转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 56 / 149 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50588776-50588783promoter 内 3354-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59303813-59303820promoter 内 3354-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8461468-8461475promoter 内 3352-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8462117-8462620(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G004240 Chr02 NC_080388.1:64588680-64588687promoter 内 3352-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64589329-64596205(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G000654 Chr01 NC_080387.1:14544601-14544608promoter 内 3351-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14545251-14547409(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G000881 Chr04 NC_080390.1:11217215-11217222promoter 内 3350-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 11217866-11221934(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004892 Chr01 NC_080387.1:66984545-66984552promoter 内 3343-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 66983066-66983894(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G002729 Chr02 NC_080388.1:47206922-47206929promoter 内 3337-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 47205786-47206265(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G004000 Chr04 NC_080390.1:55361697-55361704promoter 内 3325-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 55358942-55361028(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G003321 Chr02 NC_080388.1:54465961-54465968promoter 内 3324-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54466638-54472850(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G004129 Chr04 NC_080390.1:56113123-56113130promoter 内 3324-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 56113800-56123500(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G001878 Chr02 NC_080388.1:34087366-34087373promoter 内 3323-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 34088044-34090623(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G001960 Chr02 NC_080388.1:35388102-35388109promoter 内 3318-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35386959-35387426(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47299022-47299029promoter 内 3312-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 47299711-47301460(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G003729 Chr04 NC_080390.1:53618686-53618693promoter 内 3310-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 53619377-53621860(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G003266 Chr02 NC_080388.1:53930079-53930086promoter 内 3302-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 53930778-53932551(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G004659 Chr03 NC_080389.1:64079903-64079910promoter 内 3292-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64080612-64082060(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G005497 Chr02 NC_080388.1:75125559-75125566promoter 内 3287-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 75126273-75130033(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49258186-49258193promoter 内 3287-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 49256691-49257479(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G003068 Chr01 NC_080387.1:49522637-49522644promoter 内 3285-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 49523353-49527190(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001328 Chr04 NC_080390.1:21432491-21432498promoter 内 3281-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 21422262-21431778(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G003134 Chr02 NC_080388.1:52360606-52360613promoter 内 3278-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52357494-52359890(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G000622 Chr04 NC_080390.1:7072724-7072731promoter 内 3269-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 7070855-7071999(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G002437 Chr03 NC_080389.1:38694777-38694784promoter 内 3260-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 38692081-38694043(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34689045-34689052promoter 内 3257-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 34685805-34688308(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G003161 Chr03 NC_080389.1:48966849-48966856promoter 内 3257-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 48967593-48969350(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G000313 Chr04 NC_080390.1:2871860-2871867promoter 内 3253-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2872608-2880261(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004163 Chr01 NC_080387.1:60126306-60126313promoter 内 3251-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 60127056-60131519(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G003308 Chr02 NC_080388.1:54346029-54346036promoter 内 3246-3253 bp + 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54342393-54345281(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G001396 Chr05 NC_080391.1:12525543-12525550promoter 内 3242-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 12526302-12531354(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001156 Chr04 NC_080390.1:17069997-17070004promoter 内 3233-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 17067232-17069236(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G002604 Chr02 NC_080388.1:45179044-45179051promoter 内 3232-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45179813-45182605(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G004743 Chr03 NC_080389.1:64552751-64552758promoter 内 3229-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64548949-64551986(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G000034 Chr04 NC_080390.1:333448-333455promoter 内 3225-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 331538-332679(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G000186 Chr04 NC_080390.1:1651640-1651647promoter 内 3225-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1649188-1650871(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G003375 Chr01 NC_080387.1:52449425-52449432promoter 内 3224-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52444309-52448655(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
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