靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008316-RA_Salv |
SmilChr04G003117 |
C2H2 | XP_057809539.1 |
MP00592 |
AAGAAAACGACAAAAAA |
9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 63 / 171 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G000757 |
Chr06 | NC_080392.1:7025956-7025972promoter 内 3207-3223 bp |
- | 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 7022721-7025178(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAGAAAAAGACGAAAAT |
SmilChr03G003444 |
Chr03 | NC_080389.1:52811979-52811995promoter 内 3173-3189 bp |
+ | 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 52812807-52814357(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATCTAAACGACAAAGAA |
SmilChr03G003446 |
Chr03 | NC_080389.1:52820101-52820117promoter 内 3173-3189 bp |
+ | 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 52820929-52822479(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATCTAAACGACAAAGAA |
SmilChr07G002717 |
Chr07 | NC_080393.1:26632849-26632865promoter 内 3167-3183 bp |
- | 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 26628752-26632031(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TCGATAAAGACAAAATA |
SmilChr07G002642 |
Chr07 | NC_080393.1:25580796-25580812promoter 内 3159-3175 bp |
+ | 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 25576632-25579970(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACTTTTGTCATTTTCTC |
SmilChr07G003384 |
Chr07 | NC_080393.1:36646355-36646371promoter 内 3064-3080 bp |
- | 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 36643727-36645434(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GAATAAAGGACAAAACT |
SmilChr04G003773 |
Chr04 | NC_080390.1:53929409-53929425promoter 内 3025-3041 bp |
- | 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 53926163-53928449(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CCAGAAAAGACAAAATA |
SmilChr07G000879 |
Chr07 | NC_080393.1:6284998-6285014promoter 内 3019-3035 bp |
+ | 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 6285980-6287019(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAGAAAAAGACGAAAAT |
SmilChr06G000172 |
Chr06 | NC_080392.1:1188374-1188390promoter 内 2963-2979 bp |
+ | 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 1189412-1193312(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CATCAAACGACAAAATC |
SmilChr01G002400 |
Chr01 | NC_080387.1:41354958-41354974promoter 内 2894-2910 bp |
+ | 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 41356065-41357075(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGGATGAAGACAAAAGG |
SmilChr02G003484 |
Chr02 | NC_080388.1:56106283-56106299promoter 内 2883-2899 bp |
+ | 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 56105110-56105181(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCGTATATAG |
SmilChr01G000352 |
Chr01 | NC_080387.1:7327585-7327601promoter 内 2859-2875 bp |
- | 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 7325434-7326459(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGATATAAGACAAAAAT |
SmilChr05G000143 |
Chr05 | NC_080391.1:1161661-1161677promoter 内 2856-2872 bp |
- | 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 1162806-1179835(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCTTCTACGA |
SmilChr03G002914 |
Chr03 | NC_080389.1:45901424-45901440promoter 内 2829-2845 bp |
- | 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 45898867-45900268(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATCTAAACGACAAAGAA |
SmilChr06G000063 |
Chr06 | NC_080392.1:519191-519207promoter 内 2772-2788 bp |
+ | 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 514592-517978(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTTTTGTCATTTTATT |
SmilChr03G004333 |
Chr03 | NC_080389.1:61681710-61681726promoter 内 2747-2763 bp |
+ | 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 61677000-61680472(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCATTTTTTT |
SmilChr08G002667 |
Chr08 | NC_080394.1:26165053-26165069promoter 内 2741-2757 bp |
- | 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 26166313-26171052(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACTTTTGTCTTTTTAGT |
SmilChr01G004687 |
Chr01 | NC_080387.1:64931905-64931921promoter 内 2708-2724 bp |
- | 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 64930269-64930628(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AGACAGACGACAAAAAA |
SmilChr03G001573 |
Chr03 | NC_080389.1:19867459-19867475promoter 内 2689-2705 bp |
- | 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 19863081-19866163(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTAATAACGACAAAAAT |
SmilChr01G005744 |
Chr01 | NC_080387.1:73537645-73537661promoter 内 2602-2618 bp |
- | 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 73539044-73541642(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCATCTTCTA |
SmilChr01G002562 |
Chr01 | NC_080387.1:43747794-43747810promoter 内 2545-2561 bp |
- | 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 43749250-43751433(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCGTGTCTTA |
SmilChr07G002361 |
Chr07 | NC_080393.1:21930270-21930286promoter 内 2484-2500 bp |
- | 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 21923974-21928769(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TATATAAGGACAAAAAA |
SmilChr02G003483 |
Chr02 | NC_080388.1:56106283-56106299promoter 内 2449-2465 bp |
+ | 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 56096161-56104747(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCGTATATAG |
SmilChr06G002243 |
Chr06 | NC_080392.1:31810578-31810594promoter 内 2384-2400 bp |
+ | 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 31812195-31812911(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGGATGAAGACAAAAGG |
SmilChr07G002052 |
Chr07 | NC_080393.1:18636038-18636054promoter 内 2287-2303 bp |
+ | 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 18633392-18634340(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTATTTGTCGTGATGTG |
SmilChr07G002461 |
Chr07 | NC_080393.1:23146862-23146878promoter 内 2232-2248 bp |
- | 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 23145039-23145109(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TCAGAAAAGACAAAAAA |
SmilChr05G003929 |
Chr05 | NC_080391.1:53055698-53055714promoter 内 2214-2230 bp |
+ | 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 53057485-53059626(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TAGTTAAAGACAAAATA |
SmilChr03G001574 |
Chr03 | NC_080389.1:19867459-19867475promoter 内 2195-2211 bp |
- | 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 19869265-19870366(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCGTTATTAA |
SmilChr06G001702 |
Chr06 | NC_080392.1:19566939-19566955promoter 内 2188-2204 bp |
- | 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 19568752-19576409(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACTTTTGTCTTCATCTT |
SmilChr01G004686 |
Chr01 | NC_080387.1:64931905-64931921promoter 内 2104-2120 bp |
- | 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 64926181-64930024(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AGACAGACGACAAAAAA |
SmilChr05G002358 |
Chr05 | NC_080391.1:25598382-25598398promoter 内 2067-2083 bp |
+ | 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 25600316-25602477(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr03 | NC_080389.1:30923165-30923181promoter 内 1929-1945 bp |
+ | 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 30925237-30928407(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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Chr01 | NC_080387.1:28136534-28136550promoter 内 1928-1944 bp |
- | 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 28133035-28134477(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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+ | 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 30988720-30991890(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 14232927-14234370(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 59454122-59456655(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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+ | 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 61683906-61687502(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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- | 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 1878878-1884471(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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+ | 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 41357291-41358965(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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+ | 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 24501986-24503327(+) |
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MP00592 |
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+ | 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 63971723-63973136(-) |
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- | 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 9915433-9917252(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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SmilChr07G003119 |
Chr07 | NC_080393.1:33082913-33082929promoter 内 868-884 bp |
+ | 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 33086046-33087588(+) |
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SmilChr07G002955 |
Chr07 | NC_080393.1:30021421-30021437promoter 内 823-839 bp |
- | 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 30017000-30018259(-) |
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