转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 63 / 133 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000478 Chr04 NC_080390.1:5094371-5094380promoter 内 347-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5098025-5100657(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGCG
SmilChr04G000031 Chr04 NC_080390.1:309173-309182promoter 内 239-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 312935-317187(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTCC
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7683497-7683506promoter 内 19-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGCG
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53112992-53113001promoter 内 3473-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 53109246-53112473(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G006049 Chr01 NC_080387.1:76007424-76007433promoter 内 2612-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 76005655-76006044(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28823605-28823614promoter 内 2096-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 28819593-28821709(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69181110-69181119promoter 内 1895-1904 bp + 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 69170025-69179013(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45753169-45753178promoter 内 1865-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 45755305-45757162(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr03G000347 Chr03 NC_080389.1:3904104-3904113promoter 内 1696-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 3906409-3908226(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9831709-9831718promoter 内 701-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 9835009-9836011(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66081574-66081583promoter 内 628-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 66084947-66086132(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20505207-20505216promoter 内 3144-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20506064-20515359(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884397-52884406promoter 内 2792-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 52885606-52887889(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53491553-53491562promoter 内 2784-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53492770-53495252(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2624381-2624390promoter 内 2595-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2625787-2628468(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:359406-359415promoter 内 1885-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 361522-363400(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50114119-50114128promoter 内 1738-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50116382-50117713(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4433596-4433605promoter 内 1633-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 4420914-4431237(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G005233 Chr01 NC_080387.1:69909458-69909467promoter 内 1159-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 69912300-69919203(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G003076 Chr01 NC_080387.1:49596630-49596639promoter 内 1152-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 49599479-49603293(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr02G004807 Chr02 NC_080388.1:70243509-70243518promoter 内 783-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70236589-70240300(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr02G004805 Chr02 NC_080388.1:70243509-70243518promoter 内 376-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70221396-70239893(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63874405-63874414promoter 内 226-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 63869128-63870639(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr01G004327 Chr01 NC_080387.1:61418351-61418360promoter 内 3966-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61418386-61421464(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G003964 Chr01 NC_080387.1:58065642-58065651promoter 内 3961-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58065682-58068856(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr02G004062 Chr02 NC_080388.1:62914934-62914943promoter 内 3930-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62911482-62914872(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr02G000600 Chr02 NC_080388.1:8669378-8669387promoter 内 3929-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8665607-8669315(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr03G003989 Chr03 NC_080389.1:58917242-58917251promoter 内 3892-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58911799-58917142(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G002406 Chr01 NC_080387.1:41416844-41416853promoter 内 3840-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41413989-41416692(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACGTGGCA
SmilChr01G004433 Chr01 NC_080387.1:62424994-62425003promoter 内 3588-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62425407-62433090(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G003856 Chr01 NC_080387.1:56842383-56842392promoter 内 3484-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56839181-56841875(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr04G001424 Chr04 NC_080390.1:23187615-23187624promoter 内 3414-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23185042-23187037(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr03G001379 Chr03 NC_080389.1:16314461-16314470promoter 内 3357-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16315105-16317328(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64550687-64550696promoter 内 3017-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64551671-64552520(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32976032-32976041promoter 内 2978-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
SmilChr01G003512 Chr01 NC_080387.1:53738196-53738205promoter 内 2926-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53734992-53737130(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTGC
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