靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 56 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G003265 |
Chr03 | NC_080389.1:50588776-50588783promoter 内 3354-3361 bp |
- | 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 50589423-50590130(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G004029 |
Chr03 | NC_080389.1:59303813-59303820promoter 内 3354-3361 bp |
- | 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 59298837-59303173(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G000590 |
Chr02 | NC_080388.1:8461468-8461475promoter 内 3352-3359 bp |
+ | 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 8462117-8462620(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G004240 |
Chr02 | NC_080388.1:64588680-64588687promoter 内 3352-3359 bp |
- | 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 64589329-64596205(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G000654 |
Chr01 | NC_080387.1:14544601-14544608promoter 内 3351-3358 bp |
+ | 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 14545251-14547409(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G000881 |
Chr04 | NC_080390.1:11217215-11217222promoter 内 3350-3357 bp |
+ | 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 11217866-11221934(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004892 |
Chr01 | NC_080387.1:66984545-66984552promoter 内 3343-3350 bp |
+ | 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 66983066-66983894(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G002729 |
Chr02 | NC_080388.1:47206922-47206929promoter 内 3337-3344 bp |
- | 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 47205786-47206265(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G004000 |
Chr04 | NC_080390.1:55361697-55361704promoter 内 3325-3332 bp |
- | 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 55358942-55361028(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003321 |
Chr02 | NC_080388.1:54465961-54465968promoter 内 3324-3331 bp |
+ | 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 54466638-54472850(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G004129 |
Chr04 | NC_080390.1:56113123-56113130promoter 内 3324-3331 bp |
- | 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 56113800-56123500(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001878 |
Chr02 | NC_080388.1:34087366-34087373promoter 内 3323-3330 bp |
- | 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 34088044-34090623(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001960 |
Chr02 | NC_080388.1:35388102-35388109promoter 内 3318-3325 bp |
+ | 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 35386959-35387426(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G002736 |
Chr02 | NC_080388.1:47299022-47299029promoter 内 3312-3319 bp |
- | 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 47299711-47301460(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G003729 |
Chr04 | NC_080390.1:53618686-53618693promoter 内 3310-3317 bp |
- | 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 53619377-53621860(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G003266 |
Chr02 | NC_080388.1:53930079-53930086promoter 内 3302-3309 bp |
- | 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 53930778-53932551(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G004659 |
Chr03 | NC_080389.1:64079903-64079910promoter 内 3292-3299 bp |
+ | 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 64080612-64082060(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G005497 |
Chr02 | NC_080388.1:75125559-75125566promoter 内 3287-3294 bp |
- | 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 75126273-75130033(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G003180 |
Chr03 | NC_080389.1:49258186-49258193promoter 内 3287-3294 bp |
- | 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 49256691-49257479(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G003068 |
Chr01 | NC_080387.1:49522637-49522644promoter 内 3285-3292 bp |
+ | 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 49523353-49527190(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001328 |
Chr04 | NC_080390.1:21432491-21432498promoter 内 3281-3288 bp |
- | 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 21422262-21431778(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003134 |
Chr02 | NC_080388.1:52360606-52360613promoter 内 3278-3285 bp |
+ | 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 52357494-52359890(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G000622 |
Chr04 | NC_080390.1:7072724-7072731promoter 内 3269-3276 bp |
- | 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 7070855-7071999(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G002437 |
Chr03 | NC_080389.1:38694777-38694784promoter 内 3260-3267 bp |
- | 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 38692081-38694043(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G002203 |
Chr03 | NC_080389.1:34689045-34689052promoter 内 3257-3264 bp |
+ | 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 34685805-34688308(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G003161 |
Chr03 | NC_080389.1:48966849-48966856promoter 内 3257-3264 bp |
+ | 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 48967593-48969350(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G000313 |
Chr04 | NC_080390.1:2871860-2871867promoter 内 3253-3260 bp |
+ | 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 2872608-2880261(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004163 |
Chr01 | NC_080387.1:60126306-60126313promoter 内 3251-3258 bp |
- | 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 60127056-60131519(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G003308 |
Chr02 | NC_080388.1:54346029-54346036promoter 内 3246-3253 bp |
+ | 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 54342393-54345281(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G001396 |
Chr05 | NC_080391.1:12525543-12525550promoter 内 3242-3249 bp |
+ | 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 12526302-12531354(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr04G001156 |
Chr04 | NC_080390.1:17069997-17070004promoter 内 3233-3240 bp |
- | 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 17067232-17069236(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G002604 |
Chr02 | NC_080388.1:45179044-45179051promoter 内 3232-3239 bp |
+ | 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 45179813-45182605(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G004743 |
Chr03 | NC_080389.1:64552751-64552758promoter 内 3229-3236 bp |
- | 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 64548949-64551986(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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Chr04 | NC_080390.1:333448-333455promoter 内 3225-3232 bp |
+ | 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 331538-332679(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
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Chr04 | NC_080390.1:1651640-1651647promoter 内 3225-3232 bp |
+ | 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 1649188-1650871(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G003375 |
Chr01 | NC_080387.1:52449425-52449432promoter 内 3224-3231 bp |
+ | 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 52444309-52448655(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001251 |
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- | 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 22989090-22991449(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003361 |
Chr02 | NC_080388.1:54741811-54741818promoter 内 3219-3226 bp |
+ | 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 54742593-54743716(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
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+ | 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 8444131-8445285(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G000029 |
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+ | 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 375275-377717(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
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- | 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 71778087-71779277(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 61396640-61402054(+) |
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- | 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 2321516-2326040(+) |
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+ | 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 67669034-67676222(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 10625971-10630718(+) |
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- | 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 14483713-14484781(-) |
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- | 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 23672192-23676036(+) |
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+ | 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 51439144-51439217(-) |
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- | 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 2072752-2073555(-) |
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+ | 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 18896606-18900770(+) |
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