转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 63 / 171 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000757 Chr06 NC_080392.1:7025956-7025972promoter 内 3207-3223 bp - 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7022721-7025178(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAAAGACGAAAAT
SmilChr03G003444 Chr03 NC_080389.1:52811979-52811995promoter 内 3173-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52812807-52814357(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCTAAACGACAAAGAA
SmilChr03G003446 Chr03 NC_080389.1:52820101-52820117promoter 内 3173-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52820929-52822479(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCTAAACGACAAAGAA
SmilChr07G002717 Chr07 NC_080393.1:26632849-26632865promoter 内 3167-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26628752-26632031(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCGATAAAGACAAAATA
SmilChr07G002642 Chr07 NC_080393.1:25580796-25580812promoter 内 3159-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25576632-25579970(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTCTC
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36646355-36646371promoter 内 3064-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAATAAAGGACAAAACT
SmilChr04G003773 Chr04 NC_080390.1:53929409-53929425promoter 内 3025-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53926163-53928449(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAGAAAAGACAAAATA
SmilChr07G000879 Chr07 NC_080393.1:6284998-6285014promoter 内 3019-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6285980-6287019(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAAAGACGAAAAT
SmilChr06G000172 Chr06 NC_080392.1:1188374-1188390promoter 内 2963-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1189412-1193312(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATCAAACGACAAAATC
SmilChr01G002400 Chr01 NC_080387.1:41354958-41354974promoter 内 2894-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41356065-41357075(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGATGAAGACAAAAGG
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56106283-56106299promoter 内 2883-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTATATAG
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7327585-7327601promoter 内 2859-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGATATAAGACAAAAAT
SmilChr05G000143 Chr05 NC_080391.1:1161661-1161677promoter 内 2856-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1162806-1179835(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTCTACGA
SmilChr03G002914 Chr03 NC_080389.1:45901424-45901440promoter 内 2829-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45898867-45900268(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCTAAACGACAAAGAA
SmilChr06G000063 Chr06 NC_080392.1:519191-519207promoter 内 2772-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 514592-517978(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTATT
SmilChr03G004333 Chr03 NC_080389.1:61681710-61681726promoter 内 2747-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61677000-61680472(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCATTTTTTT
SmilChr08G002667 Chr08 NC_080394.1:26165053-26165069promoter 内 2741-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26166313-26171052(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCTTTTTAGT
SmilChr01G004687 Chr01 NC_080387.1:64931905-64931921promoter 内 2708-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64930269-64930628(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGACAGACGACAAAAAA
SmilChr03G001573 Chr03 NC_080389.1:19867459-19867475promoter 内 2689-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19863081-19866163(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTAATAACGACAAAAAT
SmilChr01G005744 Chr01 NC_080387.1:73537645-73537661promoter 内 2602-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73539044-73541642(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATCTTCTA
SmilChr01G002562 Chr01 NC_080387.1:43747794-43747810promoter 内 2545-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43749250-43751433(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTGTCTTA
SmilChr07G002361 Chr07 NC_080393.1:21930270-21930286promoter 内 2484-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21923974-21928769(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATATAAGGACAAAAAA
SmilChr02G003483 Chr02 NC_080388.1:56106283-56106299promoter 内 2449-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56096161-56104747(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTATATAG
SmilChr06G002243 Chr06 NC_080392.1:31810578-31810594promoter 内 2384-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31812195-31812911(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGATGAAGACAAAAGG
SmilChr07G002052 Chr07 NC_080393.1:18636038-18636054promoter 内 2287-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18633392-18634340(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTATTTGTCGTGATGTG
SmilChr07G002461 Chr07 NC_080393.1:23146862-23146878promoter 内 2232-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23145039-23145109(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCAGAAAAGACAAAAAA
SmilChr05G003929 Chr05 NC_080391.1:53055698-53055714promoter 内 2214-2230 bp + 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53057485-53059626(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAGTTAAAGACAAAATA
SmilChr03G001574 Chr03 NC_080389.1:19867459-19867475promoter 内 2195-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19869265-19870366(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTTATTAA
SmilChr06G001702 Chr06 NC_080392.1:19566939-19566955promoter 内 2188-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19568752-19576409(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCTTCATCTT
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64931905-64931921promoter 内 2104-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGACAGACGACAAAAAA
SmilChr05G002358 Chr05 NC_080391.1:25598382-25598398promoter 内 2067-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25600316-25602477(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGATGAAGACAAAAGG
SmilChr03G002044 Chr03 NC_080389.1:30923165-30923181promoter 内 1929-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30925237-30928407(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAATACGACAAAGAA
SmilChr01G001443 Chr01 NC_080387.1:28136534-28136550promoter 内 1928-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28133035-28134477(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCTAAACGACAAAGAA
SmilChr03G002047 Chr03 NC_080389.1:30986646-30986662promoter 内 1927-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30988720-30991890(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAATACGACAAAGAA
SmilChr05G001550 Chr05 NC_080391.1:14236435-14236451promoter 内 1920-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14232927-14234370(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCTAAACGACAAAGAA
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