转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 55 / 134 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000686 Chr02 NC_080388.1:10827622-10827636promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10828988-10829543(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACAATT
SmilChr02G003789 Chr02 NC_080388.1:59530141-59530155promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59531507-59532062(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACAATT
SmilChr03G000467 Chr03 NC_080389.1:4981760-4981774promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4983169-4986572(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAAATTT
SmilChr01G002640 Chr01 NC_080387.1:44690503-44690517promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44679049-44689107(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATTATTAT
SmilChr02G001073 Chr02 NC_080388.1:19110448-19110462promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19107560-19109044(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGTTCAC
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28805110-28805124promoter 内 2511-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28806600-28807767(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATAAT
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15129064-15129078promoter 内 2473-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15127478-15127550(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATGATTTC
SmilChr01G000634 Chr01 NC_080387.1:14268981-14268995promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14270515-14271940(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAATTAT
SmilChr01G004304 Chr01 NC_080387.1:61219850-61219864promoter 内 2359-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61221492-61227244(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCTATAATGATTAT
SmilChr01G002533 Chr01 NC_080387.1:43329145-43329159promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43330803-43332358(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATTTAATGATTAT
SmilChr03G002685 Chr03 NC_080389.1:42723768-42723782promoter 内 2205-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42725564-42725637(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAAATTT
SmilChr01G005513 Chr01 NC_080387.1:71963377-71963391promoter 内 2185-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71965193-71969166(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATTTAATGATTAT
SmilChr01G005512 Chr01 NC_080387.1:71963377-71963391promoter 内 2173-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71959914-71961563(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAAATTT
SmilChr02G001547 Chr02 NC_080388.1:28762900-28762914promoter 内 2051-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28764850-28769645(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGCGATAATGATTGC
SmilChr01G005503 Chr01 NC_080387.1:71896708-71896722promoter 内 1900-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71898809-71900601(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTTGTAATGATAAC
SmilChr03G000350 Chr03 NC_080389.1:3924518-3924532promoter 内 1790-1804 bp + 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3926729-3927735(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGACGCAATGATTAA
SmilChr02G001389 Chr02 NC_080388.1:26367493-26367507promoter 内 1723-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26369771-26370732(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGGCATAATGATTAA
SmilChr02G003979 Chr02 NC_080388.1:62053223-62053237promoter 内 1707-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62055517-62057055(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACAATT
SmilChr02G000353 Chr02 NC_080388.1:4575744-4575758promoter 内 1687-1701 bp - 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4558223-4573444(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATTATTAT
SmilChr01G005167 Chr01 NC_080387.1:69440714-69440728promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69443064-69445316(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAACTAATGATTAT
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72898255-72898269promoter 内 1636-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTATCATTACATTC
SmilChr01G005490 Chr01 NC_080387.1:71828587-71828601promoter 内 1606-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71830982-71831763(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAGATAATGATTAA
SmilChr02G004421 Chr02 NC_080388.1:66527369-66527383promoter 内 1605-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66529765-66536844(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCACG
SmilChr02G003757 Chr02 NC_080388.1:59224769-59224783promoter 内 1554-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59219112-59222336(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGCGTCG
SmilChr03G001908 Chr03 NC_080389.1:26699260-26699274promoter 内 1554-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26701707-26704144(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGGTTAATGATGAT
SmilChr02G002088 Chr02 NC_080388.1:37475485-37475499promoter 内 1490-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37477996-37482236(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGCCAATGATTAG
SmilChr01G000488 Chr01 NC_080387.1:9954511-9954525promoter 内 1467-1481 bp - 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9950355-9951991(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGGTTAATGATGAT
SmilChr01G000537 Chr01 NC_080387.1:11059972-11059986promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11056474-11057265(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTAATGATTTT
SmilChr01G003621 Chr01 NC_080387.1:54770892-54770906promoter 内 1221-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54765630-54768126(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAATATAATGATTGG
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15458210-15458224promoter 内 1177-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15461034-15462749(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATAGAT
SmilChr02G001387 Chr02 NC_080388.1:26367493-26367507promoter 内 1012-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26364027-26364518(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATGCCT
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62469503-62469517promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62458265-62466463(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGGAATAATGATTAT
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71777881-71777895promoter 内 884-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAATTTT
SmilChr02G000587 Chr02 NC_080388.1:8441001-8441015promoter 内 871-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8444131-8445285(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAGCAATGATTGA
SmilChr01G002444 Chr01 NC_080387.1:42024306-42024320promoter 内 820-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42027487-42027560(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAGTATC
SmilChr03G002094 Chr03 NC_080389.1:32355539-32355553promoter 内 612-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32358928-32362842(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATAGAT
SmilChr02G002607 Chr02 NC_080388.1:45241018-45241032promoter 内 475-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45236292-45237506(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTAATGATTTT
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8458519-8458533promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8462117-8462620(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGACGCAATGATTAA
SmilChr03G003295 Chr03 NC_080389.1:51073857-51073871promoter 内 387-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51077471-51078844(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGATGATGATTAA
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SmilChr02G001485 Chr02 NC_080388.1:27838242-27838256promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27833629-27834497(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAACATC
SmilChr01G004951 Chr01 NC_080387.1:67596729-67596743promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 67590086-67592932(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAATAAT
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SmilChr01G000538 Chr01 NC_080387.1:11059972-11059986promoter 内 33-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11063940-11065616(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCTTT
SmilChr01G003112 Chr01 NC_080387.1:49922807-49922821promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49926798-49930025(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGCGTCG