_080387.1:69237634-69237643promoter 内 3858-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 69236880-69237500(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr03G004708 Chr03 NC_080389.1:64352270-64352279promoter 内 3852-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 64352419-64355362(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr04G000779 Chr04 NC_080390.1:9537523-9537532promoter 内 3828-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9531284-9537359(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr04G001226 Chr04 NC_080390.1:19190607-19190616promoter 内 3823-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19190785-19196173(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G004555 Chr02 NC_080388.1:68082106-68082115promoter 内 3818-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 68078785-68081932(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr01G001949 Chr01 NC_080387.1:34720313-34720322promoter 内 3799-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34720515-34720586(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr02G001441 Chr02 NC_080388.1:27102347-27102356promoter 内 3788-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27099113-27102143(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr03G003211 Chr03 NC_080389.1:49716280-49716289promoter 内 3787-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49716494-49725592(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr01G005131 Chr01 NC_080387.1:69108413-69108422promoter 内 3785-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 69108629-69110085(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25060489-25060498promoter 内 3768-3777 bp + 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G002546 Chr02 NC_080388.1:44312789-44312798promoter 内 3758-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44313032-44315288(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G002941 Chr02 NC_080388.1:49911958-49911967promoter 内 3744-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49912215-49914291(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr04G001099 Chr04 NC_080390.1:15752687-15752696promoter 内 3714-3723 bp + 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 15752974-15757619(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACACGTGGCA
SmilChr04G001393 Chr04 NC_080390.1:22661554-22661563promoter 内 3692-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 22661863-22663866(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr01G001385 Chr01 NC_080387.1:27259589-27259598promoter 内 3679-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27258469-27259276(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
SmilChr02G003617 Chr02 NC_080388.1:57445494-57445503promoter 内 3643-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57441488-57445145(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGT
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