转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 53 / 143 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4442299-4442310promoter 内 3777-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4441547-4442086(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3885865-3885876promoter 内 3589-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3883590-3885464(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G000052 Chr05 NC_080391.1:246532-246543promoter 内 3587-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 246946-248099(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G000051 Chr05 NC_080391.1:237113-237124promoter 内 3548-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 237566-239845(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G002135 Chr05 NC_080391.1:22451993-22452004promoter 内 3543-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22448877-22451546(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr02G000328 Chr02 NC_080388.1:4179440-4179451promoter 内 3476-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4179965-4180783(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G003655 Chr03 NC_080389.1:55390625-55390636promoter 内 3443-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55388151-55390078(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr08G000606 Chr08 NC_080394.1:4487688-4487699promoter 内 3377-3388 bp + 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4488312-4496516(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G003787 Chr05 NC_080391.1:51187667-51187678promoter 内 3314-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 51183728-51186991(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr04G000538 Chr04 NC_080390.1:5990071-5990082promoter 内 3280-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 5988411-5989361(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr07G003954 Chr07 NC_080393.1:50049480-50049491promoter 内 3213-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 50041000-50048703(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr07G003382 Chr07 NC_080393.1:36639040-36639051promoter 内 3208-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 36634903-36638258(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr02G000575 Chr02 NC_080388.1:8221825-8221836promoter 内 3149-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 8220511-8220984(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G004058 Chr05 NC_080391.1:54537980-54537991promoter 内 3141-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54538840-54543137(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4442299-4442310promoter 内 3061-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4440018-4441370(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr06G001141 Chr06 NC_080392.1:11484268-11484279promoter 内 3047-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 11481547-11483325(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr02G000369 Chr02 NC_080388.1:4695455-4695466promoter 内 3036-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4693613-4694501(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G003584 Chr03 NC_080389.1:54478934-54478945promoter 内 3032-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54476504-54477976(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr07G004013 Chr07 NC_080393.1:51211069-51211080promoter 内 2957-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 51209464-51210036(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr02G001356 Chr02 NC_080388.1:25341241-25341252promoter 内 2955-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 25338398-25340206(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr04G004000 Chr04 NC_080390.1:55362087-55362098promoter 内 2931-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55358942-55361028(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr03G001255 Chr03 NC_080389.1:14482598-14482609promoter 内 2911-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 14483688-14485015(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr01G005108 Chr01 NC_080387.1:68864414-68864425promoter 内 2873-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 68865542-68866791(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31292604-31292615promoter 内 2815-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 31293790-31297449(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr07G004737 Chr07 NC_080393.1:60239834-60239845promoter 内 2784-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 60237223-60238628(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr06G000735 Chr06 NC_080392.1:6778567-6778578promoter 内 2743-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 6779825-6782999(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70627339-70627350promoter 内 2741-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 70628599-70630450(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G004394 Chr05 NC_080391.1:57375238-57375249promoter 内 2707-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57372736-57373955(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G000089 Chr03 NC_080389.1:1012408-1012419promoter 内 2628-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 1013781-1017093(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr05G001763 Chr05 NC_080391.1:17345318-17345329promoter 内 2561-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 17346758-17348956(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr03G003734 Chr03 NC_080389.1:56372602-56372613promoter 内 2519-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 56370270-56371131(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr01G005948 Chr01 NC_080387.1:75205722-75205733promoter 内 2504-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 75207219-75208517(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAGA
SmilChr04G001440 Chr04 NC_080390.1:23617795-23617806promoter 内 2493-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 23619303-23621727(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr05G003830 Chr05 NC_080391.1:51715517-51715528promoter 内 2472-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 51712378-51713999(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
SmilChr04G002261 Chr04 NC_080390.1:36579365-36579376promoter 内 2469-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 36576393-36577844(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGGAGT
SmilChr01G004386 Chr01 NC_080387.1:62022182-62022193promoter 内 2332-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 62023851-62031540(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
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SmilChr06G001830 Chr06 NC_080392.1:21481540-21481551promoter 内 2020-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 21478791-21479570(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTCCAGCTGTT
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