转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 6 / 131 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003810 Chr02 NC_080388.1:59731396-59731405promoter 内 61-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 59726684-59727465(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACTTGTCGGC
SmilChr01G000243 Chr01 NC_080387.1:4516718-4516727promoter 内 1954-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 4511199-4514680(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGT
SmilChr01G001802 Chr01 NC_080387.1:32940758-32940767promoter 内 1391-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 32935842-32938157(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGT
SmilChr02G005438 Chr02 NC_080388.1:74788471-74788480promoter 内 331-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 74783142-74784810(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACTTGTCGGC
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7872815-7872824promoter 内 277-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 7864881-7869100(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACTTGTCGGC
SmilChr01G001502 Chr01 NC_080387.1:28865315-28865324promoter 内 3720-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 28859946-28865043(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14093515-14093524promoter 内 3648-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 14093868-14096579(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G000831 Chr02 NC_080388.1:14093515-14093524promoter 内 639-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 14087237-14090162(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr01G005822 Chr01 NC_080387.1:74225368-74225377promoter 内 2186-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 74227183-74229632(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr01G004678 Chr01 NC_080387.1:64873962-64873971promoter 内 1899-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 64867873-64871869(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr01G005753 Chr01 NC_080387.1:73621174-73621183promoter 内 1789-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 73617899-73618971(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G003466 Chr02 NC_080388.1:55955389-55955398promoter 内 260-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 55959130-55961909(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G004158 Chr01 NC_080387.1:60082138-60082147promoter 内 144-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 60076355-60078290(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G001195 Chr02 NC_080388.1:21986753-21986762promoter 内 3528-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 21987226-21988501(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr01G002014 Chr01 NC_080387.1:35691592-35691601promoter 内 3265-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 35689427-35690865(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51020278-51020287promoter 内 3109-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 51018253-51019395(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42713510-42713519promoter 内 2871-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 42711485-42712389(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G002450 Chr02 NC_080388.1:42757336-42757345promoter 内 2545-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 42755311-42755889(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G002348 Chr02 NC_080388.1:41257832-41257841promoter 内 2485-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 41255458-41256325(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G005939 Chr01 NC_080387.1:75133985-75133994promoter 内 2484-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 75131935-75132477(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G005314 Chr02 NC_080388.1:74028354-74028363promoter 内 2398-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 74029957-74031686(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G001264 Chr01 NC_080387.1:25341223-25341232promoter 内 1858-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 25338009-25339089(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G000167 Chr02 NC_080388.1:2162830-2162839promoter 内 1724-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 2165107-2171928(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G004289 Chr02 NC_080388.1:65218329-65218338promoter 内 1408-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 65215359-65215745(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G002451 Chr02 NC_080388.1:42757336-42757345promoter 内 1335-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 42760002-42761349(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G001354 Chr02 NC_080388.1:25299472-25299481promoter 内 1206-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 25302267-25304190(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G004918 Chr02 NC_080388.1:71194318-71194327promoter 内 915-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 71197404-71199744(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G003785 Chr02 NC_080388.1:59520347-59520356promoter 内 828-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 59514201-59517183(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr01G003315 Chr01 NC_080387.1:51874156-51874165promoter 内 442-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 51877715-51880313(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49640531-49640540promoter 内 296-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 49644236-49647282(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G004280 Chr02 NC_080388.1:64995129-64995138promoter 内 180-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 64989756-64991317(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
SmilChr02G004288 Chr02 NC_080388.1:65218329-65218338promoter 内 52-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 65213280-65214389(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14110992-14111001promoter 内 3863-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 14111130-14114061(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38473043-38473052promoter 内 3798-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 38473246-38475937(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2454585-2454594promoter 内 3735-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
SmilChr02G002136 Chr02 NC_080388.1:38463870-38463879promoter 内 3722-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 38464149-38466625(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAGG
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SmilChr01G000386 Chr01 NC_080387.1:7970494-7970503promoter 内 2821-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 7966289-7969323(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCTTGTCGGC
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