转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 55 / 149 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001182 Chr02 NC_080388.1:21733174-21733181promoter 内 3574-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21733601-21734524(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60866939-60866946promoter 内 3566-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 60864735-60866511(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001533 Chr03 NC_080389.1:19182774-19182781promoter 内 3559-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19179169-19182339(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51432614-51432621promoter 内 3556-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 51428178-51432176(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G005381 Chr02 NC_080388.1:74481737-74481744promoter 内 3542-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74482196-74486036(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G002728 Chr04 NC_080390.1:42890307-42890314promoter 内 3536-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 42885677-42889849(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G001841 Chr03 NC_080389.1:25255110-25255117promoter 内 3533-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 25239245-25254649(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001116 Chr03 NC_080389.1:12876056-12876063promoter 内 3531-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 12876526-12881055(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G000242 Chr05 NC_080391.1:1849350-1849357promoter 内 3530-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1849821-1852238(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31608912-31608919promoter 内 3529-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 31605432-31608447(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G004249 Chr02 NC_080388.1:64667996-64668003promoter 内 3527-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64668470-64669673(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G003591 Chr02 NC_080388.1:57122420-57122427promoter 内 3520-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57117669-57121946(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G003384 Chr01 NC_080387.1:52525127-52525134promoter 内 3517-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52521412-52524650(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26463601-26463608promoter 内 3516-3523 bp + 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 26464086-26473494(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G001546 Chr02 NC_080388.1:28725922-28725929promoter 内 3516-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28726407-28730706(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G003967 Chr02 NC_080388.1:61803513-61803520promoter 内 3512-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61804002-61804074(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001975 Chr04 NC_080390.1:32004251-32004258promoter 内 3511-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 32002398-32003768(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G000690 Chr02 NC_080388.1:10997201-10997208promoter 内 3488-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 10997714-10999835(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G003624 Chr04 NC_080390.1:52731865-52731872promoter 内 3482-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52727709-52731353(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61923847-61923854promoter 内 3478-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41067030-41067037promoter 内 3477-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 41067554-41070519(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48935804-48935811promoter 内 3477-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 48936328-48941246(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001028 Chr04 NC_080390.1:14432329-14432336promoter 内 3475-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14432855-14433892(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G003815 Chr03 NC_080389.1:57182246-57182253promoter 内 3467-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57178742-57181719(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40368071-40368078promoter 内 3462-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 40367090-40367539(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G003295 Chr03 NC_080389.1:51076930-51076937promoter 内 3460-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 51077471-51078844(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G001038 Chr03 NC_080389.1:12105815-12105822promoter 内 3457-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 12106359-12111740(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G001560 Chr02 NC_080388.1:28868669-28868676promoter 内 3451-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28869219-28869732(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G005236 Chr02 NC_080388.1:73549875-73549882promoter 内 3449-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 73550427-73555379(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G001796 Chr02 NC_080388.1:32763704-32763711promoter 内 3447-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 32760123-32763157(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54924554-54924561promoter 内 3434-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54925121-54932996(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G002123 Chr03 NC_080389.1:33008825-33008832promoter 内 3431-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 33009395-33015750(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G004842 Chr02 NC_080388.1:70546267-70546274promoter 内 3430-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70546838-70550264(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G003907 Chr04 NC_080390.1:54819183-54819190promoter 内 3428-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54819756-54824337(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G005338 Chr01 NC_080387.1:70618257-70618264promoter 内 3427-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70613875-70617690(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G001474 Chr01 NC_080387.1:28507506-28507513promoter 内 3425-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28508082-28509865(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
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