转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 62 / 162 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001098 Chr02 NC_080388.1:19800296-19800310promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19800718-19802970(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GACGAAAAGTCAGCT
SmilChr06G000099 Chr06 NC_080392.1:708891-708905promoter 内 3576-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 707805-708480(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTCAAAAGCCATAA
SmilChr04G003226 Chr04 NC_080390.1:49090950-49090964promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49088561-49090449(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGCTA
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76821424-76821438promoter 内 3311-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 76822114-76825762(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCAAAAAGCCAAAC
SmilChr08G000502 Chr08 NC_080394.1:3673827-3673841promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3674531-3676393(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTCAAAAGCCACCC
SmilChr03G004322 Chr03 NC_080389.1:61583673-61583687promoter 内 3286-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61584388-61587551(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGTGTCTTTTCGAT
SmilChr05G000173 Chr05 NC_080391.1:1368575-1368589promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1365143-1367873(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCACGACTTTTCGAG
SmilChr01G002018 Chr01 NC_080387.1:35761548-35761562promoter 内 3263-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35762286-35763974(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGCAAAAGCCATTT
SmilChr04G001864 Chr04 NC_080390.1:30392000-30392014promoter 内 3229-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30389043-30391242(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTTGAG
SmilChr07G004305 Chr07 NC_080393.1:55634570-55634584promoter 内 3183-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55635388-55638373(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCTGACTTTTCGTC
SmilChr03G002660 Chr03 NC_080389.1:42263649-42263663promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42264518-42265742(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTCAAAAGCCAGAC
SmilChr05G002671 Chr05 NC_080391.1:30199780-30199794promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30197750-30198906(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAATG
SmilChr05G000770 Chr05 NC_080391.1:6003997-6004011promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6004898-6005865(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGCAT
SmilChr08G001748 Chr08 NC_080394.1:14704102-14704116promoter 内 3012-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14696655-14703127(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTAAAGAGCCAAAT
SmilChr02G000038 Chr02 NC_080388.1:473955-473969promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 474973-478772(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACCGGCTTTTGAGA
SmilChr01G004448 Chr01 NC_080387.1:62579615-62579629promoter 内 2951-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62580665-62584244(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATATGGCTTTTCCTT
SmilChr06G002932 Chr06 NC_080392.1:42167094-42167108promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42168195-42168665(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCGTTCGAT
SmilChr06G001354 Chr06 NC_080392.1:14089625-14089639promoter 内 2746-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14090880-14092209(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGCAAAAGCCATCG
SmilChr06G001393 Chr06 NC_080392.1:14560185-14560199promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14561446-14562739(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGCAAAAGCCATCG
SmilChr08G001219 Chr08 NC_080394.1:9833443-9833457promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9828144-9832190(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTGCTT
SmilChr06G000923 Chr06 NC_080392.1:8756888-8756902promoter 内 2731-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8753049-8755632(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GACGAAAAGTCAGCT
SmilChr06G000098 Chr06 NC_080392.1:708891-708905promoter 内 2665-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 704306-707569(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTCAAAAGCCATAA
SmilChr01G000734 Chr01 NC_080387.1:16301045-16301059promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16299172-16299689(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGCCAAAAGCCGAAC
SmilChr05G001067 Chr05 NC_080391.1:8805264-8805278promoter 内 2423-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8806842-8819661(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTGTTCGGC
SmilChr03G000616 Chr03 NC_080389.1:6812672-6812686promoter 内 2411-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6809784-6811096(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTTGGCTTTTTGAA
SmilChr04G001259 Chr04 NC_080390.1:19861471-19861485promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19863175-19864535(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCAAAC
SmilChr08G000442 Chr08 NC_080394.1:3164780-3164794promoter 内 2240-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3160309-3163033(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTCAGA
SmilChr03G000859 Chr03 NC_080389.1:9821247-9821261promoter 内 2177-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9813814-9819437(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCCAGAAGCCAATC
SmilChr04G001258 Chr04 NC_080390.1:19850527-19850541promoter 内 2166-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19852362-19853591(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCAAAC
SmilChr07G003356 Chr07 NC_080393.1:36049085-36049099promoter 内 2127-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 36050959-36052143(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCAAAC
SmilChr04G003983 Chr04 NC_080390.1:55265712-55265726promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55267589-55277119(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCTGGCTTTTGAAA
SmilChr04G001684 Chr04 NC_080390.1:27876359-27876373promoter 内 2111-2125 bp + 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27872470-27874483(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACGAAAAGTCAGCA
SmilChr07G003349 Chr07 NC_080393.1:35948242-35948256promoter 内 2110-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35950133-35950489(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATTGGCTTCTGGGC
SmilChr04G001676 Chr04 NC_080390.1:27775248-27775262promoter 内 2103-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27777146-27779100(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACGAAAAGTCAGCA
SmilChr07G003439 Chr07 NC_080393.1:38052194-38052208promoter 内 2093-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38049197-38050300(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCAAAC
SmilChr02G000797 Chr02 NC_080388.1:13203365-13203379promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13200323-13201470(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAAAGCCAAAC
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