转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 52 / 119 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003917 Chr02 NC_080388.1:61257448-61257458promoter 内 1509-1519 bp + 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61252577-61254966(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59571922-59571932promoter 内 1494-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59574429-59576739(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTAT
SmilChr02G001810 Chr02 NC_080388.1:32923457-32923467promoter 内 1487-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32919823-32920953(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTAT
SmilChr01G000468 Chr01 NC_080387.1:9593675-9593685promoter 内 1203-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9583561-9590887(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGAGGTCAACG
SmilChr01G005240 Chr01 NC_080387.1:69950812-69950822promoter 内 1099-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69953714-69954297(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G001459 Chr02 NC_080388.1:27289976-27289986promoter 内 1087-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27292890-27294003(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GCAAGTCAACA
SmilChr01G003926 Chr01 NC_080387.1:57527921-57527931promoter 内 875-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57511064-57524805(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTAT
SmilChr02G000206 Chr02 NC_080388.1:2687531-2687541promoter 内 871-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2690661-2692657(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GCAAGTCAACA
SmilChr01G003787 Chr01 NC_080387.1:56266672-56266682promoter 内 397-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56262231-56263078(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48985212-48985222promoter 内 281-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48980029-48981502(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr02G002132 Chr02 NC_080388.1:38286331-38286341promoter 内 250-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38275997-38282590(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAGAGTCAACC
SmilChr01G001463 Chr01 NC_080387.1:28431164-28431174promoter 内 113-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28435052-28435123(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAGAGTCAACC
SmilChr01G003585 Chr01 NC_080387.1:54420140-54420150promoter 内 1090-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 54423051-54425934(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:856373-856383promoter 内 2307-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 852972-854689(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACA
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467371-49467381promoter 内 2156-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 49460707-49465536(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGCAGTCAACG
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17239576-17239586promoter 内 1447-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 17235549-17237032(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTACC
SmilChr01G002876 Chr01 NC_080387.1:47343580-47343590promoter 内 1277-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47346304-47347005(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49640822-49640832promoter 内 587-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 49644236-49647282(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17239733-17239743promoter 内 3964-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17237048-17239706(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTACC
SmilChr02G002794 Chr02 NC_080388.1:48017511-48017521promoter 内 3939-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48016542-48017459(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACA
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34086318-34086328promoter 内 3788-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34085428-34086115(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACA
SmilChr02G000645 Chr02 NC_080388.1:9735001-9735011promoter 内 3079-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9735923-9737129(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACA
SmilChr02G001366 Chr02 NC_080388.1:25738664-25738674promoter 内 2538-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 25740127-25740813(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGAAGTCAACA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57225154-57225164promoter 内 2369-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTAGTCAACG
SmilChr01G004160 Chr01 NC_080387.1:60096124-60096134promoter 内 2176-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60090743-60094309(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTACC
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085114-62085124promoter 内 1724-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTAGTCAACG
SmilChr01G000144 Chr01 NC_080387.1:2435271-2435281promoter 内 1661-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2432032-2432941(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30521602-30521612promoter 内 1515-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17845450-17845460promoter 内 1247-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTGCC
SmilChr02G001401 Chr02 NC_080388.1:26596157-26596167promoter 内 1057-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26591744-26593223(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGCAGTCAACG
SmilChr01G001898 Chr01 NC_080387.1:34086318-34086328promoter 内 343-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34089976-34090299(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTCG
SmilChr01G001883 Chr01 NC_080387.1:33865454-33865464promoter 内 1727-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 33867728-33868929(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTGA
SmilChr01G004935 Chr01 NC_080387.1:67425484-67425494promoter 内 3540-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 67425945-67427198(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTG
SmilChr01G005718 Chr01 NC_080387.1:73373772-73373782promoter 内 3423-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 73374350-73376322(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAT
SmilChr01G001157 Chr01 NC_080387.1:23520584-23520594promoter 内 3261-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 23515547-23519854(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTCTT
SmilChr02G000265 Chr02 NC_080388.1:3424358-3424368promoter 内 1590-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 3426769-3427796(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATTTGACTTTG
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