转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 52 / 119 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002394 Chr01 NC_080387.1:41243637-41243646promoter 内 1307-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41246331-41247259(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G001936 Chr01 NC_080387.1:34559356-34559365promoter 内 1281-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 34555603-34556645(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14641268-14641277promoter 内 1268-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G001720 Chr01 NC_080387.1:31680962-31680971promoter 内 1232-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31669833-31678202(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G003056 Chr02 NC_080388.1:51341849-51341858promoter 内 1093-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51335241-51338950(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63735020-63735029promoter 内 1059-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63727451-63732087(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60053523-60053532promoter 内 1057-1066 bp + 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60045751-60050588(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr02G003130 Chr02 NC_080388.1:52330413-52330422promoter 内 1043-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52333371-52337001(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23133014-23133023promoter 内 1031-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23125739-23130053(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G003219 Chr02 NC_080388.1:53363017-53363026promoter 内 1005-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53366013-53373533(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G000416 Chr01 NC_080387.1:8418003-8418012promoter 内 955-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8421049-8423907(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G000587 Chr02 NC_080388.1:8441006-8441015promoter 内 876-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8444131-8445285(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G004603 Chr01 NC_080387.1:64021844-64021853promoter 内 865-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64016144-64018717(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G003716 Chr01 NC_080387.1:55491555-55491564promoter 内 830-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55494726-55498773(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G002417 Chr02 NC_080388.1:42173900-42173909promoter 内 787-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42158821-42170695(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45486786-45486795promoter 内 764-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45490023-45490384(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G002572 Chr01 NC_080387.1:43822324-43822333promoter 内 698-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43815300-43819030(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G003696 Chr01 NC_080387.1:55330597-55330606promoter 内 607-616 bp - 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55333991-55336720(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G005450 Chr01 NC_080387.1:71565197-71565206promoter 内 525-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71561439-71561730(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G003793 Chr02 NC_080388.1:59592005-59592014promoter 内 513-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59579878-59588526(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74889072-74889081promoter 内 511-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G005993 Chr01 NC_080387.1:75538619-75538628promoter 内 503-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75533859-75535130(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2037440-2037449promoter 内 499-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G002472 Chr01 NC_080387.1:42447129-42447138promoter 内 480-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42438770-42443617(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G003460 Chr01 NC_080387.1:53182546-53182555promoter 内 478-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53171301-53179032(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G005511 Chr01 NC_080387.1:71952879-71952888promoter 内 464-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71956416-71960046(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G000100 Chr01 NC_080387.1:1812535-1812544promoter 内 459-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1806014-1809002(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G000099 Chr01 NC_080387.1:1803785-1803794promoter 内 458-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1797263-1800251(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29860942-29860951promoter 内 412-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G001183 Chr01 NC_080387.1:23899417-23899426promoter 内 372-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23890170-23895797(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73599488-73599497promoter 内 312-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G000139 Chr01 NC_080387.1:2335910-2335919promoter 内 211-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2339700-2341885(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G000879 Chr01 NC_080387.1:18685799-18685808promoter 内 149-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18680179-18681956(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22812872-22812881promoter 内 138-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22805990-22809018(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G001543 Chr01 NC_080387.1:29438958-29438967promoter 内 29-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29442930-29445692(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G005724 Chr01 NC_080387.1:73403043-73403052promoter 内 16-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73398756-73399067(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr02G002745 Chr02 NC_080388.1:47434996-47435005promoter 内 3525-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 7 47433057-47434529(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr02G003050 Chr02 NC_080388.1:51300218-51300227promoter 内 3520-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 51298151-51299746(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAATT
SmilChr01G000677 Chr01 NC_080387.1:14965944-14965953promoter 内 2243-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 14961806-14964195(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr01G005673 Chr01 NC_080387.1:72999876-72999885promoter 内 1021-1030 bp - 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 73002856-73004410(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAATT
SmilChr02G003584 Chr02 NC_080388.1:57001561-57001570promoter 内 281-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 57005281-57007063(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr02G003456 Chr02 NC_080388.1:55837538-55837547promoter 内 2221-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 55832703-55835767(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr02G003109 Chr02 NC_080388.1:52071372-52071381promoter 内 1654-1663 bp - 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 52073719-52074792(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAATT
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7396963-7396972promoter 内 1171-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 7399793-7400930(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr01G001402 Chr01 NC_080387.1:27594349-27594358promoter 内 617-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 27589426-27590974(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr02G002176 Chr02 NC_080388.1:38988022-38988031promoter 内 155-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 38980129-38984185(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr01G001190 Chr01 NC_080387.1:24051701-24051710promoter 内 3851-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 24051851-24054332(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAATT
SmilChr02G003360 Chr02 NC_080388.1:54737893-54737902promoter 内 3743-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54738151-54742587(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG
SmilChr02G000618 Chr02 NC_080388.1:9046874-9046883promoter 内 3684-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 9040993-9046566(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAATT
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31073517-31073526promoter 内 3549-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 31070324-31073074(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AATTGATTGG