靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 55 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G001182 |
Chr02 | NC_080388.1:21733174-21733181promoter 内 3574-3581 bp |
- | 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 21733601-21734524(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G004235 |
Chr03 | NC_080389.1:60866939-60866946promoter 内 3566-3573 bp |
- | 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 60864735-60866511(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G001533 |
Chr03 | NC_080389.1:19182774-19182781promoter 内 3559-3566 bp |
- | 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 19179169-19182339(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G003272 |
Chr01 | NC_080387.1:51432614-51432621promoter 内 3556-3563 bp |
- | 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 51428178-51432176(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G005381 |
Chr02 | NC_080388.1:74481737-74481744promoter 内 3542-3549 bp |
+ | 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 74482196-74486036(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G002728 |
Chr04 | NC_080390.1:42890307-42890314promoter 内 3536-3543 bp |
+ | 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 42885677-42889849(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G001841 |
Chr03 | NC_080389.1:25255110-25255117promoter 内 3533-3540 bp |
- | 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 25239245-25254649(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G001116 |
Chr03 | NC_080389.1:12876056-12876063promoter 内 3531-3538 bp |
- | 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 12876526-12881055(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G000242 |
Chr05 | NC_080391.1:1849350-1849357promoter 内 3530-3537 bp |
+ | 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 1849821-1852238(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G001714 |
Chr01 | NC_080387.1:31608912-31608919promoter 内 3529-3536 bp |
- | 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 31605432-31608447(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G004249 |
Chr02 | NC_080388.1:64667996-64668003promoter 内 3527-3534 bp |
- | 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 64668470-64669673(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G003591 |
Chr02 | NC_080388.1:57122420-57122427promoter 内 3520-3527 bp |
- | 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 57117669-57121946(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G003384 |
Chr01 | NC_080387.1:52525127-52525134promoter 内 3517-3524 bp |
+ | 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 52521412-52524650(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G001329 |
Chr01 | NC_080387.1:26463601-26463608promoter 内 3516-3523 bp |
+ | 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 26464086-26473494(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G001546 |
Chr02 | NC_080388.1:28725922-28725929promoter 内 3516-3523 bp |
- | 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 28726407-28730706(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G003967 |
Chr02 | NC_080388.1:61803513-61803520promoter 内 3512-3519 bp |
+ | 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 61804002-61804074(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001975 |
Chr04 | NC_080390.1:32004251-32004258promoter 内 3511-3518 bp |
+ | 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 32002398-32003768(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G000690 |
Chr02 | NC_080388.1:10997201-10997208promoter 内 3488-3495 bp |
- | 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 10997714-10999835(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G003624 |
Chr04 | NC_080390.1:52731865-52731872promoter 内 3482-3489 bp |
- | 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 52727709-52731353(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004371 |
Chr01 | NC_080387.1:61923847-61923854promoter 内 3478-3485 bp |
+ | 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 61922627-61923331(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G002384 |
Chr01 | NC_080387.1:41067030-41067037promoter 内 3477-3484 bp |
+ | 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 41067554-41070519(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G003208 |
Chr04 | NC_080390.1:48935804-48935811promoter 内 3477-3484 bp |
+ | 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 48936328-48941246(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001028 |
Chr04 | NC_080390.1:14432329-14432336promoter 内 3475-3482 bp |
+ | 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 14432855-14433892(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G003815 |
Chr03 | NC_080389.1:57182246-57182253promoter 内 3467-3474 bp |
+ | 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 57178742-57181719(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G002530 |
Chr03 | NC_080389.1:40368071-40368078promoter 内 3462-3469 bp |
- | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 40367090-40367539(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G003295 |
Chr03 | NC_080389.1:51076930-51076937promoter 内 3460-3467 bp |
- | 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 51077471-51078844(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G001038 |
Chr03 | NC_080389.1:12105815-12105822promoter 内 3457-3464 bp |
- | 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 12106359-12111740(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001560 |
Chr02 | NC_080388.1:28868669-28868676promoter 内 3451-3458 bp |
- | 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 28869219-28869732(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G005236 |
Chr02 | NC_080388.1:73549875-73549882promoter 内 3449-3456 bp |
- | 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 73550427-73555379(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001796 |
Chr02 | NC_080388.1:32763704-32763711promoter 内 3447-3454 bp |
- | 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 32760123-32763157(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G003644 |
Chr01 | NC_080387.1:54924554-54924561promoter 内 3434-3441 bp |
+ | 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 54925121-54932996(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G002123 |
Chr03 | NC_080389.1:33008825-33008832promoter 内 3431-3438 bp |
- | 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 33009395-33015750(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G004842 |
Chr02 | NC_080388.1:70546267-70546274promoter 内 3430-3437 bp |
+ | 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 70546838-70550264(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr04 | NC_080390.1:54819183-54819190promoter 内 3428-3435 bp |
- | 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 54819756-54824337(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr01 | NC_080387.1:70618257-70618264promoter 内 3427-3434 bp |
+ | 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 70613875-70617690(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
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- | 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 28508082-28509865(+) |
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+ | 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 45692898-45694761(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 19060158-19062455(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 26925349-26934860(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 38899046-38903502(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 33337814-33343397(+) |
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- | 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 16614981-16617535(-) |
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+ | 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 52156270-52163232(+) |
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- | 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 9531284-9537359(-) |
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- | 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 31699763-31700811(-) |
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